在明故宫皇城西门遗存西安门往南的延长线上，高约150米的中航科技大厦已经封顶，正在进行最后部分玻璃幕墙的吊装。大厦往南数十米是一处考古探沟，能看到有砖墙淹没在积水中，周边挖出的淤泥堆里有大量黄色琉璃瓦残片。
记者查阅南京市文物局《南京明故宫》一书，其中第79页的“明代宫城和皇城复原图”表明，中航科技城地块就是明故宫皇城的西南部，名为“内宫诸监”。南京市文广新局提供的《南京市地下文物重点保护区范围》示意图上显示，瑞金路往北、中山东路往南西安门附近是红色的“重要历史遗迹”区，而中航项目正是建在了这一“重要历史遗迹”区内。
南京市文物部门与规划部门联合划定了15片地下文物埋藏区，其中就包括事发区域的“明代宫城及御道遗址区”。南京市文广新局表示，7月15日该局已向建设单位发函要求对发现的遗迹采取保护方案，并确认重要遗迹包括明代皇城西墙遗迹，初步认定西南角下可能是皇城西垣遗址。
有没有过考古有无文物
按照规定，涉及文物遗址的项目前期程序有文物勘探一项。
曾参与该区域考古作业的南京市博物馆考古部前副主任王志高表示，2006年金城科技大厦项目(中航科技城的关联项目)开工前的考古勘探，就有了重要发现。“我们在靠近西安门东南侧大约两百米都不到的地方，发现了地下的城墙基址，由此确定皇城西墙的位置和结构。”
时任南京市文物局副局长杨新华主编的《南京明故宫》一书称，发掘结果“证实了该片区域内埋藏有重要的明代文化遗存，其中城墙、官署、道路等遗存尤为重要，是复原、展示，乃至研究明都南京的不可替代的历史文化资源”。
项目是否违规
规划局称经文物局同意
南京故宫，又称明故宫、南京紫禁城，是明朝首都应天府(南京)的皇宫。建造前后历时二十余年，占地面积超过101.25万平方米，是中世纪世界上最大的宫殿建筑群，被称为“世界第一宫殿”。南京故宫作为中国古代都城宫殿建筑的集大成者，其建筑形制为北京故宫所继承，为明官式建筑的母本，是北京故宫的蓝本。
南京故宫坐北向南，大体范围东至今中山门，西至西安门，北至后宰门，南至瑞金路，有门四座，南为午门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门。入午门为奉天门，内为正殿奉天殿，殿前左右为文楼，武楼。后为华盖殿，谨身殿。内廷有乾清宫和坤宁宫，以及东西六宫。[3-4]现部分遗址位于今中山东路南北两侧，已列为全国重点文物保护单位。
元至正二十六年(1366年)，南京故宫开始建造，地址在元朝集庆城外东北郊(即南京市中心东部)，初称“吴王新宫”，后又称"皇城"。由于当时朱元璋尚未称帝，故新宫建筑规模有限，只有中路的外朝和内廷建筑，东西两侧空地均未兴建宫室。新宫东西宽790米，南北长750米，有门四座，南为午门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门。入午门为奉天门，内为正殿奉天殿，殿前左右为文楼，武楼。后为华盖殿，谨身殿。内廷有乾清宫和坤宁宫，以及东西六宫。
明洪武元年(1368年)，朱元璋即位称帝，以应天府为南京，开封为北京，并于次年在凤阳兴建中都城。由于人力物力全被集中于中都城池和宫殿的兴建，因此南京宫殿的扩建工作再度终止。此后数年间只对已有宫殿进行了必要的维修。
明洪武八年(1375年)朱元璋放弃营建中都的计划，集中力量修建南京。此次修建，增设午门左右两阙，在奉天门左右增加东西角门，并增建文华殿，武英殿等建筑。洪武二十五年(1392年)，再次增建，在皇城外增设宫墙，以新墙之内为皇城，原皇城改称宫城。在宫城前建造了端门，承天门，金水桥，形成"T"字型广场，向南直抵1373年建造的洪武门。广场东侧为五部(刑部在皇城之北的太平门外)，西侧为五军都督府。
明建文四年(1402年)，朱棣在南京即皇帝位，仍居于南京故宫中，但同时下令以北平(今北京)为行在，准备迁都。
明永乐四年(1406年)，朱棣正式下令在北京元大内宫殿遗址上营建北京宫殿，据《明太宗实录》记载：“(北京故宫)凡庙社、郊祀、坛场、宫殿、门阙，规制悉如南京明故宫，而高敞壮丽过之。”
明正统十四年(1449年)，夏六月天降雷雨，谨身、华盖等殿被雷电击中起火。
