清代(1644-1911)流放到中国西部地区的官员提供了关于该地区（今新疆维吾尔自治区和甘肃省）语言、民族和地形的连续记录。在中国的各个朝代，这种地方文献的编撰传统一直传承不辍，自《汉书》以来的各朝官方史书中，都设“西域传”。
伊犁将军松筠(1802-1809年在职)命谪戍官员编撰新疆的地方文献。其中成绩卓然者，如汪廷楷、祁韵士(1751-1815，1805-1809年谪戎伊犁)和徐松（1781-1848，1813年谪戎伊犁），祁韵士另有摘编《西陲要略》一部（4卷）。为了完成撰述，徐松于1815-1816年进行了实地考察以搜集资料，其间，他考察了敦煌的佛教洞窟遗址，记录了莫高窟建窟碑。此外，他还注意到一些其他的古代遗址。徐松刊布了一些著作，其中包括《汉书西域传补注》和《西域水道记》。（Waley-Cohen1991）
徐松还撰有新疆诗集一部（《新疆赋》），这是中国贬逐文人的另一种文化传统。纪昀（1724-1805，1768年贬逐）在乌鲁木齐的诗歌和日记，以及洪亮吉（1746-1809，1799贬逐）的诗歌，都提供了非常有价值的第一手资料。许乃古（1831-1834年任敦煌知县）继承了这个传统，着有《千佛洞赋》。
蒋孝琬（蒋师爷，？——1922），湖南人，1883年去新疆，在县、州行任师爷。1906-1908年，斯坦因第二次中亚探险（参见英国收集品）过程中，蒋孝琬一直担任翻译、助手。蒋孝琬多年的师爷经验正是斯坦因所需要的，因此当他于1906年5月见到斯坦因时，两人很快就开始了探险活动。蒋孝琬以助手身份与斯坦因同赴敦煌，同时教斯坦因中文。他协助斯坦因处理庶务，疏通关系，帮助斯坦因说服敦煌的道士王圆箓允许斯坦因和他接触藏经洞藏品。
王圆箓是一个云游道士，于1890年左右来到敦煌莫高窟，并在此定居。他俨然成为石窟的民间守护者，并四处筹款以修缮庙宇。1900年，在清扫第16窟的积沙时，他的一个工人突然发现一个暗门，门内是一间小秘室，隐藏着堆得满满的4至11世纪的写卷和绘画。该窟即是第17窟，并以藏经洞闻名（最初它是9世纪左右为洪辩和尚建造的影堂）。
藏经洞发现以后，中国当时并没有意识到它的重要意义。王圆箓把发现藏经洞一事首先报告给敦煌县令严泽，并带去两件卷子。然而，严泽文化不高，只是把这两件发黄的卷子当成无用的废纸。三年后，汪宗翰当上了敦煌县令，他对古代文献有较深的认识。王圆箓希望他能够对藏经洞的藏品有兴趣，但是，他开始考察藏经洞不久，就被调离敦煌了。他临走之前随意带走了一些写卷，并责成王圆箓继续看护藏经洞，并未作出进一步的安排。王道士并不死心，他带上两箱写卷行程800里去了肃州（今酒泉）。不过，此地官员虽是位学者，却不关心藏经洞的藏品情况。直到几年后，甘肃学政叶昌炽才听说藏经洞，将汪宗翰进呈的古碑拓本写入《语石》。1904年，甘肃藩台才命令敦煌地方保护这些写卷，不过仍是委托地方处理，并没有马上采取实际行动。
当斯坦因与伯希和分别于1907、1908年来到敦煌时，他们设法说服王圆箓，以很少的价钱买走了大量的写卷和绘画。他们的探险获得巨大收获，致使敦煌文书流散欧洲。1909年，当伯希和再次到京时，他向中国学者展示了一些从藏经洞获得的文书，在学术界引起巨大震动。罗振玉、王国维、王仁俊、董康、蒋黼（一作"斧"）、叶恭绰等一批学者纷纷前往伯希和寓所，抄录敦煌写卷，打探藏经洞的消息。
同时，罗振玉听说藏经洞仍然有8,000余件敦煌写卷，他马上意识到，如果不能迅速将这些写卷运往北京，它们就可能全部流散。在罗振玉和其他学者的共同努力下，终于促成学部发出了购回剩余的8,000余件敦煌写卷的指令。傅宝书即被任命将这批写卷从敦煌运往北京。傅宝书将藏文文书留在了敦煌。在这些文书到达学部后，一些写卷被李盛铎盗取（荣新江，2002）。几经周折，这批写卷入藏京师图书馆。敦煌解京文书构成了今天中国国家图书馆敦煌遗书的主要部分。后来，通过政府调拨、公众捐赠和图书馆的采购等方式，中国国家图书馆目前馆藏写本总数约有16,000件左右，是中国收藏敦煌写本最多的机构（详下）。
