乌鲁木齐市妇幼保健院始建于1951年，2013年加挂自治区妇幼保健院，是集预防、保健、医疗、科研、教学、培训为一体的三级甲等妇幼保健机构,为妇女儿童提供妇幼健康服务，承担自治区和乌鲁木齐市妇幼健康工作业务管理和技术支持。
妇幼保健院有两个院区。
二道桥院区位于乌鲁木齐市城南，占地7亩，使用面积4.5万平方米，开放床位400张；红光山院区是乌鲁木齐友爱医院，位于乌鲁木齐市城北，占地78亩，2018年一期投入使用，使用面积6万平方米，开放床位450张。
是北京协和医院、北京大学附属医院、东南大学附属中大医院、国家妇幼保健中心的对口援疆单位。
妇幼保健院设孕产保健部、儿童保健部、妇女保健部、计划生育技术服务部。
开设产科、新生儿科、妇科、中医妇科、生殖医学科、人类精子库、妇女保健科、乳腺科、儿童保健科、儿童康复科、急诊科等48个科室，其中包括产前筛查、产前诊断、新生儿疾病筛查、新生儿重症转运、重症孕产妇救治、妇科疾病诊疗、生殖医学、盆底康复8个临床中心，婴儿艾滋病早期诊断西北区域实验室以及新疆产前诊断重点实验室等。
妇幼保健院目前有自治区重点专科2个，分别是产科、妇科；乌鲁木齐市重点专科4个，分别是产前诊断中心、病理产科、新生儿科、儿童保健科。
是全国产科麻醉培训基地、产前诊断培训基地、宫颈病变防治进修基地、中医药工作示范基地、盆底康复技术培训中心、孕产妇心身健康门诊研究员实习基地、眼保健示范单位，自治区危重孕产妇救治中心、产前诊断管理中心、儿童早期发展示范基地、导乐分娩培训基地，新疆医科大学临床教学基地，乌鲁木齐市妇产科质量控制中心。
2016年获批国家自然科学基金依托单位，2017年成为国家妇产科住院医师规范化培训基地。
在加强专科建设的过程中培养了一批妇科、产科、新生儿科、遗传与优生等专科优秀人才。
近年来，荣获“全国百家优秀爱婴医院”、“全国青年文明号”、国家级巾帼文明示范岗”“全国农村妇女两癌免费检查工作先进集体”、“全国妇幼健康服务先进集体”、“自治区实施妇女儿童发展纲要先进集体”等多项荣誉。
孕产保健部包括产科门诊、产前诊断中心、产科病房、产房产科门诊——为孕妇建立档案，筛查高危孕产妇。
设遗传咨询、高危妊娠、营养、心理、二胎、特需等亚专科门诊，母乳喂养咨询、模拟产房、孕妇学校、糖尿病一日门诊为孕产妇提供服务。
产前诊断中心——是集产前筛查、产前诊断、新生儿疾病筛查、遗传病诊断及优生优育和遗传咨询为一体的医学遗传学中心，是全国产前诊断技术培训基地、乌鲁木齐市重点专科，开展高通量基因测序，无创DNA产前检测，耳聋基因筛查、罕见遗传病的基因检测，流产物染色体及基因检测等临床技术服务。
产科病房——分为生理产科、病理产科、母胎医学科、家庭化病房四个单元。
有医护人员252人，开放床位236张，是新疆“孕产妇重症救治中心”、“妊娠期糖尿病诊治中心”和“母胎医学中心”，开展高危孕产妇救治、妊娠合并症和胎儿宫内治疗等工作。
产房——倡导人性化服务，打造家的温暖，开展“一对一”全程导乐陪产和分娩镇痛服务，是新疆导乐分娩培训基地。
产科医师、儿科医师、助产士共同守护新生儿出生，保证母婴安全，年分娩量达万余人次。
