primer5电脑版下载primer5在线设计引物下载v5.0

1、软件的主要功能分四种,即引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA基元(motif)查找和同源性分析功能。前三种为其主要功能。此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列"朗读"、DNA与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。

一、限制性酶切点分析及基元查找功能

1、其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10序列,-35序列等),按确定即可

2、常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到,你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元

二、引物设计

1、打开DNA序列后点击按钮primer,出现“searchcriteria”窗口,有多种参数可以调整

2、搜索目的(SeachFor)有三种选项,PCR引物(PCRPrimers)、测序引物(SequencingPrimers)和杂交探针(HybridizationProbes)

3、搜索类型(SearchType)可选择分别或同时查找上、下游引物(Sense/Anti-sensePrimer,或Both),或者成对查找(Pairs),或者分别以适合上、下游引物为主(CompatiblewithSense/Anti-sensePrimer)。另外还可改变选择区域(SearchRanges),引物长度(PrimerLength),选择方式(SearchMode),参数选择(SearchParameters)等等

4、使用者可根据自己的需要设定各项参数。如果没有特殊要求,建议使用默认设置。然后按search,随之出现的SearchProgress窗口中显示SearchCompleted时,再按OK,这时搜索结果以表格的形式出现,有三种显示方式,上游引物(Sense),下游引物(Anti-sense),成对显示(Pairs)。默认显示为成对方式,并按优劣次序(Rating)排列,满分为100,即各指标基本都能达标

三、引物点击

1、点击其中一对引物,如第1#引物,并把上述窗口挪开或退出,显示“PeimerPremier”主窗口,所得结果分三部分,

2、模板及产物位置,中间是所选的上下游引物的一些性质,最下面是四种重要指标的分析,包括发夹结构(Hairpin),二聚体(Dimer),错误引发情况(FalsePriming),及上下游引物之间二聚体形成情况(CrossDimer)

3、当所分析的引物有这四种结构的形成可能时,按钮由变成,点击该按钮,在左下角的窗口中就会出现该结构的形成情况

4、一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构,因此最好的情况是最下面的分析栏没有,只有。值得注意的是中间一栏的末尾给出该引物的最佳退火温度

四、引物修饰编辑

1、在需要对引物进行修饰编辑时,如在5’端加入酶切位点,可点击,然后修改引物序列

3、对简并引物的分析不需像一般引物那样严格

4、总之,“Premier”有优秀的引物自动搜索功能,同时可进行部分指标的分析,而且容易使用,是一个相当不错的软件

获得基因序列后,打开primer5.0

点击File-new-DNAsequence

粘贴cDNA序列-asis-ok

点primer

点search-调整如图参数(产物长度一般为100-300,引物长度一般为20左右,视情况调整)

点ok,弹出的新窗口也点Ok

弹出下图窗口后,先看右边,根据系统设计的引物进行筛选,优先评分较高的

注:S是上游引物,A是下游引物,sense,anti-sense最好都是None,再细看

①ΔG绝对值小于10

②tm在58左右,正负2度

③GC%在40%-60%

④末端不能是A

⑤不能有连续3个相同的碱基

⑥3’端一定不能有错配

【筛选原则】:

1、最好hairpin,dimer,falsepriming没有

2、最好是没有连续相同碱基,如TTT、GGG

3、最好两个引物之间bp之差小于等于2,

4、产物长度大于100,小于300最好,也可以到400

5、tm在58左右,正负2度

6、一般设计时引物18-22长度,最长不要超过25

7、3’不能以A结尾

8、出现Found时,ΔG绝对值小于10

注:由于基因序列本身的差异,一般很难调到所有原则都满足,但是可以对系统给出的引物中的前几对进行调整,尽可能满足以上原则。

【如何调整】:

以系统给出的第一对引物为例(看框住的地方),虽然系统给出的评分比较高,但是下游引物可能出现发夹结构(Hairpin)和二聚体(Dimer),我们可以尝试调整一下。

首先点击左上角的A(Anti-sense),当图示的引物与A的颜色一直时,表示展示的是Anti-sense,然后把鼠标的光标放在引物的位置左右滑动,调整上下游引物位置。

下图是从3’往右移动了一个碱基,注意引物的长度会增加(只要是滑动了引物,改变了它的位置,长度就会增加,此时需要删除多余的碱基,到合适的长度)

点击EditPrimers,即可删除多余的碱基

弹出如下窗口后,光标点在①号位置,删除几个碱基后,

点击②号位置Analyze,点击③号位置ok

应该删除几个碱基?滑动之后多了5个碱基,一般是删除5个,但是下图我删除了6个,因为删除5个后末尾是A,我们在调整的时候可以多删,也可以少删,引物长度在合适范围即可

注意编辑引物时,只能从右边添加或删除碱基,如果想在左边添加或删除需要通过左右移动碱基的位置。有时候评分不错的上下游引物也可以调整,以下图为例,我想删掉5’端的一个C,降低GC含量

