《若干意见》指出，党的十八大以来，党中央、国务院高度重视改革完善科研经费管理工作，先后出台了一系列优化科研经费管理的政策文件和改革措施，有力地激发了科研人员的创造性和创新活力，促进了科技事业发展，但在科研经费管理方面仍然存在政策落实不到位等问题。为有效解决这些问题，更好贯彻落实党中央、国务院决策部署，进一步激励科研人员多出高质量科技成果、为实现高水平科技自立自强作出更大贡献，需要进一步改革完善中央财政科研经费管理。
《若干意见》提出，要扩大科研经费管理自主权，简化预算编制，按设备费、业务费、劳务费三大类编制直接费用预算；将设备费预算调剂权全部下放给项目承担单位，其他费用调剂权全部下放给项目负责人；扩大经费包干制实施范围，在人才类和基础研究类科研项目中推行经费包干制。要完善科研项目经费拨付机制，合理确定经费拨付计划，加快经费拨付进度。项目任务书签订后30日内，项目管理部门要将经费拨付至项目承担单位。项目完成后，结余资金留归承担单位使用，用于科研活动直接支出。
《若干意见》指出，要加大科研人员激励力度。提高间接费用比例，对数学等纯理论基础研究项目，间接费用比例可提高到不超过60%；扩大稳定支持科研经费提取奖励经费试点范围；扩大劳务费开支范围，由单位缴纳的项目聘用人员社会保险补助、住房公积金等纳入劳务费科目列支；合理核定绩效工资总量，动态调整绩效工资水平；科技成果转化现金奖励不受所在单位绩效工资总量限制，不作为核定下一年度绩效工资基数。
《若干意见》明确，要减轻科研人员事务性负担。项目承担单位要确保每个项目配有相对固定的科研财务助理，所需人力成本费用可通过项目经费等渠道统筹解决；改进财务报销管理方式，推进科研经费无纸化报销试点，开展取消科研项目结题财务审计试点，优化科研仪器设备采购，改进科研人员因公出国（境）管理方式。要创新财政科研经费投入与支持方式，开展顶尖领衔科学家支持方式试点，支持新型研发机构实行“预算+负面清单”管理模式。
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