性侵未成年人案件始于侦查阶段。在侦查阶段，关于证据的取得主要存在以下五个方面的问题：
（一）电子数据调取的及时性
（二）类型化侦查的问题
（三）及时立案的问题
（四）性侵害未成年人案件侦查中各种检查的问题
2.现场勘验。办理性侵未成年人案件，应当严格按照法定程序对犯罪现场进行及时、细致、全面的勘验，收集、固定与犯罪有关的痕迹、物证等。重点包括勘查现场周围环境，如现场搏斗、拖拉、滚压等痕迹，提取现场遗留的指纹，如足迹、鞋印、血迹、毛发、衣物、纽扣、污纸、烟蒂等物证，及时调取住宿登记表等书证、现场监控录像等视听资料，以及电子数据等客观证据材料。如何利用证据查实性行为发生的具体环境和经过。一方面，办案过程中要分别仔细询问被害人与讯问犯罪嫌疑人，就案发过程中双方的具体言行举止、怎样脱下衣服特别是内衣内裤等细节进行核实；另一方面，要通过及时细致的勘查、检查，及时提取和固定重要物证痕迹，核实有关物证的具体特征。如B市一起强奸案中，办案人员对事发经过进行了细致询问，被害人陈述中对其间犯罪嫌疑人“将染血的沙发垫扣过来”等若干细节进行了细致陈述。后在案件现场勘验检查时，从现场沙发垫上提取到被害人血迹，并准确反映出该沙发垫在勘查时为倒扣状。这样对于结合其他证据准确审查事实提供了扎实的证据基础。
（五）询问未成年被害人的问题
侦查人员多次询问的主要原因在于其准备不充分，每次询问遗漏关键问题，质量不高。询问过程的许多因素都可能影响儿童陈述的准确性和完整性。为此，应当在询问前事先做好充分的准备工作，并为了获得未成年人正确回答，必须根据案情精心设计问题。了解案件情况能够使询问更加具有重点和针对性，在充分了解未成年被害人情况下，才能采取最合适的询问方式，避免对被害人造成二次伤害。
2.询问的基本要求。询问未成年被害人应当尽可能得到完整、准确的报告，以确定其是否已经受到侵害（或有被侵害的危险），以及如果受到侵害，侵害者是谁。只有在有足够证据证实发生了性侵害未成年人案件时，才能对未成年人进行询问。同时，如有可能，尽可能在询问前做好准备工作，列好详细提纲，并进行同步录音录像，以避免再次询问给未成年被害人带来精神方面的进一步创伤。
4.询问流程。在对被害人进行询问的过程中，询问人员首先应当进行简要的自我介绍，如果有其他在场人员如心理专家等，一并进行介绍。第二阶段集中于友善关系的建立，可以从与案件毫无关联的话题，如单纯关心未成年人的话题等开始随意交谈，或者通过做游戏、听音乐、看绘本等方式进行沟通互动，博得未成年人情感上的信任，使未成年人消除恐惧和不安全感、不信任感。第三阶段是“真实—谎言”讨论，可以询问儿童是否曾经说过谎话及说谎话的后果是什么等，可以通过一些例子如“我现在告诉你我的鞋子是红色的(其实鞋子是黑色)，我说的是实话吗？”来检验儿童能否理解真实—谎言、真实—幻想之间的差别，并获得儿童口头承诺在询问过程中讲真话。第四阶段是基本规则约定，即与儿童约定其对于被问及的事情可以自由陈述，包括可以回答“我不知道”“我不记得”或“我暂时不想回答”等，此过程可以与前面的作证能力评估合并进行。第五阶段是询问具体的侵害问题。第六阶段是询问人员回顾和阐明儿童的陈述，为被害未成年人提供人身安全信息，必要时也可以对被害未成年人做治疗推荐。
关于上述被害人的影响性陈述，可以询问未成年被害人采取哪些方式能够使他们以最舒服的方式表达出自己的感受，年龄比较小的儿童可以鼓励画画表达。在侦查阶段问得越详细越好，有些细节非亲历难以知晓，如能发现这类细节，则未成年人被害人陈述的可信度就非常高，对于指控和打击此类犯罪有重要意义。
