GeneiousForMac下载2024官方最新版GeneiousForMac官方免费下载

有时候在mac软件的下载安装中会遇到报错,现在华军小编来给大家整理较为常见的报错情况并做出解答,有遇到报错的朋友可以参考如下方案:

1、“xxx软件已损坏,无法打开,你应该将它移到废纸篓”

2、“打不开xxx软件,因为Apple无法检查其是否包含恶意软件”

3、“打不开...软件,因为它来自身份不明的开发者”

解决方案如下:

GeneiousForMac软件功能

1、NGS分析和基因组学

使用行业领先的算法,包括TopHat和Velvet,Illumina、PacBio或Torrent读数(任何长度、成对端、条形码)的从头组装或参考映射。对数据的综合分析,包括基因组浏览器、持续的可视化、SNP调用和RNA-Seq表达式分析。

2、序列图和色谱分析

修剪、组装和查看Sanger排序跟踪文件,正确的碱基调用并创建一致的序列。基因预测、模式、翻译和变异调用的自动标注。基因型微卫星跟踪自动梯拟合和峰值调用和生成等位基因表。

3、对齐和树构建

使用包括MAFFT和ClustalW在内的可信算法对DNA或蛋白质进行成对和多种比对。查看和编辑实时翻译和突出显示。使用包括RAxML和PAUP在内的同行评审算法构建系统树,并为公开准备的图形调整显示设置。

4、分子克隆

查看质粒图,自动注释矢量并用注释复制粘贴序列。寻找限制站点、消化、连接和执行GoldenGate,Gibson和Gateway克隆。设计引物,找到CRISPR站点并优化密码。在克隆过程中跟踪历史和亲子后代谱系。

5、搜索、共享和自动化

针对NCBI进行批量BLAST,并直接搜索GenBank。使用无缝集成的共享库集中和协作数据。导入和导出大多数行业标准文件格式。建立自动化的工作流程,以提高效率,控制业务流程,并减少您的研究中的人为错误。

6、SnapGene文件导出

将SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中,无缝地导入序列及其注释和其他元数据。

7、CRISPR-CPF1特异性评分

自信地选择最佳CRISPR-CPF1引导RNA位点使用新的特异性评分,这是根据对您选择的数据库的非目标分析计算出来的。

8、智能NGS导入

只需一个简单的步骤就可以将任何类型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中,即使您有不同的样品和参考序列的混合物。

9、CRISPRCpf1选项

添加了CRISPR-CPF1与5’PAM位点的支持。在A和T丰富序列中找到位点,并在体内具有更高的裂解效率。

10、RNA-Seq表达分析的火山图

在交互式火山图中可视化基因表达,可以用来突出和跳转到差异表达基因。

11、限制性位点无表型突变分析

自动识别在不影响蛋白质的情况下引入限制位点的编码序列中的点突变。

12、漂亮的PCA图

具有更好的标签和新的可视化选项,创建漂亮的PCA图形。

13、创建酶制剂

14、更好的FASTQ导入功能

在导入过程中,成对读取可以相互关联,而Geneious会猜出它们是如何配对的。还可以设置读取技术。

15、为细菌基因组比对更新Mauve插件

现在包括对序列列表的支持和用于重新排序重叠群的MCM操作,使draft基因组对齐和进行基因组整理成为可能。

16、更好的BLAST服务器管理

一次设置多个BLAST服务器镜像,每次搜索时,选择最好的一个。不用每次切换镜像。

17、NCBIBLAST云支持

有了NCBIBLAST云之后,设置您自己的BLAST镜像变得更为简单。如果您以这种方式创建一个镜像,Geneious可以与它连接起来。

18、按索引连接

连接序列列表并按索引对齐,而不是按照名称对齐,这对于合并不完全重叠的成对读取非常有用。

19、序列列表的CSV/TSV导出

将序列表中的所有序列连同它们的元数据一起导出到CSV或TSV中,这样您就可以将它们放在Excel中或类似的情况下进行进一步分析。

GeneiousForMac软件特色

Geneious结合了所有主要的生物信息学分析工具。Geneious提供一个免费的学术使用的基本版本,一个提供更多功能的付费商业增强版本.