在整个20世纪，中国学者的兴趣和研究主要在石窟艺术、绘画和佛像上。1940年，中国画家吴作人在张大千(1899-1983)的带领下，参观了敦煌莫高窟群和附近的其他石窟遗址，如1941-1943年间，参观了榆林。张大千收集了一些来自敦煌和吐鲁番的绘画和写本，现藏于日本天理图书馆（参见“日本收集品”）。但是，其中一部分被认为是伪卷（参见魏泓编辑《敦煌伪卷》）。在西藏喇嘛的帮助下，张大千临摹了276幅4-6世纪的壁画，其中183幅现保存在四川省博物馆。张大千所临摹的敦煌壁画（其中一些于1943年在兰州展出）有助于提高莫高窟的知名度。1944年，国立敦煌艺术研究所成立。在建造住宅区时，在清代的塑像里还发现了一些写本。
1946年，艺术家、历史学家段文杰到国立敦煌艺术研究所工作。他在那里工作了50多年，后任研究院的院长，对石窟进行了广泛的研究。1948年，800件来自敦煌的文物在上海展出。1961年，莫高窟被国务院列为"全国重点文物保护单位"，1987年联合国教科文组织将其列入世界文化遗产。同年，研究所扩建为研究院。
1926-1935年，在德国政府和德国汉莎航空公司的赞助下，斯文赫定（1865-1952）和徐旭生带领中国-瑞典西北科学考察团在戈壁滩和蒙古进行了考察。中国考古学界早期知名学者黄文弼(1893-1966)是团员之一。这是当时罗布泊地区一次规模最大的考察探险活动。黄文弼发掘塔里木盆地和吐鲁番盆地周围的汉代堡垒。瑞典考古学家贝格曼(FolkeBergman，1902-1946)发现的小河古墓遗址，又发掘了南罗布泊、且末及西部，乌鲁木齐和吐鲁番周围。这些发掘成果广泛，包括自汉代到唐代的各种遗址，还有汉代以前的文物（参见其他收集品）。
黄文弼是中国社会科学院考古所的一名学者，自1950年开始，他带领考古考察团进行了更进一步的考古调查发掘，出土了众多重要文物，并发现了新的遗址。1983年，这些成果和其他该地区的考古成果，由新疆社会科学院考古所编辑的《新疆考古三十年》所收录。自1980年以来，新疆地区的考古发掘更为广泛，并取得了更多不同时代的文物。
在过去的十年中，一直有中日、中法考古合作。2005年，吐鲁番研究院建立，整理和研究吐鲁番地区的考古发掘成果。目前，该院正在编辑主要探险队和发掘地区的考察年代表，最近将在网上公布。
由考古发掘，及此后的赠送、购买等途径，中国各地的机构收藏了丰富的写本、文物和纺织品。敦煌和吐鲁番文书的主要收藏机构和主要博物馆，下面将予以介绍。这个介绍略有修改，将更侧重介绍敦煌以外的遗址所出土的文献文物。
1910年，傅宝书将8697件写本从敦煌带到北京，这批遗书是中国国家图书馆敦煌遗书收藏的主体部分。后经政府调拨、社会捐赠、本馆采购，迄今为止总数目约16000号左右。中国国家图书馆的收藏品分为四大部分：
《敦煌劫余录》（第一部敦煌写本目录）1922年，陈垣先生任北平图书馆馆长期间，将入藏的8697号敦煌写本分类编排，出版了《敦煌劫余录》，著录内容为编号、起止字、纸数、行数、品次、陈垣的附记等，这是世界上第一部敦煌写本的分类目录。该目录于1931年3月由当时的中央研究院历史语言研究所专刊第四种出版。陈寅恪在序言中提出"敦煌学"这一名称。
敦煌石室写经详目续编
继第一次对敦煌藏经洞遗书清点注册后，又从这批敦煌遗书中挑选出相对比较完整的1192件，编为1192号，尽收《敦煌石室写经详目总目续编》中，于1935年完成。