儿童保健部设新生儿科、儿童保健科、儿童眼耳鼻喉科、儿童康复科新生儿科——是乌鲁木齐市新生儿重症转运中心，科室是无陪护、层流洁净病房，开展呼吸机支持疗法、早产儿综合治疗及随访、同步换血疗法、全静脉营养支持及脐静脉和中央静脉置管等医疗服务。
科室开展的袋鼠妈妈护理服务深受患儿家长欢迎。
儿童保健科——是自治区儿童早期发展基地，开展儿童先天性心脏病和髋关节发育不良筛查、智力筛查、儿童生长发育监测、营养评估、心理行为评估、过敏风险评估、儿童龋齿治疗等诊疗服务，负责乌鲁木齐市托幼机构卫生保健管理工作。
儿童眼耳鼻喉科——是全国眼保健示范单位，开展新生儿眼病筛查，早产儿视网膜病变治疗，提供医学验光、斜视手术、弱视治疗、儿童眼保健、五官保健、听力保健及孕产妇眼保健等服务。
儿童康复科——开展脑瘫高危儿筛查、早产儿出院后管理，残障儿童的语言作业运动训练、中医推拿、针灸、按摩、药浴等工作，是自治区脑瘫康复定点救治机构，是河南省妇幼保健院对口支援单位，广州市中山大学康复联盟单位。
妇女保健部有妇科、中医妇科、乳腺科、生殖医学中心、精子库、妇女保健门诊、体检中心妇科门诊——设日间手术室和盆底功能障碍性疾病诊治中心，开展阴道镜、宫腔镜日间手术，盆底功能恢复、通乳、阴道松弛、尿失禁、外阴阴道整形及妇科常见病、多发病的诊治，是全国宫颈疾病多学科联合门诊、宫颈病变防治进修基地、盆底康复技术培训中心。
妇科病房——开展各种妇科微创手术，宫腹腔镜联合治疗不孕症，腹腔镜下良、恶性肿瘤切除术，阴式子宫切除，盆底重建，生殖道畸形矫正等手术，外阴白斑、宫颈机能不良等治疗。
中医妇科——对妇科疾病进行中医辩证施治，通过中药、针灸、推拿、穴位埋线、药物离子导入、中药蒸汽浴等方法治疗妊娠病、月经病、产后病、盆腔炎、不孕不育、黄褐斑、单纯性肥胖等疾病。
乳腺科——以乳腺癌病因预防、早期诊断、手术等综合治疗为主，开展美容切口治疗各类乳腺良性肿瘤、复杂性炎性乳腺疾病的中西医治疗，提供女性各期的乳房保健服务。
生殖医学中心——开展一代和二代试管婴儿及夫精人工授精技术，临床妊娠率居全国中上水平。
中心医务人员工作作风严谨，重视伦理道德，富有爱心和奉献精神。
人类精子库——是我国第24家人类精子库。
有精液采集、精液冷冻、精液供给、档案管理4个部门。
精液保存分“捐精保存”和“自精保存”，自精保存主要适合于患肿瘤或血液病者，今后有可能永久丧失生育能力，但仍有生育意愿的男性。
妇女保健门诊——开展女性各期保健服务，设青春期、婚前、孕前、产后、更年期和老年期保健，有再生育评估、心理、营养咨询与指导门诊和青春期家长学校。
体检中心——是乌鲁木齐市城镇职工定点体检单位。
提供全生命周期健康体检服务。
计划生育技术服务部设计划生育科——开展微创超导可视、直视下无痛人工流产术，药物流产术，钳刮术，宫内节育器放置及取出术，皮下埋植术等。
开设了避孕咨询、流产后关爱、计划生育手术后并发症门诊。
医学影像科——在开展各种常规超声检查项目的基础上，开展了胎儿三级系统超声筛查、胎儿超声心动检查、新生儿先天性心脏病及髋关节发育不良的筛查、四维超声造影、阴道和盆底三维超声检查等专科项目。