序列比对和序列观看

Motif搜索和开放读码框(ORF)

进化树建设UPGMA,NJbootstrapping和consensustrees

Contigassembly和色谱编辑

限制性内切酶分析

PCR引物设计

蛋白质结构的观看

整合数据库-集成检索与GenBank,PubMed,BLAST和UniProt

通过互联网协作和共享数据

生物信息教学-创建教程与直接联系的材料

公共API开发,由社区开发的生物信息学的免费插件

各种标准的生物信息学等应用工具ClustalW,MrBayes,EMBOSS,PAUP和Mauve。

GeneiousForMac使用说明

1、打开geneious

2、初始界面如下图:

3、Alignment可用于比对,tree建树,assembly拼接。序列拼接

右键点击local,创建新文件夹,测序公司提供*.abi格式文档,可直接拖动,或者file-import。导入完成后结果如图

4、为了准确可再次导入一个参考序列。

5、选择需要拼接的序列和参考序列进行assembly,(示例:DTH8和DTH8-13F/R),弹出窗口

6、参考序列为DTH8(自动识别),选择不要剪切----ok。拼接完成图

7、按住ctrl,向上滚动鼠标即可放大,与参考序列一致颜色不变

8、与参考序列不一致颜色蓝色

9、此时选择上面的峰,第一个不一致处,多出一个G,点击allowediting,光标变为绿色,将其放在consensus上,删除“-”

