军阀之间混战提供给传教士扮演重要角色的机会。但是，国民革命军和军阀的战争以及后来南京国民革命政府的成立迫使传教运动面临一些迫切的问题。首当其冲的问题就是北伐战争期间布道站的撤离和它的生命财产的保护。在20年代中，排外和反基督教的仇恨情结通常是革命运动的组成部分，而且在1925年“五卅惨案”之后，变得尤为激烈。分布在全国的外国传教士们处于特别容易受到攻击的境地。一旦个人的直接危险过去后，传教士们又面临新统治阶级对待他们布道工作的挑战，虽然国民政府领袖蒋介石已受洗成为了基督徒，宣扬基督教是允许的，但是把基督教组织的行政控制权转移到中国人手中的呼声的压力日益增加。
1919年五四运动以后，政治氛围已经改变了。五四运动中，北京的学生们抗议政府无能，不能保护被日本和其他外国列强掠夺的民族利益，宣教活动越来越遭遇到社会上民族主义份子的攻击，特别是教会学校激起了民族主义者的反对，他们把教会学校视为摧毁中华价值的破坏分子；事实上，它们是西方帝国主义在华的另一条膀臂。其中一条直接指控教会学校管理机构的抱怨就是禁止学生在五四运动之后参加爱国主义的示威游行。
斯普鲁斯学校的男生组织了学生会，举行示威游行以唤起民众支持抵制日货的运动。在一次活动中，学生们和不爱国的商人及其他的伙计发生了武斗，因为那商人企图运进三船日本面纱。几位学生领袖在冲突中受伤，他们诉诸法庭，法庭命令商人赔付罚金，学生们把罚金作为学生会的基金。不过学校当局仍然不满意这些事件发展的趋向，他们提倡“救国不忘读书”和“文人清高，不问政治”的口号，迫使学生返回课堂。
宗教教育家们公开宣称他们不赞成学生上街游行来煽动反日反帝的仇恨情绪，在他们的眼里，这显然是一起反基督教的运动。传教士们催促学生们“以善行表现真正的爱国情怀”例如，参加急救行动，一天喝一餐稀粥，把节省下的钱捐给慈善事业或者陪伴圣经妇女访问百姓家庭，告诫妇女们有关对国家有危害的一些事。确实发生了一些停课事件，但是江阴布道站暂时躲过了民族主义风暴中最困难的时期。
尽管遭到了种种批评，江阴的教会学校总的来说在当地社会上是受到尊重的。一所新私立学校于1920年在城里建立，它由校长负责制，这反映了西方和基督教教育的影响。其他的事务上也反映出来这样的影响，如，教授英语，聘请女性教师，组织学校管理委员会，理科的实验学科纳入教学课程中，学生参加学校管理。并且设立了体育课，最后一项体育课是教会学校设置的课程表中必须要有部分。无论什么时候。只要斯普鲁斯学校的学生做体操，总会吸引来自其他学校的大批学生们观看。就学生管理而言，男校以“学校城：的形式开展学生们的自我管理来训练学生们处理学校的各种事务。
20年代末期，基础深厚的反基督教运动在中国中心的大都市爆发。第一个有组织的反对基督教的呼声来自中国青年协会，这个协会成立于1919年旨在通过科学探索建立一个现代化强国。在1920—21年简短的时期里，该协会仅吸收没有任何宗教信仰人士为协会的成员。反对者就宗教信仰方面的入会规定引发了空前的大辩论。这场辩论吸引了众多新文化和五四运动时期知识分子精英参加，如，陈独秀，胡适，蔡元培，朱志新，周作人，吴稚晖和许多其它的激进主义者，无政府主义者。自由主义者和马克思主义者，他们反对基督教信仰（包括其它的宗教信仰），把它们看作是迷信的，不科学的，是阻碍社会进步的绊脚石。他们往往引用杰出的西方哲学家例如伯特兰卢梭和约翰杜威来支持他们的立场。
“来自不同国家的资本主义者在中国建造了教堂，唯一的目的就是哄骗中国的百姓欢迎资本主义。他们还在中国创建了YMCA(中国基督教青年协会)，唯一的目的就是为他们培养驯服和忠实的走狗。简而言之，他们的目的就是吸干中国人民的鲜血。所以，我们反对资本主义，同时我们必须反对时下的基督教和它的教会组织，因为它们支持资本主义，同时欺骗中国的老百姓。”
这个宣言的语气含有马克思列宁主义的色彩，一些迹象表明通过积极参加社会主义青年团，该组织支持共产党肩负的领导责任。
在全国范围内，学生们对上海联盟作出的猛烈抨击纷纷作出反应。他们组织了反宗教信仰和反基督教协会。在北京组织的反宗教信仰大联盟攻击基督教，把它称之为“宗教流毒的侵袭和传播”（在再版的“基督教占领中国”一书中，读者发现大联盟在地图旁附上了这个小标题）。基督徒学生们于四月四日---九日，继续在清华大学集会。反宗教信仰大联盟在北京大学举行了反宗教大会。在会上，学生们倾听许多学者发表的演讲，其中包括杰出的革命家和教育家蔡元培先生。他抨击了宗教和宗教教育。然而这场实质上由学生们发起的运动，当夏天来临学校开始放假时，就虎头蛇尾失败地收场了。
