3款简单实用的在线PCR引物设计软件

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2023.09.09

NCBI的Primer-Blast;Primer3Plus;

PrimerBank;

一、NCBI的Primer-Blast

这个在线软件整合了经典的引物设计软件Primer3,整合了NCBI的Blast功能进行引物特异性的验证。

Primer-Blast的功能区包括4个部分:PCRTemplate;PrimerParameters;Exon/intronSelection;

Specificitycheck;

1.引物设计,输入要设计的序列信息,可以是FASTA格式序列,也可以是Accessionnumber/Ginumber。

2.对现有引物验证

3.Intron/exon:如果设计的引物涉及到内含子和外显子的连接处,可再这个位置选择Primermustspananexon-exonjunction。匹配外显子碱基数和内含子长度等选默认即可。

4.特异性选择(Specificitycheck),这里是设置设计引物或验证引物时的参考目标数据库和物种,这个需要着重选一下,因为对结果影响比较大;

◆这里选项总共有7种数据库:RefSeqmRNA,Genome(referenceassembliesfromselectedorganisms),RefSeqrepresentativegenomes,RefSeqRNA(refseq_rna),nr(thestandardnon-redundantdatabase),Genome(chromosomesfromallorganisms)和custom。

◆其中RefSeqmRNA与Genome数据库是专业注释的数据,从某种意义上来说更精准。

◆特别是,当你用NCBI的参考序列作为模板和参考序列数据库作为标准来设计引物时,Primer-BLAST可以设计出只扩增某一特定剪接变异体基因的特异引物。5.设计好引物后,还是建议用常规的引物设计软件,比如oligo6、primer5等来验证一下引物的特性,例如引物序列包含的引物自身二聚体、发夹结构、△G的绝对值、错配和引物间二聚体。

选择引物的原则是:列表中大部分是目的基因,说明引物特异性高;如果出现很多物种,说明该基因在不同物种中保守。

打开主页,选择搜索类型,总共有6个选项:GenBankaccession、NCBIproteinaccession、NCBIgeneID、primerbankID、NCBIgenesymbol以及keyword,可以根据已有信息进行选择。这里以小鼠的beta-actin基因为例。