10、下面一行的G则被删除,序列校正过后再点击allowediting,如图

11、下一处不同竖着看--A--A---,选择A,不需要修改。

整个序列校正完毕后,点击save

若需要导出序列选择consensus,全选该序列,点击file-export-selecteddocuments

THE END
1.科研创新17日从中国药科大学获悉,该校多靶标天然药物全国重点实验室教授肖易倍团队及国内相关科研机构发现了一种全新的细菌免疫系统CRISPR-CAAD。 发布时间:2024.12.18神经仿生导航系统更精准更节能 受动物大脑处理信息方式的启发,澳大利亚昆士兰科技大学团队基于尖峰神经网络开发出一种新型导航系统,有助构建出更智能的机器人。相关https://www.618cloud.com.cn/list-38ea3b88d27d46f7a966bfadb28cb4b5.html
2.GeneticsNatureCancer genetics Cancer genomics Clinical genetics Consanguinity CRISPR-Cas systems Cytogenetics Development Epigenetics Epigenomics Eukaryote Evolutionary biology Functional genomics Gene expression Gene regulation Genetic association study Genetic hybridization Genetic interaction Genetic linkagehttps://www.nature.com/subjects/genetics/nature
3.转化医学网4663内容 0关注 4833粉丝 转化医学核心门户 上海 更多信息 【Nature子刊】大连医科大学顾春东教授团队:肺癌肿瘤干细胞精准治疗潜在靶点 2024-12-21 15:22 【Cell】肿瘤抑制基因新发现:KEAP1合性成为肺癌预测的关键生物标志物 2024-12-21 15:21 【Nature子刊】复旦大学附属浦东医院王晓亮团队重磅发现:SLC50A1成肝癌新https://www.163.com/dy/media/T1608556126673.html
4.BioWorldBreaking news and analysis of the global biotechnology, pharmaceutical, medical device and medical technology sectors. In-depth coverage of innovation, business, financing, regulation, science, product development, clinical trials and morehttps://www.bioworld.com/newsletters/11-bioworld-medtech
5.MedtechInsightGlobalMedtechNews&InsightsInsightsStay ahead in the Medtech industry with expert insights and analysis. Explore trends, innovations, and market intelligence from Citeline's Medtech Insight.http://medtech.pharmaintelligence.informa.com/
6.盘点DMD药物研发进展药界动态Exonics对于患者基因组的直接修复,可以达到dystrophin功能的完全恢复。但是,目前为止,CRISPR/Cas9难以修复dystrophin基因边缘外显子上的突变位点。 另一家初创公司,Bamboo疗法也利用腺病毒将dystrophin基因片段导入患者细胞。该公司在2016年被辉瑞收购。 7.DT-200和AT-300 https://www.vodjk.com/news/170824/1380968.shtml
7.经由同时敲入和基因破坏来改造免疫细胞图3.使用用于trac基因破坏的aav供体和配对的sgrnas在jurkat细胞和t细胞中的trac位点处进行的crispr/cas9介导的hdr转基因整合。 [0032] 图3a.用于使用与aav供体组合的不同配对sgrnas进行基于cas9-rnp的trac靶向的示意图。(i)使用与trac-800bp-lra或trac-800bp hdr aav供体组合的配对sgrnas(sg19-19bp&sg24)进行http://mip.xjishu.com/zhuanli/27/202180031193.html
8.MCM8cGASSTING本发明涉及生物医疗领域,具体而言,涉及MCM8?cGAS?STING?I型干扰素信号通路作为疾病靶点的用途,所述用途包括制备疾病动物模型或制备诊断、预防或治疗疾病的产品中的用途。具体地,包括定量检测MCM8的基因表达或蛋白表达或蛋白活性的试剂在制备诊断疾病的产品中的用途,其中,所述疾病为线粒体自噬功能异常导致的疾病或https://m.book118.com/html/2023/0426/8034052005005062.shtm
9.AIDD科研进展在这项研究中,我们引入了一种新的深度学习方法CPIScore,它利用Transformer和Graph Convolutional Networks (GCN)的能力来增强对蛋白质-配体结合亲和力的预测。CPIScore利用Transformer架构来捕获蛋白质和配体序列的全面全局上下文,而GCN组件则有效地从小分子图中提取局部特征。我们的结果表明,CPIScore在准确性上超过了传统https://zhuanlan.zhihu.com/p/12374492695
10.CRISPRDT:designinggRNAsfortheCRISPRAvailability and implementation:CRISPR-DT, mainly implemented in Perl, PHP and JavaScript, is freely available at http://bioinfolab.miamioh.edu/CRISPR-DT. Supplementary information:Supplementary data are available at Bioinformatics online. ? The Author(s) 2019. Published by Oxford University Presshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30615056
11.NmRF:从RNA序列中鉴定多物种RNA2‘o通过RNA修改网站的调查,用于RNA修改网站研究的机器学习算法包括SVMRF、朴素贝叶斯(NB),光梯度推进机(LGBM)、逻辑回归(LR)、决策树(DT),深度学习,集成学习和极端梯度提升(XGBoost)。在本研究中,我们选择了六种常用的机器学习算法来筛选最优算法,包括RF、DT、LGBM、NB、LR和SVM,它们都采用了Scikit-Learn工具包。https://blog.csdn.net/weixin_45156147/article/details/123208336
12.VICORZL拓扑原理分析之ZVSBUCKBOOST4.Q4零电压导通,电感两端电压为零,所以di/dt=0,电感电流很小为常数,恒定不变。 关断Q2,电感电流不能突变,Q2结电容充电,Q1结电容放电,直到Q1体二极管导通,为Q1零电压导通创造条件 这样就是一个完整的开关周期。 当Vin=Vout时,diyi个过程相同(Q1,Q4导通), https://m.yiqi.com/pingce/detail_155246.html
13.polysciences,cargille,AffinityImmuno产品信息主页2010年,它改变了策略,转向在线目录,后转向市场,现在已成为研究领域的参考网站。2017年该公司被PalexDNA转染试剂siRNA转染试剂用于磁转染的磁性装置mRNA/病毒RNA转染试剂CRISPRCas9转染试剂XPMagExplant使用SuperScript?III一的链系统在一步中,使用总RNA或poly(A)+选定RNA(由oligo(dT)、随机引物或http://www.hardwareinfo.cn/hardware/product-125089
