委托代理人周某某，男，上海市某律师事务所律师。
委托代理人孔某某，女，上海市某律师事务所律师。
被告为上海市地方税务局闸北区分局，住所地本市中山北路198号。
法定代表人吴桐声，男，局长。
委托代理人俞建国，男，上海市光明律师事务所律师。
委托代理人丁晓敏，女，上海市光明律师事务所律师。
原告上海某某船务实业有限公司（以下简称船务公司）不服被告上海市地方税务局闸北区分局（以下简称闸北税务分局）于2007年9月19日作出的税务行政处罚决定，于2007年12月3日向本院提起诉讼。本院于2007年12月11日受理后，于同年12月17日向被告送达起诉状副本和应诉通知书。本院于2008年1月17日组织原、被告进行了证据交换。本院依法组成合议庭，于2008年1月29日公开开庭审理了本案。原告船务公司的法定代表人陈某某、委托代理人周某某、孔某某、被告闸北税务分局的委托代理人俞某某、丁某某到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
被告于2007年9月19日作出编号为沪地税闸罚一[2007]××01号税务行政处罚决定书，根据《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《税收征管法》）第六十三条，“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款”，拟对原告应补营业税、城建税、企业所得税、个人所得税处以相应的罚款计1,095,972.15元。
被告于2007年12月24日向本院提供了以下作出被诉具体行政行为的证据、依据。
（一）证据
1、原告的企业法人营业执照复印件。
2、原告的税务登记证。
证据1、2证明原告的税务由被告管辖。
被告提供作出具体行政行为的事实证据如下：
3、原告法定代表人陈某某的询问（调查）笔录两份。
4、原告会计魏某某的询问（调查）笔录。
5、原告与南京某某运输贸易有限公司（以下简称南京某某公司）签订的运输合作代理协议、运输代理协议。
6、南京某某公司的法定代表人王某某的询问笔录。
证据3－6证明原告在与南京某某公司无实际货物运输业务的情况下，双方通过签约方式约定南京某某公司按原告要求开具发票，并按发票金额的1%收取费用。原告将取得的发票在纳税申报时抵扣，该行为违反《中华人民共和国发票管理办法》（以下简称《发票管理办法》）的有关规定，构成偷税。
7、上海某会计师事务所有限公司（以下简称上海某会计事务所）出具的关于原告收受南京某某公司263张运输代理业发票涉及税收案件审计鉴定报告（以下简称审计报告）。
8、上海某会计事务所出具的关于原告涉及税收案件中有关与承运人款项结算情况（以下简称结算情况）。
9、发票统计表。
证据7-9证明原告取得的263份运输发票金额合计为12,882,423.10元，上述263份发票已被原告纳税申报抵扣，影响税收1,307,565.94元。
10、原告收付款凭证和发票。
11、原告的营业税纳税申报表、工商企业城建税等税费申报表、扣缴个人所得税报告表、小型企业按“纯益率法”征收所得税申报表、企业所得税纳税申报表、私营企业纳税申报表等申报表。
证据10、11证明原告未按法律规定缴纳税款。
12、税收通用缴款书，证明被告要求原告依法缴纳税收和税费及对原告的处罚金额（已履行）。
13、被告分别于2007年8月9日、17日、9月19日作出的税务稽查报告及签报单，证明被告对决定原告补缴税款和罚款的金额进行了审核。
被告提供作出具体行政行为的程序证据如下：
14、南京市地方税务局稽查局（以下简称南京市税务稽查局）的税务协查函。
15、被告的税务稽查任务下达单。
16、被告的查帐通知书及送达回证。
证据14－16证明被告收到南京市税务稽查局的协查函后，下达了对原告的税务状况进行稽查的指令，并将查账通知书送达原告。
17、大案要案情况报告表、立案审批表。
18、上海市税务稽查工作规程。
证据17、18证明被告立案符合程序规定。
19、被告于2005年10月作出的签报单及2006年3月作出的审理报告、税务稽查报告，证明被告对决定原告补税和罚款的金额进行了审核。