THE END
1.以下哪种软件是免费的在线引物设计软件?《中国南方电网有限责任公司客户关系管理细则》(Q/CSG2083006-2021)第二十五条明确,对未履行或未正确履行客户关系管理规定,造成( ),按照各级单位营销事故责任追究管理制度规定追究责任。对涉嫌违纪或者职务违法、职务犯罪问题的,移交纪检监察机构处理。https://www.shuashuati.com/ti/87710fd348f44c3184f92f57849e8e45.html
2.在线引物设计站点Very popular primer design tool for designing primers for PCR, hybridization. Added: Sat Jul 20 2002 Reviews:0 Primerfinder(Univ. of Texas-SW Med. Ctr) Easy to use, free, online primer design program Added: Sat Jul 20 2002 Reviews:0 https://www.antpedia.com/news/08/n-2320408.html
3.分享我认为最好的在线引物设计软件朝夕问魚 mark,实验小白,终于找到了方法,我的电脑打不开primer 2019-05-29IP北京北京 收藏回复点赞 https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/8276490
4.RiboBio引物在线设计/计算工具锐博生物此工具基于primer3引物设计,基础版、标准版、高级版的主要区别在于设计primer的参数不同,用户可以自行选择。 高级版参数更加详尽,除了包含基本设计参数外,还包含折叠的条目。 Start Primers Design 温馨提示: 本在线工具可以为您的引物设计提供一些便利,所设计引物必须自行到NCBI数据库检查特异性或其他必要技术指标。 https://www.ribobio.com/service-and-support/ribobio-primer-design-tools/
5.一款超好用的在线引物设计软件在这里我向大家隆重推荐一个在线的引物设计软件,是斯坦福大学的,我认为是最好的在线引物设计软件,我用它设计接近 100 多对引物。它用起来也很简单,最重要的是效果非常好,考虑的因素也非常的多。 具体操作如下: 首先输入你想要 p 的片断,含有数字也无所谓,选择 pcr 选项。 https://www.biomart.cn/experiment/793/2712890.htm
6.在线引物设计网站,老板推荐的,亲测好用生信老码农在线引物设计网站,老板推荐的,亲测好用 直接上连接: http://primer3plus.com/cgi-bin/dev/primer3plus.cgihttps://www.cnblogs.com/Demo1589/p/7042022.html
7.已知一个SNP位点,怎么设计引物?用在线的引物设计.答案解析 查看更多优质解析 解答一 举报 比如说用primer3,你就把找到的包括这个SNP的一段序列copy进去,在你的snp周围用方括号包括一段序列,然后让primer3设计就可以了 解析看不懂?免费查看同类题视频解析查看解答 相似问题 带酶切位点的引物设计问题 引物设计时如何添加酶切位点 引物的设计原则 特别推荐 热点考https://www.zybang.com/question/ae6b4232ab5d23e5027ad54a40f78aff.html
8.在线设计qPCR引物网站(最后更新日期:2022.5.26)IDT在线设计qPCR引物网址:https://sg.idtdna.com/scitools/Applications/RealTimePCR/Default.aspx IDT站点:https://sg.idtdna.com/pages 该网站可以选择国家与语言为中国、中文。 本人未测试该功能,偶然看到,做个分享。该网站还有其它工具,可以自行查看。 https://www.jianshu.com/p/a2c1add4d101
9.9款常用引物设计软件&在线工具内含安装包引物设计的工具有很多,软件的最佳搭配是Oligo 6 和Primer Premier 5 ,以Primer Premier 5 进行自动搜索、Oligo 6 进行分析评价;在线的工具,首推Primer-BLAST以及primer 3。 还有一些其它的软件/在线工具,一并做个梳理,方便大家根据自己的需求选择引物设计的工具。 https://fcmacs.com/newsinfo/7458029.html
10.在线功能富集分析与qPCR引物设计腾讯云开发者社区之前写的RNA-seq数据差异表达分析一文中提到,筛选得到差异表达基因list后,需要进一步分析这些基因参与了哪些功能,因此要进行后续的一些分析,比如功能富集分析、聚类分析和基因共表达网络分析。这次主要介绍在线功能富集分析与qPCR引物设计。其中在线功能富集分析可利用本人所在课题组开发的agriGO和PlantGSEA在线分析工具,分别进行https://cloud.tencent.com/developer/article/1613419
11.3款简单实用的在线PCR引物设计软件这个工具整合了目前流行的 Primer3 软件,且加上 NCBI 的 Blast 进行引物特异性的验证;可以针对某一特定剪接变异体基因来设计引物。 网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/或者直接从 Blast 主页(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)上找到。 https://blog.csdn.net/zea408497299/article/details/125234963