首先把光标放在引物的位置,将引物向后移动一个,看下图可以观察到引物向后移动了一个碱基,长度增加了,此时点击EditPrimers。

删除6个碱基后点击Analyze(分析)(删除几个碱基视情况而定)

最后的结果

5'CACTGACTGCCAGAAGACC3'

5'TACTCGTTCCAGGACCACC3'

【如何导出?先打开一个Excel文件】

点击Edit-copy-senseprimer-粘贴

点击Edit-copy-Antisenseprimer-粘贴

总结:根据系统给出的评分,看前几对引物是否是理想的引物,大部分情况不会都满足上述原则,需对前几对进行调整。(三步结合使用)

一:删除或添加末端碱基

二:拖动碱基的位置,向前移动一个或多个碱基或向后移动一个或多个碱基

三:点击EditPrimers,删除几个碱基后分析

终极大法:有时候调整了也达不到理想的效果,尝试耐着性子调整第一对,实在调不了,直接用第一对。

THE END
1.以下哪种软件是免费的在线引物设计软件?《中国南方电网有限责任公司客户关系管理细则》(Q/CSG2083006-2021)第二十五条明确,对未履行或未正确履行客户关系管理规定,造成( ),按照各级单位营销事故责任追究管理制度规定追究责任。对涉嫌违纪或者职务违法、职务犯罪问题的,移交纪检监察机构处理。https://www.shuashuati.com/ti/87710fd348f44c3184f92f57849e8e45.html
2.在线引物设计站点Very popular primer design tool for designing primers for PCR, hybridization. Added: Sat Jul 20 2002 Reviews:0 Primerfinder(Univ. of Texas-SW Med. Ctr) Easy to use, free, online primer design program Added: Sat Jul 20 2002 Reviews:0 https://www.antpedia.com/news/08/n-2320408.html
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4.RiboBio引物在线设计/计算工具锐博生物此工具基于primer3引物设计,基础版、标准版、高级版的主要区别在于设计primer的参数不同,用户可以自行选择。 高级版参数更加详尽,除了包含基本设计参数外,还包含折叠的条目。 Start Primers Design 温馨提示: 本在线工具可以为您的引物设计提供一些便利,所设计引物必须自行到NCBI数据库检查特异性或其他必要技术指标。 https://www.ribobio.com/service-and-support/ribobio-primer-design-tools/
5.一款超好用的在线引物设计软件在这里我向大家隆重推荐一个在线的引物设计软件,是斯坦福大学的,我认为是最好的在线引物设计软件,我用它设计接近 100 多对引物。它用起来也很简单,最重要的是效果非常好,考虑的因素也非常的多。 具体操作如下: 首先输入你想要 p 的片断,含有数字也无所谓,选择 pcr 选项。 https://www.biomart.cn/experiment/793/2712890.htm
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7.已知一个SNP位点,怎么设计引物?用在线的引物设计.答案解析 查看更多优质解析 解答一 举报 比如说用primer3,你就把找到的包括这个SNP的一段序列copy进去,在你的snp周围用方括号包括一段序列,然后让primer3设计就可以了 解析看不懂?免费查看同类题视频解析查看解答 相似问题 带酶切位点的引物设计问题 引物设计时如何添加酶切位点 引物的设计原则 特别推荐 热点考https://www.zybang.com/question/ae6b4232ab5d23e5027ad54a40f78aff.html
8.在线设计qPCR引物网站(最后更新日期:2022.5.26)IDT在线设计qPCR引物网址:https://sg.idtdna.com/scitools/Applications/RealTimePCR/Default.aspx IDT站点:https://sg.idtdna.com/pages 该网站可以选择国家与语言为中国、中文。 本人未测试该功能,偶然看到,做个分享。该网站还有其它工具,可以自行查看。 https://www.jianshu.com/p/a2c1add4d101
9.9款常用引物设计软件&在线工具内含安装包引物设计的工具有很多,软件的最佳搭配是Oligo 6 和Primer Premier 5 ,以Primer Premier 5 进行自动搜索、Oligo 6 进行分析评价;在线的工具,首推Primer-BLAST以及primer 3。 还有一些其它的软件/在线工具,一并做个梳理,方便大家根据自己的需求选择引物设计的工具。 https://fcmacs.com/newsinfo/7458029.html
10.在线功能富集分析与qPCR引物设计腾讯云开发者社区之前写的RNA-seq数据差异表达分析一文中提到,筛选得到差异表达基因list后,需要进一步分析这些基因参与了哪些功能,因此要进行后续的一些分析,比如功能富集分析、聚类分析和基因共表达网络分析。这次主要介绍在线功能富集分析与qPCR引物设计。其中在线功能富集分析可利用本人所在课题组开发的agriGO和PlantGSEA在线分析工具,分别进行https://cloud.tencent.com/developer/article/1613419
11.3款简单实用的在线PCR引物设计软件这个工具整合了目前流行的 Primer3 软件,且加上 NCBI 的 Blast 进行引物特异性的验证;可以针对某一特定剪接变异体基因来设计引物。 网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/或者直接从 Blast 主页(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)上找到。 https://blog.csdn.net/zea408497299/article/details/125234963