20、（2005）闸税十一所查E字第××号税务行政处罚事项告知书及送达回证、原告的第一次陈述（申辩）笔录、原告的陈述意见书、（2005）闸税十一所查E字第××号税务处理决定书（以下简称第一次税务处理决定书）、（2005）闸税十一所查E字第（××）号税务行政处罚决定书（以下简称第一次税务处罚决定书）。
21、沪地税复决[2007]×号税务行政复议决定书。
证据20、21证明被告曾对原告作出税务处理决定及税务处罚决定，后均被上海市地方税务局复议决定撤销。
22、沪地税闸罚告[2007]××01号税务行政处罚事项告知书及送达回证、原告的第二次陈述（申辩）笔录、被告分别于2007年8月9日、17日、9月19日作出的税务稽查报告及签报单、沪地税闸处[2007]××01号税务处理决定书（以下简称第二次税务处理决定）及送达回证、沪地税闸罚一[2007]××01号税务行政处罚决定书（以下简称第二次税务处罚决定）及送达回证，证明被告核查了要求原告补缴税款的计算方式及依据，在处罚前对原告进行了事先告知，告知原告具有申请听证程序的权利，听取了原告的陈述申辩，经讨论，分别作出税务处理决定及税务处罚决定,并送达原告。
23、委托书、律师执业证复印件、原告的行政复议申请、被告的行政复议答复书、税务行政复议决定书，以上证据证明原告对第二次税务处理决定及税务处罚决定提起复议申请，复议决定维持被告所作的第二次税务处理决定及税务处罚决定。
（二）依据
1、《税收征管法》第二条、第五条、第四十条、第五十四条、第六十三条、第六十八条之规定、《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第一百零二条。
2、《中华人民共和国行政处罚法》第三条、第八条第二款、第三十一条、第三十二条、第三十九条之规定。
3、《发票管理办法》第三条、《中华人民共和国发票管理办法实施细则》（以下简称《发票管理办法实施细则》）第三十三条、第五十五条之规定。
4、《中华人民共和国营业税暂行条例》第一条之规定。
5、《中华人民共和国城市维护建设税暂行条例》第三条之规定。
6、财税（2003）16号《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》[以下简称财税（2003）16号文]第四条之规定。
7、国发[1986]50号《征收教育费附加的暂行规定》（以下简称国发[1986]50号文）第三条、沪税地[1993]79号《关于提高本市城市教育费附加征收率的通知》（以下简称沪税地[1993]79号文）之规定。
8、沪财预[2002]101号《关于转发<上海市人民政府办公厅关于调整本市河道工程修建维护管理费征收标准等问题的通知>的通知》（以下简称沪财预[2002]101号文）、沪府办发[2002]27号《上海市人民政府办公厅关于调整本市河道工程修建维护管理费征收标准等问题的通知》（以下简称沪府办发[2002]27号文）之规定。
9、沪税所一发[2003]1号《关于统一本市核定征收企业所得税征收率的通知》（以下简称沪税所一发[2003]1号文）、沪地税四（1995）11号《上海市地方税务局关于对本市部分私营企业实行按销售额或营业收入带征方式征收所得税的若干规定》[以下简称沪地税四（1995）11号文]之规定。
原告在起诉时和审理中提供了以下证据：
1、被告第二次税务处理决定书、被告第二次税务处罚决定书、原告行政复议申请书、第二次行政复议决定书，证明原告起诉符合条件。
2、被告第一次税务处理决定书、被告第一次税务处罚决定书、第一次行政复议决定书，证明被告第一次所作的税务处理决定及行政处罚决定被复议机关撤销。
3、上海市公安局闸北分局（以下简称闸北公安分局）出具的扣押物品、文件清单及闸北公安分局出具的暂时扣留（或冻结）财物统一收据，证明因被告提供数据有误，导致原告被闸北公安分局暂扣243万元，多扣163万元。在刑事案件被撤销后，闸北公安分局告知原告暂扣款已转至被告处，当时被告尚未作出第一次的税务处理决定及行政处罚决定，但仍未将暂扣款归还原告。
4、起诉意见书、取保候审决定书、释放证明书、解除取保候审决定书，证明闸北公安分局起诉陈某某的刑事案件被上海市闸北区人民检察院（以下简称闸北检察院）退回，闸北检察院认定陈某某偷税罪不成立，但被告依旧对原告作出处理。