12.PrimerSpanner:一个高效的定点突变PCR引物设计在线工具引物设计是这类实验技术中的关键一环,因其直接影响扩增效率和PCR产物的拼合。在嵌合式引物设计方法(一对突变引物在5'端具有互补序列)的基础上,开发了一个在线工具Primer Spanner(PS),可简单高效获得设计定点突变引物。PS可应用于单碱基或连续多碱基替换、插入、敲除等突变形式。通过大量突变实验与测序验证,结果表明该https://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTotal-SWGJ201510008.htm
13.PrimerX:设计定点突变引物的在线工具PublicLibraryofPrimerX 是一款在线工具,用来设计突变PCR引物。PrimerX能够基于两种不同序列数据设计突变引物,一种可以输入突变的DNA序列,另一种是模板DNA编码的蛋白序列,另外还能够鉴定你设计的突变引物。 进入后可以点击以下三个选项进行操作: Click on one of the tasks below to get started: https://www.plob.org/article/2148.html
14.PCR引物设计原则设计软件及在线工具PCR引物设计实验流程Primer 3是由美国whitehead生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费的在线PCR引物设计程序(在线网址:http://primer3.ut.ee/),一个非常简单却高效的引物设计在线软件。只需在目标序列中粘贴DNA序列后点击搜索即可。其中,可通过多种方式来对结果进行筛选,包括PCR产物的大小、引物大小、Tm范围和其它参数。https://www.detaibio.com/topics/pcr-primer-design.html
15.《点突变引物设计》.doc文档全文免费阅读在线看《点突变引物设计》.doc 5页内容提供方:ycwf 大小:102 KB 字数:约2.89千字 发布时间:2015-12-22发布于河南 浏览人气:3457 下载次数:仅上传者可见 收藏次数:1 需要金币:*** 金币 (10金币=人民币1元)《点突变引物设计》.doc 关闭预览 想预览更多内容,点击免费在线预览全文 免费在线预览全文 《https://max.book118.com/html/2015/1221/31759332.shtm
16.如何成为一个qPCR引物设计高手qPCR(Quantitative real-time PCR)实验中,模板质量、引物设计、qPCR反应体系、程序设置,均是影响实验成功的重要因素。其中,qPCR的引物设计尤为重要,决定了qPCR扩增效率和扩增产物的特异性,引物设计都有哪些原则和要点,一起来了解一下吧! qPCR引物设计原则 https://www.chem17.com/tech_news/detail/3267068.html
17.小RNA引物设计软件及数据库开发取得新进展日前,国际生物信息学领域权威学术期刊《Bioinformatics》以“sRNAPrimerDB: Comprehensive primer design and search web service for small non-coding RNAs”为题在线发表了我校动科动医学院猪遗传育种团队的最新研究成果,文章报道了一款针对小分子非编码RNA的引物设计新型软件及数据库。 https://my.hzau.edu.cn/info/1029/3937.htm
18.一种单碱基突变方法及采用的系统与流程654突变点的上下游序列,在primer3 plus在线引物设计工具网站(http://www.primer3plus.com/cgi ? bin/dev/primer3plus.cgi)设计引物,扩增目标突变点的上下游片段,pcr产物送上海生工生物技术公司进行sanger测序,明确ivs ? ii ? 654突变特征为c https://www.xjishu.com/zhuanli/27/202110782625.html
19.Primer3InputSelect theTaskfor primer selectiongenericpick_sequencing_primerspick_primer_listcheck_primers Pastesource sequencebelow (5'->3', string of ACGTNacgtn -- other letters treated as N -- numbers and blanks ignored). FASTA format ok. Please N-out undesirable sequence (vector, ALUs, LINEs, etc.)https://primer3.ut.ee/
20.一个好用的批量设计引物工具今天跟大家推荐一个批量设计引物的在线工具,一次可以设计500条序列引物,并且是在线的,完全免费,速度也是很不错。 这个工具就是:BatchPrimer3。 网址:http://wheat.pw.usda.gov/demos/BatchPrimer3/ BatchPrimer3(以下简称“BP”)是基于 Primer3为核心开发的引物设计工具,BP可设计多种引物,包括通用引物,SSR引物设计https://www.genedenovo.com/news/336.html
21.OligoPerfect引物设计工具ThermoFisherScientific基于Primer3 的 OligoPerfect 允许您输入单个或多个(多达 50 个)序列,并设计针对您的反应条件优化的引物。从您的计算机或云帐户粘贴或加载 FASTA 格式的序列,选择所需的参数,然后从可用引物列表中选择。然后,可在将引物添加至购物车之前添加修饰并选择纯化方法、包装形式和其他选项。 https://www.thermofisher.cn/cn/zh/home/life-science/oligonucleotides-primers-probes-genes/custom-dna-oligos/oligo-design-tools/oligoperfect.html