12.PrimerSpanner:一个高效的定点突变PCR引物设计在线工具引物设计是这类实验技术中的关键一环,因其直接影响扩增效率和PCR产物的拼合。在嵌合式引物设计方法(一对突变引物在5'端具有互补序列)的基础上,开发了一个在线工具Primer Spanner(PS),可简单高效获得设计定点突变引物。PS可应用于单碱基或连续多碱基替换、插入、敲除等突变形式。通过大量突变实验与测序验证,结果表明该https://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTotal-SWGJ201510008.htm
13.PrimerX:设计定点突变引物的在线工具PublicLibraryofPrimerX 是一款在线工具,用来设计突变PCR引物。PrimerX能够基于两种不同序列数据设计突变引物,一种可以输入突变的DNA序列,另一种是模板DNA编码的蛋白序列,另外还能够鉴定你设计的突变引物。 进入后可以点击以下三个选项进行操作: Click on one of the tasks below to get started: https://www.plob.org/article/2148.html
14.PCR引物设计原则设计软件及在线工具PCR引物设计实验流程Primer 3是由美国whitehead生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费的在线PCR引物设计程序(在线网址:http://primer3.ut.ee/),一个非常简单却高效的引物设计在线软件。只需在目标序列中粘贴DNA序列后点击搜索即可。其中,可通过多种方式来对结果进行筛选,包括PCR产物的大小、引物大小、Tm范围和其它参数。https://www.detaibio.com/topics/pcr-primer-design.html
15.《点突变引物设计》.doc文档全文免费阅读在线看《点突变引物设计》.doc 5页内容提供方:ycwf 大小:102 KB 字数:约2.89千字 发布时间:2015-12-22发布于河南 浏览人气:3457 下载次数:仅上传者可见 收藏次数:1 需要金币:*** 金币 (10金币=人民币1元)《点突变引物设计》.doc 关闭预览 想预览更多内容,点击免费在线预览全文 免费在线预览全文 《https://max.book118.com/html/2015/1221/31759332.shtm
16.如何成为一个qPCR引物设计高手qPCR(Quantitative real-time PCR)实验中,模板质量、引物设计、qPCR反应体系、程序设置,均是影响实验成功的重要因素。其中,qPCR的引物设计尤为重要,决定了qPCR扩增效率和扩增产物的特异性,引物设计都有哪些原则和要点,一起来了解一下吧! qPCR引物设计原则 https://www.chem17.com/tech_news/detail/3267068.html
17.小RNA引物设计软件及数据库开发取得新进展日前,国际生物信息学领域权威学术期刊《Bioinformatics》以“sRNAPrimerDB: Comprehensive primer design and search web service for small non-coding RNAs”为题在线发表了我校动科动医学院猪遗传育种团队的最新研究成果,文章报道了一款针对小分子非编码RNA的引物设计新型软件及数据库。 https://my.hzau.edu.cn/info/1029/3937.htm
18.一种单碱基突变方法及采用的系统与流程654突变点的上下游序列,在primer3 plus在线引物设计工具网站(http://www.primer3plus.com/cgi ? bin/dev/primer3plus.cgi)设计引物,扩增目标突变点的上下游片段,pcr产物送上海生工生物技术公司进行sanger测序,明确ivs ? ii ? 654突变特征为c https://www.xjishu.com/zhuanli/27/202110782625.html
19.Primer3InputSelect theTaskfor primer selectiongenericpick_sequencing_primerspick_primer_listcheck_primers Pastesource sequencebelow (5'->3', string of ACGTNacgtn -- other letters treated as N -- numbers and blanks ignored). FASTA format ok. Please N-out undesirable sequence (vector, ALUs, LINEs, etc.)https://primer3.ut.ee/
20.一个好用的批量设计引物工具今天跟大家推荐一个批量设计引物的在线工具,一次可以设计500条序列引物,并且是在线的,完全免费,速度也是很不错。 这个工具就是:BatchPrimer3。 网址:http://wheat.pw.usda.gov/demos/BatchPrimer3/ BatchPrimer3(以下简称“BP”)是基于 Primer3为核心开发的引物设计工具,BP可设计多种引物,包括通用引物,SSR引物设计https://www.genedenovo.com/news/336.html
21.OligoPerfect引物设计工具ThermoFisherScientific基于Primer3 的 OligoPerfect 允许您输入单个或多个(多达 50 个)序列,并设计针对您的反应条件优化的引物。从您的计算机或云帐户粘贴或加载 FASTA 格式的序列,选择所需的参数,然后从可用引物列表中选择。然后,可在将引物添加至购物车之前添加修饰并选择纯化方法、包装形式和其他选项。 https://www.thermofisher.cn/cn/zh/home/life-science/oligonucleotides-primers-probes-genes/custom-dna-oligos/oligo-design-tools/oligoperfect.html