最初的反基督教运动对江阴的教育事业没有产生任何令人瞩目的影响。它仍旧欣欣向荣，朝着扩大规模的方向发展。为了使人数不断增长的男校学生都能够住宿（1923年有230名学生注册入学）斯普鲁特男子学校新建了一幢三层的宿舍楼。女校在同一年招生约150人。礼拜天安德鲁阿里森带领一些男孩上街宣教或访问监狱，分发布道小手册；女孩子福音小组，每组由两名教师和六名学生组成，到附近村庄传福音，赖斯利特尔在城里开设“扫盲夜校”，对象是12岁到40岁的男性居民，根据叶雅各和YMCA编写的“千字识字教程”开展扫盲教学。男校的学生会用一些资金在城市公园竖立了一座孙逸仙纪念塔，为了纪念这位伟人，公园命名为“中山公园”。为了响应中国政府的建议，学校的建制发生了变化：男子学校划分为三年初中和高中的中学。
这些学校的毕业生开始在世界上走自己的路。许多人成为江阴或其他地区教会学校的教师，而另一些毕业生成为医生，护士和医院的院长。一些毕业生在研究生院学习或学习牧教。虽然毕业生的总体人数不够庞大，学校的校友们包括医学，教育，科学，工业制造，和宗教领域的优秀人才。一些毕业生积极投身革命运动，有几位甚至为了革命事业献出了生命。
反基督教运动于1924年重新燃起，这次它不重点批评宗教的迷信和不科学性的实质，而是更多着重于批评基督教是西方帝国主义的代理人。这个有关基督教定义的新视角是有组织的，是日益提高了政治意识的民族主义者策划的。中国试图废除法外特权和其他条约特权的要求在华盛顿和平会议上遭到拒绝，俄罗斯的布尔什维克新政权利用中国人民的不满情绪在中国帮助组织了革命的军事力量。
毫无疑问，1925年的“五卅惨案”，即在上海租界里英国警察杀害并打伤几十名中国示威群众，是导致中国民族主义发展和重新燃起反基督教运动的最大一根导火线。反帝的抗议活动立刻爆发席卷全中国。例如，在长沙六月一日的抗议游行示威中，游行群众扛着标语牌，上面写着：“杀死白人！”“打倒帝国主义！”“打倒基督教！”。位于长沙的雅礼大学和标准石油公司遭遇暴徒的威胁。但是日本，英国和美国的炮舰游弋在长江水域，加之地方当局的保护，阻止任何伤害外国人的举动。
“五卅惨案”后期，江阴的局势仍旧比较平静。当地民众继续对传教士们保持友好的态度。他们肯定还记得那年早些时候，在军阀混战的日子里，传教士们对社会的安康做出的贡献。由于战争的缘故，那年春天学校推迟开学。教会学校的学生们上街游行和发表演讲，但是并没有中断课程学业，因为他们在许多其他地方开展游行和演讲的。开学典礼如常举行，可是到了秋天，学生们就不那么驯服了。到了1925年10月底，莫名其妙的排外骚乱出现在男子学校高中部，二十多名学生因此被开除或离校，其中包括校足球队的队长。一些传教士没有意识到民族主义的情结已深入人心席卷全国，他们把骚乱归咎于“几个对民族尊严过度敏感，。。。夸夸其谈的爱国主义者身上”；归咎于“对教会学校的仇恨，南京的五卅学校给教会学校的学生灌输了特别的诱惑。”他们还怀疑俄罗斯的布尔什维克挑唆者是这些骚乱的幕后推手。
尽管对中国的民族主义持保留意见，大多数在华的美国传教士们和下美国的各教派的布道机构已经渐渐明白外国政府捍卫的法外特权和其它的条约特权不利于他们的工作，他们支持中国政府修改条约的要求，可是他们的这种态度并没有让江阴布道站和华中其他地区的布道站免遭伴随着1926—27年北伐战争而来的排外反基督教仇恨的全面冲击。
由于江阴的战略地位，国民革命军和共产党军队的联合力量从广州北上，挑战企图控制华南和华中的军阀，江阴城里的百姓和布道站的人员已料到麻烦临近。早在1925年秋，一位国民革命运动的政治工作者，他被认为是“布尔什维克”，来到江阴鼓动民众拒绝缴纳税捐。一年以后，安德鲁阿里森报告说，“国家队局势相当平静。但是民众躁动不安，麻烦将临的谣言---没人能够说出是什么麻烦---遍地蔓延。”到了1926年年底，布道站已经做好了最坏的打算。邻近省份发生骚乱和排外运动的报道让传教士们无疑已经预感到革命军到达后基督教机构的命运。他们估计再过一个月左右，厄运就来到了。
到了一月份，美国驻沪总领事告诫传教士们如果布道站的形势恶化的话，他们准备撤离。同时传教士们和站内的中国工作人员已经考虑到了传教士们撤离的可能性，并且讨论了把布道站的财产由中国人负责料理。就在农历春节之前（1927年2月2日），驻沪领事的第一份紧急信息到达时，布道站已经组建了财产管理临时委员会，委员会由17名最得力的中国负责人，肩负起布道站各方面的管理工作。他们可以对布道站的管理行使绝对的权力直到传教士们回来为止。美国人还想继续留下来，像1925年那样，帮助度过难关。可是中国的基督教徒门劝他们为了自身的安全，也为了祛除可能造成社会麻烦的源头，他们还是撤离为好。来自上海的访问者也催促他们趁春节前立刻撤离，因为客轮在春节期间要停航放假几天。撤离之前，他们还去拜访江阴县长，请求他照料好布道站的财产。县长反过来催促他们春节假期之后尽早回江阴来。城市的绅士们给了乔治沃思400美元，让他在上海购买意愿的补给品。