残片部分经过两次对敦煌遗书清点，剩下支离破碎的残片，大抵都是20－30厘米长，有的残片甚至更小，仅夹杂为数不多较长的卷子，但都因纸质糟巧、硬脆不易展开。略计近4000号，已纳入《中国国家图书馆藏敦煌遗书总目录》。
新字号部分
在中国国家图书馆藏敦煌遗书16000号中，其中有1600余号敦煌遗书是近几十年陆续收藏的，冠以“新”字，称之为新字号。
查阅中国国家图书馆敦煌文献的内容，可以参考以下途径：
如以上查阅途径仍不能满足需求，国家图书馆善本阅览室可阅览原件，但是需要提前预约，得到答复后，幷持单位介绍信和具有借阅功能的国家图书馆读者卡，再前往阅览。
敦煌吐鲁番学资料研究中心是中国国家图书馆与中国敦煌吐鲁番学会合作为学术界设置的专业性较强的学术服务机构。1983年冬筹建，1988年8月正式成立，阅览室同时对外开放。自筹建以来，资料中心积极从事敦煌、吐鲁番学有关资料的系统搜集、整理和入藏，编辑出版有关目录和论著，为国内外敦煌吐鲁番学界提供阅览和咨询，同时，为学术交流提供了诸多方便条件，得到了有关专家、学者的好评。到目前为止，敦煌吐鲁番学资料阅览室已入藏敦煌吐鲁番学及隋唐史、西域历史地理、宗教文化等各类文献资料近3万册件，包括缩微胶卷、照片、书、刊、会议资料、音像资料等文献类型。
这里有中文（包括少数民族文字）、西文、日文等多种文字的研究资料，按10个专题分类排架，它们是与敦煌吐鲁番学有关的历史、文献目录、考古、语言文字、艺术、少数民族语言文字、宗教、综合研究、工具书和科技类藏书。
甘藏敦煌文献除藏经洞、其他石窟和佛塔出土的一部分外，大部分来自当地名士、官宦、乡绅之手。北朝写本较多，佛经居多，其中不乏珍本、孤本。
甘肃所藏敦煌文献目前公布整理的共计696号，全部收录在由甘肃藏敦煌文献编委会、甘肃人民出版社、甘肃省文物局所编辑的《甘肃藏敦煌文献》（6卷）中，1999年由甘肃人民出版社出版。
该馆收录敦煌文献350号，一部分为历年征集收购所得，一部分为我国著名文物收藏家周叔韬先生1979年所捐赠。大部分为佛教经卷、论疏。其特点为：保存状况好；跨越年代较长；保存了大量的佛教典籍与史料；具有书法艺术价值的经卷不下五、六十卷；经卷上钤有收藏印共50方。
天津博物馆所藏敦煌文献全部收录在由上海古籍出版社、天津市艺术博物馆共同编辑的《天津市艺术博物馆藏敦煌文献》（1-7卷）中，1996-1998年由上海古籍出版社出版。
天津图书馆所藏敦煌遗书均为残片，贴为六册页，共177号：《唐人写经残卷》三册；《唐人写经册（残页）》一册；《唐人写经真本》一册；《敦煌石室写经残字》一册。大部分为佛经。目录详见天津图书馆历史文献部《天津图书馆藏敦煌遗书目录》（《敦煌吐鲁番研究》，第八卷，中华书局，2005年1月）。
北京大学图书馆藏敦煌文献286号，大部分为1950年向达先生任馆长时购入。佛书占多数，另有少数道书及社会文书。还有一些较为罕见的非汉文残卷如古藏文、于阗文、回鹘文、西夏文等。
北京大学图书馆藏敦煌文献全部收录在由北京大学图书馆、上海古籍出版社共同编辑的《北京大学图书馆藏敦煌文献》（1-2卷）中，1995年由上海古籍出版社出版。
上海图书馆藏敦煌吐鲁番文献187号，主要为上海市文管会捐赠、上海博物馆移交及历年收购。其特点为：署有年月的写本占所藏文献的比例较高；非佛教内容的写本比例较高；经名家鉴藏、题跋者多。
上海图书馆藏敦煌文献收录在上海图书馆、上海古籍出版社共同编辑的《上海图书馆藏敦煌吐鲁番文献》（1-4）中，1999年由上海古籍出版社出版。
上海博物馆收藏敦煌吐鲁番文献80号，大部分为佛经。上海博物馆收藏的敦煌吐鲁番文献收录在上海古籍出版社、上海博物馆共同编辑的《上海博物馆藏敦煌吐鲁番文献》（1-2卷），1993年由上海古籍出版社出版。
