当事人起诉撤销土地补偿分配方案的法律依据主要是《中华人民共和国村民委员会组织法》第二十四条，该条规定了涉及村民利益的事项，包括征地补偿费的使用、分配方案等，应经村民会议讨论决定方可办理。
二、撤销土地补偿分配方案的程序
提起诉讼：当事人如对农村集体经济组织或者村民委员会、村民小组作出的土地补偿分配方案不服，可以依法向人民法院提起诉讼。
三、注意事项
主体资格：提起诉讼的当事人应具有相应的主体资格，即与土地补偿分配方案有直接利害关系的村民或村集体经济组织成员。
诉讼时效：当事人应在法律规定的诉讼时效期内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
根据现行法律法规和职能配置规定，对农村集体经济组织依法取得的征地补偿费用分配和使用进行监督的职责分工上。
农业部门应当结合土地补偿费由被征地农民享受的比例，按照现行政策和被征地农民意愿，指导调整承包耕地；民政部门应当负责征地补偿费用使用和分配的日常监督工作，确保征地补偿费用的分配比例符合法律法规和政策规定，征地补偿费用的使用符合规章制度；农村集体经济组织或有关单位、个人侵占、截留、挪用和抵扣征地补偿费用的，纪检监察机关应当依法查处，构成犯罪的，由司法机关对责任人追究刑事责任。
一、如何确定征地补偿分配方案
二、农村征地补偿款分配方案的原则是什么
1、民主议定原则和合法性原则
村民自治必须是真正的大多数村民的集体意志，而不是某个人或某些少数人的意志，且该意志不能违反法律的强制性规定。《中华人民共和国村民委员会组织法》第二十条第二款规定：村民自治章程、村规民约以及村民会议或者村民代表会议讨论决定的事项不得与宪法、法律、法规和国家的政策相抵触，不得有侵犯村民的人身权利、民主权利和合法财产权利的内容。
一些农村部分村民的土地收益权得不到保护，与人们对村民自治的模糊认识有很大的关系，其所依仗的就是村民自治制度所赋予的一些权力，其实这是对村民自治权力的滥用。
在一个民主和法治的国家，任何形式的自治都不能同国家的依法行政相违抗，任何形式的自治章程都不能同国家的法律相抵触，任何形式的社区民主决定都不能损害公民的基本权利。因此，那些同国家法律、法规和国家政策相抵触的自治章程、村规民约以及村民民主决定都是自然无效的。村民自治必须在民主和法治的轨道上才能获得健康发展，必须做到既要充分发扬民主又要遵守法律。
2、平等原则
在进行征地补偿款分配中，要充分保障每个集体经济组织成员或村民享有平等的待遇，正确地处理利益关系。之所以会出现剥夺少数成员或村民征地补偿款分配的收益权，主要受经济利益驱动的影响，农村集体经济组织每次的收益和征地款分配总量是恒定的，为了更多的分配集体收益，唯有通过减少应分款人数来实现多数村民的最大利益化，因此，公正、公平地分配征地款是保障每个成员或村民享有土地收益权的前提。
3、权利、义务相一致原则
集体成员在享有分配利益的同时要考虑其对集体所尽义务的大小，做到权利与义务相一致，公平合理地分配征地款。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。