大多数的传教士（共21人，包括他们的家庭成员），和来自内地四面八方的难民们一起停留在上海，而查尔斯沃思（乔治和艾玛沃思的二儿子）继续航行去日本看望他的亲戚。二月中旬，一些传教士们短暂地访问了布道站，和他们的中国同事商量并猜测可能出现的，会给临时管理委员会造成麻烦的一些挑战。许多受到革命思想影响的詹姆斯斯普鲁特学校的学生把他们的校长和两名牧师囚禁在布道站三天。紧张局势化解后，另外的传教士，包括两位女性---一名护士和一名传道人---回来担任一次骨骼手术的协助人员。到三月份为止，七位传教士返回了江阴布道站：乔治和查尔斯沃思父子，威廉康敏，安德鲁阿里森，赖斯利特尔，玛格丽特迪克森和马里恩威尔科克斯。
传教士们认为国民革命军会从江阴城旁边经过，他们知道东南方向距离江阴25英里的无锡聚集了北方的军队准备抵抗南方革命军的进攻。他们还听说整个地区地雷密布，因此，传教士们期待南方的军队核查之后将转移到别的前沿阵地准备一场关键的战斗。然而，1927年三月22日，国民革命军的士兵挺进江阴城。
国民革命军要求占领布道站里面的所有建筑区和住宅区，但是那些已经加入国民党的医院和学校的中国人希望保护江阴的布道工作，说服了军队仅仅占领了男子学校和两处外国人的住宅；在医院里驻扎了几支医疗队而不是整整一个团的士兵。传教士们腾空了两套住宅，把他们的财产锁在阁楼里，把钥匙交给负责的军官。后者承诺保护他们的私人财产，但是几个小时内，阁楼遭破门而入，里面的财物被士兵抢走。第二天，大多数的财物当作战利品被士兵们卖到城里的货摊那里去了。士兵们还大肆破坏布道站的一些建筑。詹姆斯斯普鲁特学校的桌子，家具和门窗被当做燃料烧掉了。安德鲁阿里森，一位忠实的鸟类学家，曾经把鸟类标本寄到美国国立博物馆和费城科学院，刚刚在学校把一座自然历史博物馆布置完毕---“他心中的骄傲和喜悦”，他在为博物馆正式开放作准备工作时，灾难降临，士兵们把里面的设备全部掳掠去了。
占领军中的共产份子试图从教会学校的男女生中和学校，医院的职员中招募新兵充实到队伍中去，但是他们的成功十分有限。女生们一言不发地听着到校的政治宣传员的演说可是拒绝呼喊他们的反帝和反基督教的口号。更使政治宣讲团惊惶到是，一位来自关闭的男校的教师走上讲台宣称国民宪法保证宗教信仰自由，这些女孩子信仰基督教不应该受到阻挠，他还引用了医院里一位男护士长的话告诉政治宣传团的成员，“如果你希望，可以夺走我的生命，但是任何东西，任何东西绝不能诱惑我成为反对主耶稣基督的一部分。”
传教士们显然把国民革命军和革命运动的过激行为归咎于内部的共产份子。在一封2月份寄给美国基督教大会的信中，乔治沃思猛烈地谴责他们“是一个行动效率高但彻头彻尾无纪律的秘密宣传组织，他们在中华大地播下了数以百万计的谎言和诽谤，各类的诬告来反对外国人，尤其是英国人，反对基督教教会：新教和罗马天主教，使长期死亡的偏见复活了。”他还特别提到到，“这一切都是由非常狡猾和富有经验的俄罗斯专家指导的。”不过沃思没有斥责他周围发生的革命的动荡以及由此导致的传教士们和中国基督徒之间关系的变化。他在谈到后者时说，“像所有中国的爱国主义者一样，他们。。。充满了民族主义的同情心，这是我们完全赞同的品质；如同民族主义的自豪感，每一位正直的人必须怀有对民族进步的渴望。”
一位江阴本地人后来回忆到共产党在江苏鼓动的农民运动在他的城市开始了，他在孩提时就听说，农民运动的参与者应该对三月份那次焚烧和抢掠传教士的财产负责。其中一位农民运动的负责人，缪学勤后来以抢劫和谋杀罪被捕，他被正法之后，尸首系在一辆黄包车后面拖着，穿过城里的街巷。另一位农民运动的领袖钱振标后来也被逮捕和正法了。钱早些年是詹姆斯斯普鲁特学校的学生，因1912年洪水赈灾资金的纠纷中，由于他在纠纷中充当的角色而被学校开除了。江阴城东乡镇遭遇的毁坏和那里一位中国基督教牧师遭受的迫害，一般认为都是“共产份子所为”。但更可能是国民革命军自己干的坏事。后来地方国民党官员向那位牧师道歉，恢复了他在教会的职务，主动提出用红色装饰礼拜堂，并为他的复职燃放了鞭炮。
