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2021.10.08
解读
本文同时结合一篇JAMA杂志发表的学术论文进行解读。这篇论文是中国医学科学院刘忠团队于2020年6月3日发表在JAMA主刊上，探讨了恢复期血浆疗效治疗危重症COVID-19患者的临床效果。
该文的研究概况：
第一部分总体统计规范
第二部分统计方法
笔者认为，除了回顾性研究、大数据研究外，大部分医学研究均需要提供样本量的计算过程。而回顾性研究，则可提供检验效能的计算，以显示研究检验效能达到了一定的水平。一份好的研究，核心在于检验效能是否达到同行认可的水平。
Theoriginalsamplesizewasdeterminedtobe100foreachgroup,whichwouldprovide80%power,witha2-sidedsignificancelevelofα=0.05,todetectan8-daychangefortheconvalescentplasmagroupintimetoclinicalimprovement,assumingthatthiswouldbe20daysinthecontrolgroupand60%ofthepatientswouldreachclinicalimprovement。
目前，国内的期刊论文对于描述性统计的内容相对详细。但这是一种头重脚轻的现象，统计描述的过程可以略写。
Continuousvariablesweresummarizedbypresentingthemedianandinterquartilerange(IQR)forthetotalnumberofpatientswhocontributedvalues.Categoricalvariablesweresummarizedbypresentingthefrequencyandproportionofpatientsineachcategor.
Timeto-eventdatawereanalyzedusingtheKaplan-Meiermethod,andthemediantimetoeventandcorresponding95%CIwerecalculated.Hazardratios(HRs)with95%CIswerecalculatedusingCoxproportionalhazardsmodels.
ThreeCoxproportionalhazardsmodelswerefittedinthisstudy.Wereferredtothemodelthatincludedonlythetreatmentgroupastheunadjustedmodel.Themodelthatincludeddiseaseseverity(severeorlife-threatening)andtreatmentgroupisreferredtoasmodel1,andthemodelthatfurtherconsideredtheinteractionbetweendiseaseseverityandtreatmentgroupisreferredtoasmodel2.Studysiteswereconsideredasarandomeffectinthesemodels.
ProportionalityhazardassumptionwasassessedfortreatmentgroupanddiseaseseveritybyextendingtheCoxmodelstoincludethecorrespondingtime-dependentcovariates.Ifthecoefficientofthetime-dependentcovariatewasstatisticallysignificant,theproportionalityhazardassumptionwouldbeconsideredtobeviolated.
对于JAMA系列期刊对缺失数据的建议，笔者认为还可以再详细一些。一般来说，一篇学术论文的统计分析，可以基于完整病例分析，也可以基于全数据分析；全数据分析需要对数据进行填补，而在填补方法方面，“末次观察结转法”虽然存在着缺陷，但仍然是被认可的一种；若采用广义方程或者混合线性模型分析缺失数据，则无需进行填补。
Fortheprimaryendpointoftimetoclinicalimprovement,death,withdrawal,andcrossoverbetweengroupsbeforeday28wereconsideredtoberight-censoredatday28,andotherwisewouldbeconsideredtoberight-censoredatthelastobservationdate.
分析的数据集是什么？分析是否按照统计分析计划进行？这是任何一个临床随机对照试验中首先需要回答的两大问题。明确分析集，制定统计计划并遵从统计计划，是高质量论文的必须动作；但一些国内研究项目很难实现，特别是在研究者发起的临床研究中更为常见。
Unlessotherwisestated,analyseswereperformedbasedonthefullanalysisset,whichisdefinedasthesetofallrandomizedpatientswhoreceivedatleastonetreatmentspecifiedinthetrial.Statisticalanalysiswasperformedonrandomlyassignedtreatmentgroups.
Aper-protocolanalysiswasperformedfortheprimaryendpointasasensitivityanalysis.Theper-protocolsetwasdefinedasthesetofallrandomizedpatientswhoreceivedatleastonetreatmentspecifiedinthetrialandwhohadnosignificantprotocolviolationsthataffectedtheefficacyevaluation.
多重比较控制检验水准a是高水平论文需要认真考虑的事宜。在多臂、多结局、期中分析、亚组分析都需要考虑。但并非所有场景都需要进行多重比较来控制a。JAMA系列期刊给出了基本原则，那就是主要结局指标，一般都需要控制a；而对于次要结局，可以总体控制a，也可以不控制a，但需要写明结果是探索性的。
BecauseofthepotentialfortypeIerrorduetomultiplecomparisons,findingsforanalysesofsecondaryendpointsshouldbeinterpretedasexploratory.
StatisticalanalyseswereperformedwithSASsoftware,version9.4.Statisticalsignificancewasdefinedusinga2-sidedsignificancelevelofα=.05.
第三部分统计结果的报告标准和数据呈现
总的来说，JAMA系列杂志要求统计描述信息应详细且规范，统计比较的结果应该包括估计值、P值与置信区间。尤其是置信区间，国内学术期刊一直以来没有强调它的重要性，因此读者很少看到一篇中文论文中报道置信区间。这一点应该在未来得到改善。
（2）不必报告的内容
JAMA统计指南不必报告的内容，与目前国内学者的一些观念不一致。我们开展随机对照研究分析时，往往可能会对干预组和对照组进行差异性比较，证明两组是均衡可比的，而JAMA系列杂志（其实其他杂志也是如此）认为没有必要开展差异性的假设检验。既然是随机化研究，那么它就应该均衡可比的，哪怕P<0.05，也是均衡可比的。
另外，与顶级医学期刊规定不同，国内学术期刊一般要求报告一个假设检验统计量。针对这一点，笔者认为值得支持，虽说该统计量没有什么实际意义，但可以将论文分析过程更透明化。
第四部分统计结果——图表规范
刘忠团队的论文中结果表达：
1.研究对象基本情况：作者在结果第一部分，“StudyPopulation”中给出了研究对象的基本情况及分组比较情况，具体结果可见下表。合适的指标采用合适的统计方法进行描述，并未进行组间的差异性比较。
解读总结
虽然JAMA系列杂志的统计指南，只是一家之言，但它作为顶级医学期刊，背后是顶级生物统计学家对当前数据统计分析与统计写作最为主流的建议。因此，它的一些建议值得我国国内论文写作者、学术期刊编辑学习与探讨。