感染问题是众多临床医师每天都要面对的问题，当一张临床标本病原微生物培养检验报告单（包括mNGS检测）摆在面前，尤其是真菌检测阳性时，应如何鉴别它的准确性？它的参考价值有多大？是定植还是感染？治疗还是观察？
感染性疾病是个永恒的三角，而真菌感染是一个诊治更加困难的永恒的三角。
2019年EORTC/MSGERC新共识延续了2008年分级诊断原则，即确诊、可能诊断及疑似诊断。我国《血液病/恶性肿瘤患者侵袭性真菌病的诊断标准与治疗原则（第六次修订版）》将侵袭性真菌病（IFD）的三级诊断定义为“确诊、临床诊断及拟诊”。但真菌病原学检查仍然是临床诊断和确诊的金标准。
近年来，真菌的微生物诊断方法不断进展。在疑似感染患者中，主要通过临床标本的常规检测（如涂片镜检和培养）、生物标志物检测（如G试验和GM试验）以及分子生物学检查（PCR、mNGS）获得诊断。其中，真菌涂片镜检和培养的敏感性偏低，但仍被业内认为是真菌实验室检查的基石。
感染问题是众多临床医师每天都要面对的问题，当一张临床标本病原微生物培养检验报告单（包括mNGS检测）摆在面前，尤其是真菌检测阳性时，应如何鉴别它的准确性？它的参考价值有多大？是定植还是感染？治疗还是观察？将定植、污染判断为感染，会导致临床过度治疗，增加不良反应发生率，诱导耐药性的产生；而将感染判断为定植、污染，则会延误临床治疗，增加患者的病死率。
鉴别定植、污染与感染的困难较大，尤其是开放系统（包括呼吸系统、泌尿系统、消化道和口腔）标本分离出的病原菌，其中呼吸道标本尤为突出，因为口咽部和鼻咽部为正常菌群的定植部位，痰培养出现病原菌，不能确诊是否为感染，即使采用肺泡灌洗，仍然不能解决这一问题。特别是呼吸道标本中真菌培养阳性的鉴别更为困难，例如呼吸道分泌物包括BALF检测到念珠菌的意义就不大。
2009年IDSA念珠菌病治疗指南指出“呼吸道分泌物念珠菌阳性很少代表感染，不应进行抗真菌治疗”。而2016年IDSA念珠菌病治疗指南指出“呼吸道分泌物念珠菌阳性，通常表示定植，很少需要抗真菌治疗”。相较于2009年指南，2016年指南对分泌物念珠菌阳性的干预推荐不再像以前一样绝对和保守。
临床医生的基本功：正确采集和运送标本
优秀的临床医生应该知道何为最佳标本
怎样才算是一份合格的痰标本？
（1）痰标本的采集方法：
一份合格的痰标本应该是痰涂片镜检每低倍视野＜10个鳞状上皮细胞，＞25个多核白细胞。
不同病原体标本的最佳类型
针对不同病原体，呼吸道标本的类型不同。痰和BALF是所有病原体的最佳标本，但对于病毒，咽拭子亦可。
2017年欧洲指南对于真菌感染气道标本检测的实验室推荐如下。
不同感染获取的标本不同。如果是上呼吸道，真菌多为念珠菌，所以最佳标本为口腔黏膜拭子、舌拭子或口咽拭子。
下呼吸道标本中，痰和支气管镜标本最为重要。
医院获得性肺炎，如果培养曲霉，最好的标本是支气管抽吸物、BALF和防污染样本毛刷（PSB）。
BALF标本培养的阳性率高，合格率高；采集不需要患者的配合；能避免上呼吸道定植菌的污染，减少对培养结果判断的干扰。对于危重患者，下呼吸道标本获取途径主要包括灌洗和刷检，但作为感染疾病的标本操作应规范，可以参考中华医学会呼吸病学分会感染学组专门制定的感染疾病支气管肺泡灌洗操作规范。
检验医生的基本功：正确地检测标本
痰标本在病原学诊断中面临的困难
涂片结果的规范报告应包括的内容