三月25日上午，国民革命军抵达江阴的第三天，传教士们和管理委员会成员碰头讨论他们在这段时期逗留在江阴是否处于危险之中而且会阻挠布道工作的开展。委员会坚持认为不会发生那类事件并催促他们这些外国人继续留下。他们也乐意这么做。可是这个决定刚刚做出，从乔治沃思的收音机里就传来了发生在三月24日的南京事件的消息：一位美国的教育工作者和其他五名外国人遇害，他们的大部分财产被国民革命军掳掠（报道往往指谪是共产党所为）。那天傍晚，收音机里传来了美国驻沪总领事播放的暗语：“威廉生病了，需要动手术。”根据预先的安排，这条暗语意思是“美国侨民必须从中国内地撤离。”查尔斯沃思听到了这条暗语，立即召集了在医院工作的迪克森和威尔科克斯，把他们带到沃思的住处，五名外国人在那里等待着，他们和中国的同事匆匆忙忙地进一步商谈后，美国人决定第二天清晨离开江阴去上海。
美国当局派遣了一艘驱逐舰来接滞留在江阴和泰州的传教士们，但是江阴布道站的成员至少不是以这种耀武扬威的方式航行到上海的。他们在中国基督徒的帮助下，登上一条大帆船，沿着长江顺流数百里到达上海的。那条帆船原计划在距离江阴城5英里的地方接他们上船，以避免在占领了江阴城的士兵的眼皮下面乘船。外国人分成两小组从陆路行走到江阴东面大帆船等候他们的地方。一组由查尔斯沃思，赖斯利特尔，玛格丽特迪克森和马里恩威尔科克斯组成，他们沿河边下行，没有遇到任何不测。可是乔治沃思，安德鲁阿里森和威廉康明的那组在城外遇到两名士兵前来搭讪。他们的生命安全受到了威胁，因为他们随身带了许多值钱的东西包括一些手表和戒指以及乔治沃思的金丝边眼镜。不过士兵让他们继续赶路并搭乘上了大帆船。外国传教士们安全地抵达上海，仅遭遇到一次帆船搁浅和数次对着帆船乱放枪的小事件。
许多江阴布道站的工作人员决定利用这段时期回国休假，而其他人员仍然逗留在上海等待形势的改善，有机会恢复他们的宣教工作。八月份，三名教士访问了江阴，四人一月份再次去江阴访问。一直到1928年2月，布道站才重新开放。当时有七名教士，四男三女。外国传教士离开江阴到上海的那段时期，除了一间布道的房间外，国民革命军占领了布道站所有的房屋。他们用每天在圣经学校的礼拜堂里开展军事训练讲座，男校关闭了并遭到严重的破坏。但是女校未受干扰继续上课。在管理委员会主持下继续开展城里的，乡村布道分站和中心站礼拜堂的传福音工作。
传教士们返回江阴一个月以后，有被迫出走。这次是受到共产党在这一地区骚扰的威胁。1927年夏天，革命运动分裂了，共产党被逐出城市进入华中南的山区，远离人口稠密的中心，他们在那里建立了新的革命根据地。但是零星的“红色恐怖”，像1928年三月发生的那样，也会袭击江阴。
共党份子开始攻击江阴城东面和南面的几个乡镇，最重大的行动发生在峭岐镇，大约2000人的队伍掳掠和放火烧毁了乡镇的北半部分。报道表明这场攻击是计划周密，有条不紊地进行的。一队年轻人组成的先锋队奔跑着穿越过城镇，挥舞着长剑和大砍刀，高声叫喊：“杀！杀！杀!”这个场面足以吓坏了百姓，迫使他们四下乱跑寻找藏身之处。放火队接踵而至，开始焚烧镇上的房屋，接着经验丰富的主力军，佩戴着左轮枪的士兵们来了，最后到达的是照料死者和伤者的医疗队。从商铺和居民那里抢掠到的现金统统上交到领导那里，他们以后用这些钱购买武器弹药。其它的掠物归士兵个人所有，准许他们在认为是合适的时机自由处理。峭岐镇南和镇北被一座石桥分隔，使得南面的居民能够击退共产份子的进攻。一家大户人家组织了地方民团，配备了机关枪，在桥上用带刺的铁丝网修筑了路障，迫使共党份子无功而返，一无所获。（没有获得任何战利品就撤退了）
乡村战役后，共党份子宣称他们下一个进攻的目标是江阴城。城里所有的富人都离开了住宅，逃到上海或苏州去了。县长请求南京派军队来保护江阴城。终于国民政府派遣了一个营500人来到了江阴，半数的士兵在布道站男校里住宿。政府的军队成扇形散开进入农村攻击共党份子，驱散了他们的聚会，尽可能多地逮捕共党份子。在一个偏远的乡镇，后塍，江阴地区共产党的的活动中心，这场农民运动演变成一场激烈的战斗，政府军包围了共党份子，给他们致命的打击：击毙约100名；另外200名被打伤。遭遇这次挫败后，共党在江阴的运动失去了战斗力。地方当局开始搜捕嫌疑的激进份子，有些疑犯抓捕后立即处决。表面看来，江阴又恢复了平静，但是人们对未来表示出担忧。如乔治沃思在他冗长的报告中总结这次骚乱时写道：“种籽播撒得很好，一时难以铲除。”
“我永远不会忘记1925年我们召开的第一次布道大会的情景。我们是在福州的一个夏日度假胜地开会的。所有的传教士们都到那里去避暑纳凉。每年的布道会议都在胜地周围的阳台上举行的。他们约请每一个中国的教会出席会议---他们是教会学校的校长或教会医院的院长。可是没有一位中国人在场。那是1925年发生的事。接下来，当然，国民革命政府成立，并提出由中国人担任教会学校校长和教会医院院长的要求。”