6.询问场所与座位。询问未成年被害人的场所，应当听取未成年被害人的意见。如果其没有具体意见的，应当选择未成年人熟悉而且能够感到舒适和放松的场所，如家庭、学校或者其他让未成年人心理上感到安全的场所，并注意要与外界相对隔离。在未成年人陌生的环境中询问，则要营造使未成年人感到安全、舒适和亲切的氛围。
由于未成年人的身心发展特点有别于成年人，为保护其身心健康，以及有效提高未成年人证言的证明力，在询问地点的选择上也要有所讲究。对未成年人而言，陌生或者严肃的环境会让其感到无所适从，造成情绪紧张，影响他们对案情的陈述。因而选择到未成年人比较熟悉的环境询问，可以让未成年人感到轻松自在，但是，要与外界相对隔离，即在一个私密的空间里。如果在未成年人陌生的环境询问，则该环境的布置就应有所讲究，要营造一种能迎合未成年人个体需要，让其感到安全、舒适、亲切的氛围。
关于询问座位的选择，询问未成年被害人，可以与被害人并肩而坐，并且在询问人员与被害人之间尽量不要摆放办公桌、写字台或其他家具，以保证双方都全神贯注，以及无任何有形的障碍。这主要是因为，座位的方式和距离意味着侦查员与被害人之间的空间距离，空间距离意味着侦查员与被害人的心理或心灵距离。心理距离的合理使用是侦查人员询问被害人成功的重要因素之一。友好距离体现了亲切信赖的交谈氛围，这种距离有利于合作。询问社交距离被害人宜选择这种方式，她并坐一起，创造出一种同情式聊天气氛，使对方缩短心理距离，便于沟通。
7.询问中需要特别注意的几个问题。在询问未成年被害人的过程中应当特别注意以下五个问题。
（5）询问笔录制作中需要注意的问题。未成年被害人询问笔录，应当如实记录，不得添加、删减或修改。对于年幼的未成年被害人陈述内容，记录应当忠实于原话，不得随意加工或归纳。必要时，可以在笔录中记载未成年被害人陈述时的语气、神情、动作等，以增强被害人陈述的证明力。询问笔录应当交由未成年被害人及到场的法定代理人或合适成年人当场阅读核对。对于没有阅读能力的，应当向其宣读。未成年被害人及到场的法定代理人或合适成年人核对无误后，分别在笔录上逐页签名确认。
（六）讯问犯罪嫌疑人过程中存在的问题
2．对于未成年人参与共同犯罪的，还应当注意查明是否存在被教唆、胁迫等情况。例如，在贵州习水案件中，受害人被逼为侵害人寻找犯罪对象。犯罪不仅在强奸王某后强迫其卖淫，还让她去寻找另外的女学生，并且告诉她只要帮忙找到另外一个女学生，王某就不用再做了。这不仅使涉案人将魔爪伸向了更多的未成年学生，而且还把未成年受害人操纵成其“作案工具”。这种将未成年受害人变为“作案工具”的案件并非个案。曾为全国人大代表的某县政协副主席吴某对该地区20多名中小学生实施强奸，这些受害人中年龄最小的只有12岁。有的未成年人被性侵后转而为吴某“狩猎”其他少女，“狩猎”范围遍及当地7所中学或中专，涉及22名在校未成年学生，其中4名未满14周岁。这类案件中受害人受到的伤害更大，他们无形中成了犯罪人的“帮凶”，在一定程度上由受害人转成加害人，犯罪涉及的面也更广，使更多的未成年人受到伤害。这进一步表明了如果没有及时发现和严厉打击未成年人遭受性侵案件，将可能会产生更严重的后果，不仅加深了对受害人的伤害，还可能使更多的未成年人遭受摧残。
二、审查起诉阶段关于证据取得与审查的问题
（一）检察机关提前介入侦查
在性侵未成年人案件办理过程中，由于案件本身的特殊性，检察机关除了在审查批捕环节、审查起诉环节受理审查外，一般会在公安机关立案时就提前介入，引导侦查取证。因此，人民检察院应当与公安机关建立性侵未成年人犯罪案件信息通报机制。对于公安机关提出或者未检部门负责人认为有必要的，应当指派检察官适时介入，监督引导侦查取证并依法落实未成年被害人特殊保护措施。实践证明，检察官提前介入侦查取证，有利于对被害人进行全面、一次性询问，提高指控的成功率。