5、审计报告、结算情况报告，证明运输费已全部与承运单位结算，原告不存在偷税行为。
6、原告与南京某某公司签订的运输合作代理协议、运输代理协议，证明原告与南京某某公司是委托代理关系。
被告辩称，原告在与南京某某公司未发生实际货物运输业务的情况下，以现金支付南京某某公司开票金额1％的方式收取南京某某公司263份运输代理发票，票面金额合计12,882,423.10元。263份发票已全部被原告抵作运输费用支出在纳税申报时作扣减运输收入，原告行为违反了《发票管理办法》之规定，以此进行虚假纳税申报，不缴或少缴应纳税款，属偷税。原告应补缴税款1,333,330.78元，被告对其处以相应的罚款计1,095,972.15元，于法有据。被告重新作出的具体行政行为改变了原法律适用，合法有效。综上，请求法院依法驳回原告的诉讼请求。
经庭审质证，原告对被告提供的证据3、4、9、19、22中的被告的税务稽查报告及签报单、第二次税务处理决定的真实性无异议，对上述证据的证明对象有异议；对证据6、17、18及23中的被告行政复议答复书有异议；对被告的其他证据均无异议。原告认为，证据3、4证明原告与南京某某公司间有真实的业务，双方是委托代理关系。证据6，南京某某公司法定代表人陈述原告要求与南京某某公司合作的内容与事实不符，双方均有合作意向。证据9，发票统计表中的序号为5号、233号记载的发票金额有误，被告将4万余元、6万余元记载为458万余元、614万余元，虽然被告在行政处理时已予以纠正，但原告因此在公安侦查阶段多交了163万元的暂扣款。证据17的真实性，原告无法确认。证据18，是法律依据而非证据。证据19，即便如被告所认定的原告的行为构成偷税，原告亦应当按交通业的税率缴纳税款。证据22中的稽查报告及签报单的计算依据不正确。证据23中的行政复议答复书，原告没有收到。
原告对被告的法律依据有异议，认为被告在作出具体行政行为时仅适用了《发票管理办法》的第三条规定，开庭时不能再增加法律依据。《发票管理办法》第三条是关于发票的定义，而非被告作出具体行政行为的法律依据。《发票管理办法实施细则》第三十三条规定的情形是针对南京某某公司的行为，并非针对原告。根据原告被暂扣的款项数额，被告作出税务处理决定及行政处罚决定，显然不当。
被告对原告提供的证据1无异议，对证据2－6的真实性均无异议，但对证据2－6的证明对象有异议。被告认为：证据2，第一次税务处理决定及税务处罚决定被复议机关撤销的原因是其未引用《发票管理办法》第三条之规定，故而因法律适用不当被撤销。证据3、4与本案无关联。证据5，审计报告及结算情况仅系对原告公司的帐簿记录的审计、结算，并不能证明原告从南京某某公司取得发票合法。证据6，印证了原告从南京某某公司取得发票不合法。
经庭审质证，本院对以上证据作如下确认：
1、被告提供的证据1、2，原告对被告提供的具有管辖权的证据无异议，本院予以采纳。
2、被告提供的证据3、4、6，均为被告作出本案被诉具体行政行为前所作的询问（调查）笔录，能相互印证，证明原告与南京某某公司无业务往来，原告联系承运方后，由南京某某公司按原告要求开具发票，并向原告按发票金额的1％收取费用，故本院对证据3、4、6予以采纳。原告认为其与南京某某公司有真实业务往来，但未提供充分证据予以证明，本院对原告观点不予采信。
3、被告提供的证据5、原告提供的证据6，系相同的证据，均证明原告与南京某某公司签订协议，约定南京某某公司按原告要求开具发票，并按发票金额的1%收取费用，该证据与本案有关联，本院予以采纳。
4、被告提供的证据7、8与原告提供的证据5一致，系上海某会计事务所出具的审计报告、结算情况，与本案有关联，本院予以采纳。
5、被告提供的证据9、10，虽具有真实性，但因被告系根据审计报告的结论认定原告的涉案发票金额，且原告对审计报告结论未持异议，故证据9、10与本案无关联。
6、被告提供的证据11，是原告纳税申报的记录，证明了原告的纳税情况，原告对此无异议，本院予以采纳。
7、被告提供的证据12，证明被告在作出第一次税务处理决定和税务处罚决定后，向原告追缴税款、并处以罚款的事实，原告对此证据无异议，本院对此事实予以确认。