在江阴，权力移交的进程开展得相对早一些。从20年代就开始了，部分原因归功于那里传教士们的激进态度。伊拉阿里森在1925年布道站报告中写道，“除了外国人的建议以外，中国人任何志愿独立开展工作的措施都让我心欢喜；因为这一切似乎期待着好日子的到来---（好日子什么时候到来？）---一个独立的，自立的教会的到来。”整个20年代和30年代中，。她的在江阴工作的外国同事们在信件和报告中也经常重复这些看法。举个例子，乔治沃思1927年写道，“在这个国家动荡的时期，在华的基督教布道工作需要作出相应的改变。”他对于这样的前景并不感到惊讶，“他们（中国传教人数）一定增加，我们（外国传教人数）一定减少。这就是我们为此努力和祈求的，现在我们必须欢迎这样的变化。”
在开始实施权力移交到中国人手中的过程中，江阴布道站的人事状况比传教士们的期待更具有决定性。人事调动，暂时的重新分配，休假和病假，使得传教士的人数在1920年降到最低点。这个时期，江阴布道站的外国人的人数还不到前几年人数的一半。其后果是，布道站的许多工作都蒙受损失。在这样的困境中，传教士们带着忧虑把更多的责任---而不是权力---移交给中国的同事们。1920年，布道站内男校和乡村布道工作都没有外国人来监管了。弗吉尼亚黎，一位仍旧留在江阴的传教士，写道，“我们一直谨慎地工作努力达到这个理想的阶段---但是这“来得那么突然，以至于我们中一些人显然对它的结局感到担忧。”第二年，医院的领导权从乔治沃思手中转移到中国人手中，聂医生接替他担任院长的职务。
外国传教士于1928年二月中旬返回江阴。在三月份他们决定请求华中布道团批准江阴布道站组建永久联合管理委员会这个组织。他们的请求在华的南方长老会布道团中尚属首例，因此在其它的传教士中间遇了一些怀疑和抵制，但最终还是批准了。1928年5月24日，由17名中国基督徒和6名外国传教士组成的联合委员会成立了。确定11人为法定人数旨在一旦外国人决定离开后，中国的教会人员可以继续管理和处理布道站的事务而不必重组。从那时起，联合委员会成为江阴布道站的最高权力机构。占大多数的中国成员被寄予厚望在管理布道站上发挥领导作用，各类学校的校长和医院的院长都任命由中国人担任，曾经负责这些机构领导工作的外国传教士们担任起顾问的职务。
传教士们还可以通过委员会成员的身份施加影响，1876年南方长老会是首先提出建议的教会组织之一，它建议在传道所在地让传教士们成为教会议会的成员是不妥当的。他们认为产生于布道运动的教会“是自由出生的，具有自治的天生权力”，同样也可以自由地决定他们自己教会组织的形式。海外布道团秘书同时宣布，“所有海外布道工作都是开创性的和初步的，其目标就是建立自治，自立和自传的本土教会。”
然而，最终大多数的南方长老会的传教士们还是成为了具有投票表决权的成员。在1901年上海举行的大会上，南方长老会的长老们在特殊的背景下以有利于他们的双重身份，即美国长老会成员和中华长老会成员身份出席会议的。到了20年代，许多传教士们仍然坚持这种双重身份，而其他一些传教士，尤其是新抵达中国的教士扪和传教士的下一代成为了完全的地方教会的成员。在江阴，哈顿牧师的孩子们于1907年成为乡村教会的成员；乔治沃思的两个孩子于1909年成为东门教会的成员。江阴长老会20年代创建时，大多数的传教士成为了该教会的成员，但同时保留了他们美国教会的身份。可以猜测，传教士们感觉到当地教会的身份可以更好地表达他们与中国基督徒密切的共事和合作的愿望，当地教会的身份还给他们提供机会可以指导处于幼年时期的中国本土教会和保留着对它产生影响的方式。
另一个问题是培养中国自己的牧师以减轻外国传教士布道工作的进程缓慢。只是在20年代后期，被任命的中国牧师的人数才超过被任命的外国牧师。当时，江阴在这方面做得比较好。20世纪初期，与华中布道团的其他布道站相比，江阴产生了较多的传道候选人，他们被推选分别成为东门和北门礼拜堂的领导。蔡自哲和吴墨培都是本地人，居住在距离江阴以西4英里的一个小集镇上。1897年，在赖斯利特尔一次乡村巡回布道中他们第一次听到了福音，当时他们才12岁。经过在嘉兴男子教会学校（开办早于江阴教会学校），杭州基督教学院和南京金陵神学院的学习后，他们回到了家乡在布道站里成为外国传教士的助手。1917年11月，蔡被任命为东门礼拜堂的第一位中国牧师；几个月后，教会里开展了新的选举，管理委员会的六位长老都由中国人担任，同时吴牧师任北门礼拜堂牧师，到了20年代中叶，一些乡村的礼拜堂也都有了中国人的牧师了。