明成化二十一年(1485年)，五月，“南京大风拔太庙树，摧大祀殿及皇城各门兽吻”。
明嘉靖元年(1522年)，“秋七月，暴风雨，江溢，郊社陵寝宫阙城垣皆坏”。
明万历二十八年(1600年)，传教士利玛窦在访问北京之后，将北京和南京作了一番比较：此一城市之规模，其房舍之布置计划，其公共建筑物之结构，以及其防御工事等，均远逊于南京。南京明故宫及城市规模可以想见。
清军入关灭南明后，改南京为江宁，为两江总督署所在，将明故宫改为八旗驻防城，设置将军及都统二衙门于明故宫中，还从太平门至通济门加筑城墙予以隔离，使明故宫建筑遭到很大破坏。
清康熙二十三年(1684年)，玄烨首次南巡，到达江宁，见到残破不堪的“明时故宫”大为感慨，作《过金陵论》一文写道：“道出故宫，荆榛满目，昔者凤阙之巍峨，今则颓垣残壁矣!……顷过其城市，闾阎巷陌未改旧观，而宫阙无一存者，睹此兴怀，能不有吴宫花草、晋代衣冠之叹耶!”可见此时的明故宫已经相当荒凉。
清康熙三十八年(1699年)，玄烨赐普陀山“法雨禅寺”额，并下发“拆金陵旧殿以赐”令，拆除南京故宫琉璃瓦12万张，仿金陵明故宫九龙殿盖成。殿分7间，高22米，面阔35.35米，进深20.31米，面积近1000平方米。据《普陀山志》记载，九龙殿确系为南京故宫移建于此，如今的九龙殿琉璃瓦、雕龙柱磉和九龙藻井均为南京故宫之物。
清咸丰三年(1853年)3月29日，太平天国定都南京，改名天京，但没有使用明故宫作为宫殿基址，而是在城中另择新址营建新宫，此间拆取明故宫大量石料和砖瓦。至太平天国灭亡时，明故宫的宫殿和宫墙已基本无存。
清同治三年(1864年)7月19日，天京失守，随后湘军攻破天京后，太平军放火烧城，湘军在大肆抢劫后也到处纵火，南京明故宫再次遭到破坏。
清咸丰、同治年间，由于太平军与清军的作战运动，明故宫又经受一次较大的破坏，除地下埋藏的石构件基础外，几乎只剩下一片残垣碎瓦、蛇鼠出没的废墟。1881年至1884年间，左宗棠在南京明故宫内五龙桥的北面方孝孺殉节处建方孝孺祠纪念。
清宣统三年(1911年)，英国人法雷斯从明故宫遗址中拆走七块石刻和三对石狮，运往下关扬子饭店进行装饰。
民国十三年(1924年)，因建造明故宫机场，南京午门(午朝门)双阙遭到拆除，仅保留下一座三孔门洞，之前午门之上的五凤楼也早已毁圮。
民国时期，南京国民政府曾计划以明故宫地区为中央行政区，后由于财力和战争的原因，该计划没有全部实现，只是在明故宫遗址范围内修建中国国民党中央监察委员会(现为南京军区档案馆)和中国国民党中央党史史料陈列馆(现为中国第二历史档案馆)。
民国十八年(1929年)，国民政府为迎接孙中山先生灵榇奉安钟山，归葬中山陵，修建迎榇大道，开工时命名中山路，亦称中山大道，中山东路横跨奉天殿广场，把遗址分为南北两部分，此时的明故宫遗址仅存午门与地下柱础等少量的遗迹。至民国后期，明故宫已成为一处小型机场。
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1956年10月，明故宫遗址被公布为江苏省文物保护单位。
20世纪90年代，南京军区教练场迁出明故宫遗址，仅恢复南北中轴线部分。
1991年，南京明故宫遗址公园正式建成并对外开放，除柱础为原物、三大殿排列顺序是对的，但故宫三大殿的柱础被移动过，建筑台基是重做的，还是个微缩版，真实性有所破坏。
1997年5月，为配合江苏大剧院工程选址，南京博物院在明故宫遗址公园北部进行局部发掘，发现明故宫三大殿中谨身殿的建筑台基。
2000年，原选址于明故宫遗址地区的江苏大剧院改址另建。
2006年，明故宫遗址正式升级为全国重点文物保护单位。同年南京午门防渗维修完成，以确保排险成功。
2010年7月，在御道街施工时意外上发现南京故宫端门遗址，处于南北方向，在城墙的北侧，有一道东西走向的明代城墙的排水沟。
2011年，南京市政府规划论证新的保护利用明故宫遗址的方案，并打造成国家级遗址公园。[8]
2012年11月，南京明代都城遗址作为中国海上丝绸之路项目遗产点之一，列入中国世界文化遗产预备名单，根据日程，2015年完成准备工作，2016年正式送交世遗大会审议。