浙江省共收藏敦煌文献201号，其收藏特点是：藏品内容门类丰富，除佛教经卷外还有道经、经济文书、愿文、诗词、小说、书仪、画像等；所藏经卷大部分被著名学者收藏幷留有题跋、手迹与印章，弥足珍贵；写卷相对完整，保存良好。
浙江省各机构和收藏情况如下：
浙江省藏敦煌文献全部收录在毛昭晰主编的《浙藏敦煌文献》中，2000年由浙江教育出版社出版。
南京图书馆收藏敦煌卷子32号，目录详见由方广锠、徐忆农《南京图书馆所藏敦煌遗书目录》（《敦煌研究》1998年第4期）。
湖北博物馆收藏敦煌遗书31号，据经卷收藏印看，大部分经卷收藏者为徐兰如先生，另若干件有康有为、罗振玉题跋。内容以佛经居多。目录详见王倚平、唐刚卯《湖北省博物馆藏敦煌经卷概述》（《敦煌吐鲁番研究》2005年第5卷）。
国家博物馆藏有敦煌写经，完整的目录尚未发表，藏品数量不详。具有书法艺术价值的敦煌写卷，发表在由史树青主编的《中国历史博物馆藏法书大观》第11卷、12卷（柳原书店，1994，1999）上。
重庆博物馆收藏敦煌卷子13号，为重庆市博物馆50－60年代所入藏，其目录《重庆市博物馆藏敦煌吐鲁番写经目录》由杨铭先生发表在《敦煌研究》1996年第1期上。
天津市文物公司历年从社会上所收敦煌卷子共计30号，特点为：内容较为丰富；时代跨度较大；珍品荟萃。全部收录在天津市文物公司主编的《敦煌写经》，1998年由文物出版社出版。
1914年，大谷光瑞由于不善理财，使西本愿寺严重亏损，辞去西本愿寺宗主一职，大谷收集品遂分散到日本、中国和韩国的一些公私收藏者手中。收藏在中国的大谷收集品原均藏在旅顺博物馆，在五十年代敦煌文书中的620件全部移交当时的北京图书馆（今中国国家图书馆），旅顺博物馆仅剩下9件敦煌文书和一些吐鲁番文书。详见尚林、方广锠、荣新江所撰《中国所藏“大谷收集品”概况》，1991年3月由龙谷大学佛教文化研究所出版。
除了以上收藏机构外，广东省立中山图书馆、中国佛教协会、香港（香港中文大学博物馆展出的英国皇家亚洲学会所藏一件写本）和台湾中央图书馆、历史语言研究所和历史博物馆也有收藏。IDP通讯第12期提供了台北收集品的详细信息。
现在，一个关于中国各机构收藏的中亚文物目录正在编辑中，包括最主要的博物馆和考古机构，尤其是陕西、甘肃和新疆。这些机构的简明目录如下：
中国国家博物馆（北京），藏有大量过去几十年发掘的最精美的文物。
陕西省历史博物馆（西安），有几个展室陈列中亚文物，其中许多是国宝级的文物。此外，该博物馆还有大量其他藏品，如唐墓壁画等等。
陕西省考古所（西安），藏有过去几十年发掘的文物，包括许多在西安地区佛塔及墓葬遗址中出土的文物，并有一个陈列新发掘文物的小展室。
敦煌市博物馆，藏有该地区发掘的写本和文物，其中一些藏品对公众展出。
敦煌研究院敦煌石窟文物保护研究陈列中心，位于莫高窟，包括一些复制的洞窟和出土文物、写本。
吐鲁番博物馆，藏有许多高昌和其他本地遗址出土的文物，有从阿斯塔那墓葬出土的丝绸、随葬品和木乃伊。
新疆博物馆（乌鲁木齐），藏有丰富的中亚文物，有公元前2世纪至公元2世纪的丝绸、织锦、刺绣品的断片，毛毯，木器，陶器等，均来自楼兰和尼雅遗址；有来自和阗和吐鲁番的丝织品、写有婆罗米和佉卢文字的佛经木片；有从阿斯塔那墓出土的7至10世纪锦鞋、丝绸和麻布；也有谷物、坚果、干果、饢饼和陶俑的样本。该博物馆藏有超过10具沙漠古墓中发掘的木乃伊，其中最有名的是“楼兰美人”。目前已建设新馆，但一些藏品仍然留在旧馆展出。
喀什丝绸之路博物馆，所藏的中亚文物中有商代青铜器和周代木制墓葬小雕像等。
上海博物馆，辟有一个丝绸之路中亚古国钱币的特藏室，这些钱币由杜维善、谭端言伉俪（MrandMs.RogerandLindaDoo）捐赠。