（1）必备要素：①检测项目；②微生物学检查：阴性、阳性，具体描述，细菌革兰染色（形态、染色、排列、半定量、比例）；③细胞学检查结果。
（2）建议要素和注意事项。
另外，真菌病原体的名称应规范，如“卡氏肺孢子虫”应为“耶氏肺孢子菌”、“马尔尼菲青霉”应为“马尔尼菲篮状菌”、“肠杆菌科细菌”应为“肠杆菌目细菌”、“恙虫病立克次体”应为“恙虫病东方体”、“曲霉菌、毛霉菌”应为“曲霉、毛霉”、“接合菌”（取消），应为“毛霉”，等。
不合格标本：实验室应拒收
痰标本—从检验的角度如何区分定植与感染
BALF的涂片革兰染色
直接镜检是诊断念珠菌、霉菌定植最简单和实用的方法
标本的直接显微镜检查：取脓液、痰和局部炎症性分泌物直接涂片，革兰染色后，直接镜检，显微镜下见到革兰阳性（着色不均匀）、圆形或卵圆形菌体或孢子及假菌丝。
培养结果的报告规范
（1）普通培养：①无菌部位标本培养阴性：多少天？②无菌部位标本培养阳性：多少天？③正常有菌部位标本培养，完全无菌生长；④正常有菌部位标本培养，仅有正常菌群分离；⑤正常有菌部位标本培养，2种或2种可能致病菌，伴或不伴正常菌群分离。
（2）靶向培养，重复分离株，拒收报告，注意事项。
痰标本镜检与培养结果阳性的可能
（1）标本不合格（即污）：痰标本采集本身就存在诸多可能被污染的情况，痰标本在运送或保存或接种等过程中易受到污染。临床上这种情况往往容易被忽视，且不易避免。
（2）定植：念珠菌广泛定植于口咽部和鼻咽部，无论是痰液还是支气管分泌物检测阳性，都为定植菌。镜检直接观察念珠菌有无假菌丝或菌丝可以为定植还是感染提供一些线索。
（3）感染：临床真菌感染已经较为常见，一些临床医师认为痰培养念珠菌阳性一定是定植菌的观念是不全面的。标本合格，涂片有菌丝，培养阳性，两者一致，多部位多次送检，结合临床判定。
结果阳性的判定在无菌部位和带菌部位意义不同
（1）直接镜检法：在无菌体液的直接镜检中发现真菌成分常可确立深部真菌病的诊断，但在有菌部位只有发现大量真菌才具有诊断意义。
（2）培养检查法：一般来说，一旦培养出肯定的致病菌，如新生隐球菌或组织胞浆菌时，可确立感染的存在；但如果分离出条件致病菌如白念珠菌、烟曲霉时，则应结合临床进行判断；从无菌部位如血液或脑脊液中分离出条件致病菌常提示肯定的感染，但对于来自脓、痰或尿的标本，则应谨慎解释结果，仅靠一次培养阳性往往不能确定诊断。
BALF培养的意义
（1）细菌性感染：浓度阈值104cfu/ml，低于阈值浓度时，定植可能性大；高于阈值时，感染可能性大。
（2）真菌性感染：目前没有BALF的诊断性阈值。
（3）丝状真菌也没有阈值，但丝状真菌在呼吸道分泌中的价值远大于酵母菌属。
临床与实验室沟通：结合临床进行鉴别
定植与感染的区分方法
（1）结合患者罹患真菌感染的危险因素。
（2）结合患者的临床：表现，影像，实验室。
支气管镜在侵袭性肺曲霉病诊断中扮演什么角色？
推荐：我们推荐对疑似侵袭性肺曲霉病患者给予经由气管镜的支气管肺泡灌洗（强推荐，中等证据等级）。支气管肺泡灌洗对于外周结节病灶的穿透率较低。因此，对于此类病灶应考虑给予经皮或经支气管肺活检。我们推荐标准化的BALF采集过程，并对BALF标本性非培养方法检测的同时进行常规的培养和细胞学检测（强推荐，中等证据等级）。
（3）结合患者罹患真菌感染的临床评分。
（4）结合患者抗真菌治疗的反应。
患者存在的危险因素越多，越应尽早启动针对念珠菌的经验性治疗。如危险因素少，真菌检查提示阴性，可以不采取治疗措施。