组建中国人管理的教会真正的症结是资金问题。在华的基督教机构最初的费用由海外布道委员会承担，它们不仅支付外国在华传道人的工资，还提供建造礼拜堂的资金以及资助医院。学校。一般来说，中国的基督教皈依者没有这个能力为这些机构提供足够的资金。1926年一个美国的宗教团体报告说，和它有联系的在华教会中，只有布道百分之十五的教会实行了自立。可以理解，布道委员会和美国的资助者们不情愿既放弃教会的管理权又仍然承担着维持机构的高昂费用。正如一位传道士教育家描述的那样，“付钱给笛子吹奏者的人，---不管他愿意不愿意---总是拥有决定权。”日益兴起的社会福音或自由之翼思潮贯穿于20世纪的初几十年中，这种思潮的影响只会导致问题的复杂化。强调学校教育和医疗卫生功能的结果是建造了大量的豪华学校和医院。早在1927年,PCUS(美国长老会)华中布道团开始研究中国本土教会自立的问题，并拟定了指导纲领来帮助中国教会自立。可是到了1930年，传教士们仍旧为没有实现这个目标而感到惋惜。
虽然自治主要是在华基督教教会内部的一个议题，宗教进入学校的问题让传教士们和行政当局产生了冲突。民族主义者把教育视为国家的特权，坚持要求所有的私立学校和外国人办的学校在国家登记注册并遵守相应的规则，没有做到这一点将影响对他们办学资质的认可和他们毕业生的职业志向。在共和国早期，一些教会学校开始在北京政府那里登记注册并且在一系列限制之下运作，如：禁止必修宗教仪式和宣讲宗教学说；禁止在招生和对待非基督徒学生上采取歧视的态度。
1919---1925年期间，不断兴起的反基督教和排外运动（本章已作了简短的回顾）导致了重新提起和更加坚持教育自治的要求。各类教育和政治组织提出了这个议题。全国教育发展协会于1927年七月召开了第一次年会，胡适，新文化运动的领袖之一，提出了一项建议：不准在幼儿园和小学开展宗教教育。在1924年和1925年的年会上，协会再次提起这个议题并督促政府要求所有外国人办的学校登记注册和遵守中国的规则，禁止学校开展宗教教义课程。中华青年协会，20年代早期反基督教运动的工具，于1923年十月出版了一本书谴责在华的基督教教育。第二年夏天，代表们在第五次年会上通过了下列决议：我们强烈反对基督教教育，它摧毁了我们人民的民族精神，它推行的文化方案损害中华民族的文明。1924年，省教育协会全国大联盟通过了决议：外国人在华办的学校必须在教育部严格管理下开展工作，遵守教育部颁发的规则，不开设宗教课程，不强制学生参加宗教仪式。
二十年代中，两个政党：国民党和共产党都看到了借迅速发展的反基督教运动中蕴藏的机会来扩展他们各自的吸引力和扩充他们成员人数，尤其是在已被动员起来的青年和学生团体中发展他们的成员。1926年一月召开的国民党第二次代表大会支持对教会学校的攻击并把这类学校称之为“帝国主义的喉舌和爪牙”。然而一些国民党的领袖们对基督教怀着矛盾的心情因为国民党的奠基者孙逸仙就是一位基督徒，因为许多的国民党员就是教会学校的毕业生，而且在北伐与军阀交战的时刻，他们也害怕触怒了外国人。蒋介石指挥着北伐战争，他保证只要外国人不反对革命运动，就可以得到保护。共产党也采取了相似的立场。1923年第三次代表大会上，共产党通过了一份强烈反对帝国主义的决议，反对外国人办学和在学校里教授宗教课程。1926年，在它的宣传机器中，共产党把基督教描绘成“帝国主义的先锋（先头部队），但是没有采取任何措施与教会发生正面的冲突。”革命政党和反基督教狂热之间的链接改变了运动的趋势，继1925年五卅惨案之后作为猛烈反帝高潮的一部分，它控制中国的政治走向若干年。
主要是民族主义者提出了支持攻击教会学校的论点，外国人管理学校破坏了国家的传统特权，国家本可以以它认为合适的方式教育自己的公民，上教会学校的学生被解除了了国籍，失去了作为中国人的归属感，而且他们接受的汉语语言，中国文学和中国文化方面的训练都很差。这些机构中的中国教职员从属他们的外国上司，根本没有赋予充分管理学校的职权。学校教授的学科和他们传递的价值都是“外国的”，不适应中国的需要。除此之外，不少人反对教会学校因为他们认为外国人教授的宗教是迷信的和不合理智的。许多中国的基督徒教育家，如提摩太刘（刘庭方）不得不承认在这些论点中，有一些是有说服力的。