8、被告提供的证据14－17，证明被告接到外省市税务机关的协查函后，下达了稽查令，并通知原告进行查账，在发现原告将南京某某公司所开发票作为减除项目纳税申报后，对原告依程序规定立案调查。被告的税务处理决定、税务处罚决定证明上述证据具有真实性，故本院对证据14－17予以采纳。
9、被告提供的证据18，证明本案被诉具体行政行为的立案符合程序规定，本院对此事实予以确认。
10、被告提供的证据19、20，系被告作出第一次税务处理决定、税务处罚决定及之前的内部审核报告。因第一次税务处理决定及税务处罚决定已被复议机关撤销，故本院不予采纳。
11、被告提供的证据21，证明复议机关撤销被告作出的第一次税务处理决定及税务处罚决定的同时，责令被告对原告重新作出处理、处罚决定。该证据与被告作出被诉具体行政行为有关联，且原告对此无异议，本院予以采纳。
12、被告提供的证据22，其中税务稽查报告及签报单与证据13一致，证据22证明被告在处罚前对原告进行了事先告知，告知原告具有申请听证程序的权利，并听取了原告的陈述申辩，经讨论，作出税务处罚决定后送达原告。原告对此无异议，本院予以采纳。
13、被告提供的证据23，是本案被诉具体行政行为作出后的复议程序，不是被诉具体行政行为的事实和程序证据，故本院不予采纳。
14、原告提供的证据1，能证明原告在法定的期限内起诉，本院予以采纳。
15、原告提供的证据3，虽具有真实性，但该证据并非被告作出被诉具体行政行为的事实证据，其证明对象亦不属本案的审查范围，故不予采纳。
16、原告提供的证据4，不能证明原告的纳税申报合法，故证据4与本案无关联，本院不予采纳。
本案原、被告争议焦点在于：南京某某公司与原告是否构成二级代理关系；开具的发票能否作为原告的进项成本予以扣减，被告认定原告行为构成偷税是否具有法律依据；被告作出的第二次税务处罚决定是否属适用法律错误，是否以同一事实、理由对原告作出与原具体行政行为相同或者基本相同的具体行政行为。
关于南京某某公司与原告是否构成二级代理关系的争议。本院认为，被告提供的笔录、上海某会计事务所审计报告、结算情况反映，原告接洽运输业务，并与承运方自行结算运费，南京某某公司按原告要求开具代理运输发票；原告与南京某某公司间无运输款项账目往来，故南京某某公司与原告不存在真实的运输代理业务，不够成二级代理关系。
关于被告作出的第二次处罚决定是否属适用法律错误，是否以同一事实、理由对原告作出与原具体行政行为相同或者基本相同的具体行政行为的争议。本院认为，《税收征管法》第六十三条，“……对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任”的规定。被告的第二次税务处理决定要求原告补缴税款133万余元，处罚决定处原告罚款109万余元。据此，被告对原告作出的罚款决定在法律规定的幅度以内，并无不当。由于税务处罚决定是按税务处理决定的补缴税款的数额为依据，而第一次税务处理决定因适用法律不当被撤销，导致第一次税务处罚决定失去了计算依据被撤销。被告在作出第二次处理决定的情况下，作出的第二次处罚决定，不属于按同一事实、理由作出与原具体行政行为相同或者基本相同的具体行政行为，故并无不当。
综上，本院认为，被告作为区税务管理部门具有作出税务处罚决定的执法主体资格。被告通过一系列调查取证，认定原告以南京某某公司虚开的1,288万余元发票作为成本冲抵其营业额收入，所作的纳税申报属虚假申报，依据《税收征管法》第六十三条规定，对原告所作的处罚决定属认定事实清楚，适用法律正确。被告在行政处罚前对原告进行了事先告知，听取了原告的陈述申辩，在原告放弃听证的情况下,被告经讨论，作出的第二次税务处罚决定，并送达原告，属程序合法。原告认为因被告提供数据有误,导致其多交暂扣款的主张，不属本案审查范围。原告其他的诉请主张，缺乏事实依据和法律依据，本院不予支持。据此，依照《中华人民共和国行政诉讼法》第五十四条第（一）项之规定，判决如下：
维持被告上海市地方税务局闸北区分局于2007年9月19日作出的编号为沪地税闸罚一[2007]××01号税务行政处罚决定的具体行政行为。
案件受理费人民币50元，由原告上海某某船务实业有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第二中级人民法院。