（二）建立“一站式”取证与保护制度
（三）检察机关审查证据时需要注意的问题
1.发案与破案经过审查。审查性侵未成年人案件，应当结合全案证据审查案发及报警经过是否自然、合理，包括犯罪如何被揭发或发现、案发后多久被揭发或发现、有无其他因素干扰而延迟报案等，以供判断是否确实被性侵及侵害人是谁。当被害人主动诉说时，应查明向谁诉说、两人是何种关系、有无信任到向其述说的程度，诉说经过、内容与方法、听闻者当时作何反应等也需要查明，如果曾向多人诉说，还应当查明诉说内容关于被害的关键问题是否一致；如果是被人察觉，应查明如何察觉、察觉后作何反应或处置，有无询问被害人被害经过，如果有，则查明如何询问、被害者如何回答、有无做记录等。
3．无罪辩解审查。犯罪嫌疑人、被告人提出无罪辩解的，应当从辩解有无证据支持；案发经过是否正常、合理；被害人与犯罪嫌疑人的关系、交往情况；被害人陈述的合理性及有无证据支持等方面对无罪辩解的合理性进行审查判断，并要求其提供线索供查证核实。必要时，给予嫌疑人有接受测谎证明无辜或列队接受被害人指认的机会。经查证，辩解成立或者无法排除辩解成立可能性的，应当作出有利于犯罪嫌疑人、被告人的认定。
4.“自愿”与“明知”的审查。需要指出的是，对幼女进行特殊保护是世界各国的基本共识。以强奸罪为例，根据我国刑法规定和司法实践，奸淫不满14周岁的幼女构成强奸罪，不要求采取强制手段实施，而对于使用暴力、胁迫或者其他强制手段与不满14周岁的幼女发生性关系的，无论是否明知被害人为幼女，都要以强奸罪论处。实践中，有些犯罪嫌疑人、被告人未使用暴力、胁迫或者其他强制手段与幼女发生性关系，而以各种理由辩解是与幼女正常交往，不明知被害人是幼女，给审查认定案件事实造成一定困难。因此，必须明确，只有在采取非强制手段与幼女发生性关系的案件中，认定是否明知被害人为幼女才会成为需要解决的问题。
三、审判阶段关于证据证明的问题
（一）法庭作证的问题
（二）证明标准
办理性侵未成年人犯罪案件，应当坚持证据确实、充分，排除合理怀疑的证明标准，并充分考虑此类案件的特殊性，准确把握证明标准。犯罪嫌疑人、被告人有罪供述与其他证据能够相互印证的，应当认定性侵犯罪事实成立。只有犯罪嫌疑人、被告人的有罪供述，没有其他证据印证，或者有罪供述与其他证据之间存在无法排除的矛盾的，应当作出有利于犯罪嫌疑人、被告人的认定。没有犯罪嫌疑人、被告人的有罪供述，但被害人陈述等直接证据能够得到其他证据印证，或者其他间接证据能够形成证据锁链，排除合理怀疑的，应当认定性侵害事实成立。被害人陈述或者犯罪嫌疑人、被告人供述中涉及非亲身经历不可能知晓的案件隐秘信息，并能够得到其他证据印证，且系陈述或供述在先、印证证据调取在后，可以排除指供、诱供可能的，应当采信被害人陈述或者犯罪嫌疑人的有罪供述。
（三）民事赔偿方面的证据问题
公安机关在办理性侵未成年人案件时，应当同时收集未成年人因被性侵而造成的人身损害赔偿方面的证据，包括为进行康复治疗所支付的医疗费、护理费、交通费、住院伙食补助费、住宿费、误工费、必要的营养费等合理费用，以及未成年人被确定为精神疾病或者心理障碍等需要治疗、辅导的费用等。性侵害发生在学校、打工、住宿、餐饮、娱乐等场所的，还应当同时注意收集学校、雇主、经营活动或者其他社会活动的自然人、法人或其他组织未尽合理限度范围内的安全保障义务方面的证据。