中国的教育家们日益增加的担忧和学术领域中重要团体施加了有组织的压力催促北京政府于1925年11月份颁布了新的规则。这些规则要求所有的私立学校（无论是中国人抑或是外国人办的，尽管后者是真正的目标）必须要有一位中国人担任校长或副校长，并且在学校管理委员会中中国人必须占大多数。不仅如此，学校禁止宣扬宗教学说，禁止开设宗教课程。学校的课程表必须与教育部的指导纲要相吻合。南方的革命政府在1925年和1926年颁布了类似的一套规则，并附加了规定：学校必须举行纪念孙中山的仪式和必须制定学习“三民主义”的学习计划。蒋介石的新革命政府于1928年二月颁布了一套和以往规则相吻合的学校注册规则。不过1929年，南京政府的教育部增加了两项要求：三月份，它要求所有的高级中学和大学把军训列入必修课；八月份，它禁止在小学开展任何宗教活动。政府的规则还表明未经注册的学校的毕业生不得享受注册学校毕业生相同的权利和特别优惠（例如，选举，申报公务员职务和获取政府奖学金等）。
在华的传教士们就对一系列规则作出怎么样的反应产生了不同观点。大多数人在让中国人参与学校管理和担任领导职务方面没有什么障碍，但也有许多人感觉很难接受宗教教育上的限制，他们宁愿关闭学校也不远经营世俗化的学校。另一方面，中国的基督徒们普遍赞同学校继续开办下去。他们据理力争道教会学校的学生们至少没有饱尝持续的反基督教的苦药，学生们的宗教意识训练还可以通过到礼拜堂里做礼拜，或其他校外的环境得到陶冶。中国的基督教教育协会催促所有的教会学校去登记注册，遵守尽可能多的规则，同时等待协会就一些令人反感的规则和政府展开进一步的沟通。
在学校注册的问题上---两个存亡攸关的根本原则---它们的目的针锋相对：民族主义和宗教自由。中国人坚持不要外国人干涉他们自己的拥有决定教育实践的权利，而西方传教士们决心保持藉条约维护的权利不受中国政府的控制来宣传他们的宗教。中国的基督教徒们是困在僵局中左右为难的临界群体，但是他们持有解决问题的钥匙。传教士们反对注册的态度随着他们在教会学校实践和传教中所想象的权力变化而变化的，但是只要外国人管理着这些学校，宗教自由的问题就被中国人民自尊和自治的热心所压倒。诚如一位在美国接受过教育的中国政府的科学家当时写得那样，：“在华的基督教运动不可以看作纯粹的宗教或社会问题，而是一个国际化的政治问题。”一旦控制权转移了，中国基督徒能够并肯定请求他们的政府给予他们宗教自由的权利而根本不会有那种被民族主义份子的问题搅浑的辩论。简而言之，只有中国基督徒，而不是西方的传教士们，才能赢得真正的中国的宗教权利。
然而，他们的中国同事们更愿意妥协。1927年华中布道团把学校的管理权移交给由中华长老会教会任命的教育委员会手中，他们重新定义学校的目的是“大众教育”和“培养基督教的品质”而不是像传教士们更喜欢定义的“基督教教育”。这个新的形式允许学生们在自愿的基础上选修宗教课课程和参加宗教活动。到1930年时，华中布道团终于采取了这样的立场来接受了既定的事实：嘉兴和杭州的三所教会学校在中国政府的教育部注册。布道团还作出让步，允许在可选择的基础上开展圣经学习和宗教活动，它还督促每个下属布道团开放主日学校。
华中布道团内剩下的两所学校：江阴高级女子学校和初级男子学校仍旧没有注册，保持原来的模式。男子学校在1927年遭到国民革命军的严重破坏。安德鲁阿里森不在担任男校校长但作为顾问仍然发挥着权威作用，他表达了不情愿重新开办男校的心情：
“中国政府如此管理教会学校的规则让我们感到很难保持教会学校真正的基督教特点。一般学生的素质----尤其的男学生的素质---和地方官员的素质，如此糟糕就更难保持教会学校真正的特点了---我们不能同意把培养孩子们认识上帝的学校开办成党派的宣传机构，禁止开展必要的宗教崇拜和圣经学习却强迫学生崇拜孙逸仙，一个国民党党员提倡的三民主义学说反倒成为学生课程的基础。”
1929年开学时，只有25名男生来上课，学校在寻找师资方面也遇到困难。毫无疑问，这是因为学校没有注册。江阴的女子学校在这段时期继续开办，抵制革命份子来接管。事实上，邻近嘉兴的一位中国教育家表达的态度鼓励女校走这条路。据报道这位教育家曾告诫过传教士们：“政府规则中需要的政治教导员来到我校讲课。他告诉学生们自由精神已蔚然成风---学生们不必服从教师或遵守校规。结果是我们没有纪律，学习气氛一团糟。开办你们自己的学校但不要去注册，因为一旦被政府的规则束缚，就后患无穷。”