14.读书报告阻断基因组不稳定性预防黑色素瘤对MAPK抑制剂获得性A:使用被称为CRISPR-CATCH的新方法,通过直接分离和高深度测序(NRAS扩增)对复发ecDNA进行验证。这一替代技术证实了这一获得性耐药临床肿瘤样本中890kb驱动ecDNA的环状连接 E:使用DNA-FISH交叉验证耐药特异性存在和BRAF/NRAS扩增子的CNs DSBs的NHEJ和HRR被认为是染色体畸变后CGR和ecDNA产生的关键 https://www.medsci.cn/article/show_article.do?id=e75080e151f2
15.swinefevervirusbyDNAendonucleaseAGAGCTGCAGAACTTTGATGGAAATTTA[FAM-dT]C[THF]A[BHQ-dT]AAGATTGATACCA[3′-block] Sets 2 Primer-2-F GTTCGCTGCGTATCATTTTCA Primer-2-R TACCGAAACTTGGTTTACTACTGC Probe-2 GGAGAGGGCCACTGGTTCCCTCCACCGA[FAM-dT]A[THF]C[BHQ-dT]CCTGGCCAACCAA[3′-block] http://doi.org/10.1093/abbs/gmaa135
16.CGD:ComprehensiveguidedesignerforCRISPRRecently, CINDEL [7], CRISPR-DT [11], DeepCpf1 [12], and DeepCas9 [13] studies have produced high-throughput datasets of gRNA sequences with efficiencies to train their own models. In the process of model development, diverse features, including sequences as well as the epigenetic status https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037019304039
17.上海起发10月新增产品目录,欢迎选购!OTA-5 Oligo (dT)25 Agarose Beads 5 ml resin (50% suspension, 10 ml total volume) mclab OTA-1 Oligo (dT)25 Agarose Beads 1 ml resin (50GAACTTAATCCCAAAAACCC Alt-R? CRISPR-Cas9 crRNA 10 nmol idtdna 1075915 Alt-R? Cas9 Electroporation Enhancer 2 nmol idtdna 300-10T-2UG Humahttps://www.chem17.com/tech_news/detail/2815668.html
18.WhataregenomeeditingandCRISPR(2), Scholes DT (3), Bombard Y (4), Brody LC (5), Faucett WA (6), Garrison NA (7), Hercher L (8), Isasi R (9), Middleton A (10), Musunuru K (11), Shriner D (12), Virani A (13), Young CE(3). Human Germline Genome Editing. Am J Hum Genet. 2017 Aug 3;101(https://medlineplus.gov/genetics/understanding/genomicresearch/genomeediting/
19.PBJ华中农大棉花团队建立四倍体棉花CRISPR目前种植最多的异源四倍体棉花因其庞大而复杂的基因组,大多数基因在At和Dt亚基因组多个同源拷贝,给棉花基因组功能研究带来巨大挑战。2017年,华中农业大学棉花遗传改良团队开发了在棉花异源四倍体中具有高效编辑效率的以CRISPR/Cas9载体,并且能够稳定的遗传转化(https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/pbi.https://cpst.hzau.edu.cn/info/1037/4996.htm
20.UsingCRISPR/Cas9International Journal of Molecular Sciences Article Using CRISPR/Cas9-Mediated GLA Gene Knockout as an In Vitro Drug Screening Model for Fabry Disease Hui-Yung Song 1,?, Huai-Chih Chiang 2,?, Wei-Lien Tseng 2, Ping Wu 2, Chian-Shiu Chien 2, Hsin-Bang Leu 2,3,4, Yi-Ping Yang https://www.mdpi.com/1422-0067/17/12/2089/pdf
21.genomeeditingbasedonthesubtypeIBSviCRISPRProkaryotic genome editing based on the subtype I-B- Svi CRISPR-Cas system Authors: Wang-Yu Tong*, De-Xiang Yong, Xin Xu, Cai-Hua Qiu, Yan Zhang, Xing- Wang Yang, Ting-Ting Xia, Qing-Yang Liu, Su-Li Cao, Yan Sun and Xue Li Affiliations: Integrated Biotechnology Laboratory, School http://arxiv.org/pdf/2305.05093
22.单细胞测序联合CRISPR技术腾讯云开发者社区CRISPR工具可与高分辨率表型分析相结合,实现具有丰富信息的基因筛查,提高研究复杂细胞遗传控制的能力。单细胞CRISPR筛选是将CRISPR筛选与单细胞转录组测序(scRNA-seq)相结合,探索基因功能和遗传调控网络的方法。 本文提出了一种直接捕获的Perturb-seq筛选方法,结合CRISPR技术与scRNA-seq技术,实现组合遗传扰动的单细胞分析。https://cloud.tencent.com/developer/article/1675298
23.每日热点0628摘引网址:https://www.hebeicdc.cn/jkdt/46958.jhtml 返回目录>> 传防所全力做好病媒生物监测防制技术指导工作,为亚运保障助力 2023-06-27浙江省疾病预防控制中心 病媒生物,主要指蚊、蝇、鼠、蟑、蜱、臭虫等跟人类疾病有着密切关系的一类医学动物,不仅可以通过直接叮咬、污染食物等,影响或危害人类的正常生活,https://sccdc.cn/Article/View?id=31325
24.CottonpanMillennia of directional human selection has reshaped the genomic architecture of cultivated cotton relative to wild counterparts, but we have limited understanding of the selective retention and fractionation of genomic components. We construct a comprehttps://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02351-w
25.科学网—科研Science子刊:以甘氨酸为基础的治疗通过调节脂肪酸研究人员使用了具有降脂/降糖双重特性的甘氨酸类化合物作为非酒精性脂肪肝的潜在疗法,并发现了一种三肽(Gly-Gly-L-Leu,DT-109),它可以在高脂肪、胆固醇和果糖饮食诱导的非酒精性脂肪性肝炎(NASH)小鼠模型中,改善身体成分,降低循环葡萄糖、血脂、转氨酶、促炎细胞因子和脂肪性肝炎。https://blog.sciencenet.cn/blog-3474220-1285952.html