尽管临床将AFP用于诊断HCC本身存在问题，但它已成为一个重要的预后指标，尤其是对于行肝切除术和考虑行肝脏移植的患者。不论肿瘤大小如何，AFP水平>1000μg/L的患者在肝脏移植后复发的风险极高。
肝癌在我国发病率排名第二，死亡率高，很多肝病患者对肝癌闻之变色。
肝病患者体检的时候，都会“抽血查有无肝癌”。主要就是看这样一个指标，甲胎蛋白。甲胎蛋白是传统的肝癌标志物。
甲胎蛋白（AFP）是一种糖蛋白，正常情况下在妊娠期由胎儿肝脏和卵黄囊产生，原发性肝癌患者的血清AFP浓度通常是升高的。
肝癌患者由于病变的肝细胞再生活跃，会出现甲胎蛋白的升高。
但是要注意的是：
并非所有的肝癌均分泌AFP，多达40%的小肝癌患者，其血清AFP浓度在正常范围内。
与酒精性肝病引起的肝癌患者相比，病毒性肝炎引起的肝癌患者更可能出现血清AFP升高。
AFP持续升高的肝硬化患者发展为肝癌的风险高于AFP值波动或处于正常水平的患者。
当然也不是甲胎蛋白身高都是原发性肝癌。
有慢性肝病但无原发性肝癌(如，急性或慢性病毒性肝炎)的患者也可能出现血清AFP升高。
丙型肝炎导致肝硬化的患者可能会出现AFP轻度升高。
一般认为，对于高风险患者，血清AFP超过500μg/L(大多数实验室正常值为10-20μg/L)对HCC具有诊断性。
目前中国抗癌协会推荐依据甲胎蛋白升高诊断肝癌的标准为：
甲胎蛋白大于500微克／升持续4周；
甲胎蛋白由低浓度逐渐升高且不降；
甲胎蛋白在200微克／升以上的中等水平持续8周；
如甲胎蛋白呈低浓度阳性持续达2个月或更久，谷丙转氨酶正常，应特别警惕亚临床肝癌的存在。
除此之外还要注意以下情况，甲胎蛋白升高但不是肝癌：
（1）孕妇和新生儿
正常怀孕的妇女也会出现甲胎蛋白的一时性升高，但升高的幅度不如肝癌那样高。胎儿期甲胎蛋白由孕妇的卵黄囊和胎儿肝脏产生，甲胎蛋白是胎儿的正常血浆蛋白成分，是胚胎早期的主要蛋白质。妊娠期妇女甲胎蛋白会明显升高，一般在妊娠后3个月，甲胎蛋白就明显升高，到7-8月孕妇母血中AFP量达到最高峰并相对稳定，但其仍旧低于400ng/ml，约在产后3周后逐渐恢复正常水平。与胎儿肝脏发育有关，新生儿生长发育比较活跃，也会出现甲胎蛋白的升高。
（2）急/慢性肝炎、肝硬化
例如，肝硬化病人血清甲胎蛋白浓度多在25～200ng/ml之间，一般在2个月内随病情的好转而下降，多数不会超过2个月；同时伴有转氨酶升高，当转氨酶下降后甲胎蛋白也随之下降，血清甲胎蛋白浓度常与转氨酶呈平行关系。如果甲胎蛋白浓度长期处于高水平（在500ng/ml以上），或呈进行性增高，则应警惕肝癌的发生。
（3）生殖细胞肿瘤
生殖细胞肿瘤是发生于生殖腺或生殖腺外的肿瘤。包括畸胎瘤，卵黄囊瘤，生殖细胞肿瘤如精原细胞癌等。
甲胎蛋白偏高可能与生殖细胞肿瘤有关，大约50%患有生殖细胞肿瘤的病人AFP呈阳性。
（4）消化系统肿瘤：
产甲胎蛋白的胃癌(AFPGC)是一种相对少见的胃癌，高AFP水平的胃癌被称为AFPGC，约占胃癌的2.7~8%。
AFPGC是指经过病理或组织学检查确诊，伴有血清AFP升高，并可以排除肝炎、肝硬化、肝细胞癌及生殖细胞恶性肿瘤等其他疾病的胃癌。
比如胃癌、胰腺癌、结肠癌等。
（5）其他的原因
肝损伤、充血性肝肿大、毛细血管扩张症、先天性酪氨酸病、睾丸或卵巢胚胎性肿瘤、一些其它消化道肿瘤、胰腺癌等患者亦可出现不同程度的甲胎蛋白升高。