这些学校拒绝去注册遭到了江阴新闻界和地方教育部门的攻击。市教委的代表1927年几次三番来到学校催促学校根据自愿的原则让学生们研习圣经和参加主日礼拜。1929年他们又建议学校里所授的“圣经课程换一个少一些唐突的名称，但联合管理委员会甚至拒绝作出这种折中的姿态。安德鲁阿里森清楚地表明了他们的对抗立场：“在教会容忍让步方面我们当中的许多人似乎犯了错误。无容置疑，注册或试图在政府部门注册已经在校内的宗教生活和工作上产生了许多妥协。。。学习圣经和宣扬神道作为教会学校的基础必须有它们一席之地。”市里的督导也来检察学校是否遵守他们提出的要求每周开展纪念辛亥革命领袖和共和国缔造者孙逸仙的活动。布道站再一次坚决拒绝开展这项要求学生们向孙的画像鞠躬的纪念活动，因为这是一种崇拜偶像的形式。1931年，地方当局通知基督徒们“八月15日之前没有注册的学校不允许招收任何学生或继续上课。”但是学校如往常一样地开学了，无视地方教育委员会的要求：他们必须和政府“保持一致。”后来南京政府宣布这条命令推迟执行。
在接下来的数年里，地方当局继续催促学校执行这个规则，但是他们似乎无能为力或不愿意强制要求学校去注册。或许江阴的传教士们早期对社会的贡献庇护了他们。这也表明地方当局和国民党，政府机关之间前后矛盾的工作方式怂恿了这种不协调的现象存在。国民党江阴分部经常发公文给布道站要求教会学校停止宗教课。女子学校校长，王先生对其中一份公告的反应是：“当然，我们不作出回答，只是把它撂在一边。这些人也要干些事来保住他们的饭碗。”尽管教会学校明确地拒绝执行政府的注册要求，当局最终也没有采取任何步骤来关闭学校。
起初，中国的基督徒和外国传教士共同抵制注册。联合管理委员会中的中国成员和外国同事一起投票支持他们大胆反抗的立场。教会学校里的中国教职员和一些较大型基督教社团也持有相同的信念：学校应该为学生提供宗教教育，继续开设必修的圣经课程和每日礼拜侍奉。一个增强学校继续拒绝注册决心的因素是基督教家庭继续送孩子来上学。事实上，上女子学校就是上一所全日制的高级中学。（人数超过了250人）。它是为数不多的仍旧开设宗教课程的学校。来自遥远省份如奉天，云南和河南以及来自邻近省份浙江和湖南的年轻女孩到江阴来学习。不过，男子学校因为迟迟不去注册产生了不利的影响。男校的毕业生发现到政府的学校或甚至注册的教会学校去继续接受教育很困难，因为他们在那些学校往往有被打上“不爱国”烙印的危险。由于教育在职业取向上，男孩比女孩更重要，更少的男孩乐意冒险去上一所未注册的学校。
1937年，江阴教会学校注册的问题到了危急的关头。教会学校的中国校长和教职员工们发现他们身处越来越防守不住阵线的境地了。人们可以想象出他们所经历的来自于继续挑战政府注册规定而产生的的严峻压力。到了夏天，学校为秋季开学制定计划时，所有的中国的教职员认定时机已到：学校要么登记注册，要么关门停课。然而外国传教士们在这个问题上分裂为两派，从而产生了布道站内的紧张关系。除了那些对他们的困境表示同情的人以外，中国人和外国传教士们一谈论到此事就变得沉默寡言。就传教士而言，他们也陷入了相似的苦境之中，他们中的许多人也赞同注册，可是身为他们家乡---美国布道委员会在华的代理人，他们觉得遵守美国布道委员会的决定是他们义不容辞的责任。海外布道团执行委员会的执行秘书于1937年的早些时候访问了江阴和其他的布道站，而且在六月三日纳什维尔召开的会议上重申了反对注册的决心。
传教士们离开江阴到莫干山（浙江省的一处休闲胜地）去歇夏，对教会学校的前途没有把握。侵华日军到达了长江三角洲迫使多数传教士把暑期推迟到秋天，最终放弃了他们的教师职务，这对学校的前途引起了更大的猜疑。一些传教士秋天返回江阴，做了短暂的停留，目睹了学校于十月15日正式开学。可是到了十一月份，整个布道站，外国传教士和中国的基督徒从城里撤退搬迁到边远的村庄。在这短暂的开学期间，学校是否已经登记注册就不得而知了。日本军队的占领使得学校注册的问题变得不切实际了：所有的教会学校的校舍都毁坏了。
日本侵华前夕，像江阴布道站一样，许多布道站还没有完全解决国民革命遗留下来的问题。公开宣传中华基督教教会自治，自立和自传的目标离实现相差甚远。可以理解，传教士们不情愿放弃这一宏大规划：让广袤的中华帝国都信仰基督教已经成为他们毕生工作的目标。接替了教会领导权的中国基督徒们能像从前那样热心地继续开展布道工作吗？在民族主义份子抗议的特定目标---教会学校里，西方的管理者们很不愿意放弃宗教教育，他们把它看作是福音传道的主要组成部分、将宗教信仰牺牲在中国民族主义的祭坛上，对他们来说，是一个值得怀疑的命题。可是他们抵制学校注册使他们和中华基督教委员会的关系疏远，这个中华基督教委员会被迫在宗教信仰和迫切的民族复兴之间作出选择。不久，基督教传道运动和中华民族主义之间产生摩擦关系的问题被一些更具有里程碑意义的事件所替代---日本侵略中国和共产党在内战中获取胜利。