一、关于“单位犯罪”和“个人犯罪”的区分问题
同自然人犯罪一样，单位犯罪也是以单位实施了刑法分则所规定的具体的危害行为为基础的。但我国刑法学通说在讲到单位犯罪的危害行为的时候，都是笼而统之地说，单位犯罪就是“公司、企业、事业、单位、机关、团体实施的依法应当承担刑事责任的危害社会的行为”，而没有说明无血无肉、无手无脚的单位是如何实施犯罪行为的。因此，这样概括单位犯罪并没有多大意义。
实际上，单位是民法上所拟制的权利义务主体，其社会活动是由其组成人员的自然人实施的，其自身不可能实施所谓单位犯罪行为。但是，作为单位组成人员的自然人，一方面是单位组成人员，受制于单位意志；另一方面又是具有自己独立思想的个人，他可以影响单位意志并作为独立于单位的社会关系主体的身份出现，独立处理自己的事务。这种双重身份决定了他的业务活动行为既可能是单位行为，也可能是他个人行为。因此，如何判断其所实施的行为是单位行为还是个人行为，就成为认定现实中的某种危害行为是否单位犯罪的关键。
对于这一问题，最高人民法院在1999年6月25日发布的《关于审理单位犯罪案件具体应用法律有关问题的解释》第3条中规定：“盗用单位名义实施犯罪，违法所得由实施犯罪的个人私分的，依照刑法有关自然人犯罪的规定定罪处罚”。在这里，以单位名义实施的犯罪行为是个人犯罪还是单位犯罪，其判断标准是“违法所得”的归属、去向。盗用单位名义实施犯罪，犯罪所得被犯罪人私分的，就是个人犯罪；反之，就是单位犯罪。
为什么在判断以单位名义实施的犯罪是个人犯罪还是单位犯罪时，主要考虑“犯罪所得的归属”呢？因为，根据从客观效果逆推主观动机的一般认识方法，以犯罪行为所得的归属比较容易判断出行为人的主观意图。在行为人私分犯罪所得的时候，就表明行为人是“为了自己的利益”而盗用单位名义实施个人犯罪；在犯罪所得归单位所有的时候，就表明行为人是“为了单位的利益”而实施单位犯罪。但是，这种以“犯罪所得的归属”来判断是单位犯罪还是个人犯罪的方法，存在严重的缺陷：
首先，犯罪所得的归属去向并不能完全反映出行为人的主观意图到底是为公还是为私。如职员某甲，为引起领导的重视和注意，以便日后得到提拔，便打着单位的旗号与境外不法分子某乙勾结，走私进来了一批香烟，倒卖后，将犯罪所得全都“捐献”给了其所在单位。在这样的事例中，行为人的行为尽管是以单位的名义，客观上也是为了单位的利益而实施的，但是，其主观意图难说是为了单位的利益。
其次，有过分夸大“为单位谋取利益”的主观意图的作用之嫌。从现行《刑法》的规定来看，并没有将是否具有“为单位谋取利益”的主观意图作为区分单位犯罪和个人犯罪的基准。如现行《刑法》第273条规定，挪用救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物，情节严重，致使国家和人民利益遭受重大损害的，构成挪用特定款物罪。一般认为，现行《刑法》第273条中规定的挪用特定款物，是指“未经合法批准，擅自将自己经营的上述款物调拨、使用于其他方面，例如，修建楼堂馆所、购买小汽车等”。可见，在挪用特定款物罪中，尽管挪用行为主要是“为了单位利益”为实施的，但《刑法》并没有因此而将其规定为单位犯罪。恰恰相反，行为人即便出于为个人谋取利益的主观意图而实施法定的犯罪，也能被作为单位犯罪处理。如现行《刑法》第396条中规定的私分国有资产罪和私分罚没财物罪，都是单位中的主观人员和直接责任人员为了单位组成人员个人的利益，以单位名义所实施的犯罪，但是，按照现行《刑法》的规定，上述行为都是单位犯罪。既然如此，为什么刑法通说和司法解释都以是否“为单位谋取利益”作为区分单位犯罪和个人犯罪的基准呢？
最后，对现行《刑法》中的某些犯罪来说该判断标准并不适用。因为有些单位犯罪中并不存在违法所得的归属和去向问题。如现行《刑法》第330条规定的妨害传染病防治罪，单位只要有“违反传染病防治法的规定，引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的……”就构成犯罪，并不要求单位具有获利的动机，而且实际上也很少存在直接负责的主管人员和其他直接责任人员“中饱私囊”或“私分违法所得利益”的情况。因此，以犯罪行为违法所得的归属来判断某行为是单位犯罪还是个人犯罪的标准，在其适用上也并不具有普遍意义。
从刑法理论上看，单位犯罪和个人犯罪尽管都是由个人实施的，但是其根本区别在于，单位犯罪是在单位意志支配下实施的，行为人的行为是单位自身意志的体现，而个人犯罪则完全是在其个人意志支配下实施的，体现的是其个人意志。个人“为单位谋取利益”的意图并不能与“体现单位意志”之间划等号，前者是个人单方面的想法，在单位不知道或者并不乐意其组成人员为了自己的利益而实施犯罪行为的场合，无论如何不能因为该种行为区分单位犯罪和个人犯罪的惟一标准并不合理。
笔者认为，在单位自身行为的判断上，关键是要考虑单位组成人员个人的行为是否单位自身意志的体现。在判断该行为是否单位自身意志的体现时，要审查该行为是否经过了决策机关同意。需要注意的是，在判断某一个人的行为是否单位自身的行为时，不能仅仅根据该行为是否经过单位负责人的同意或单位集体的同意，有时尽管没有经过单位负责人同意，但该行为符合单位业务活动的政策、规定或操作习惯时，也应将该行为视为单自身的行为。
二、关于单位犯罪的罪过问题
现在学者们对单位犯罪的罪过形式基本上达成了共识，即单位犯罪的罪过既可以是故意也可以是过失，在我国的单位犯罪中故意犯罪是主要表现形式。但是，在单位犯罪场合下，其罪过的具体内容该如何认定，即单位在什么情况下对其组成人员的行为负故意责任，什么情况下负有过失责任呢？笔者认为，应当区分以下两种情况：
一种情况是，单位代表机关组成人员在单位业务活动过程中的故意或过失直接归于单位自身的情况。单位命令、指挥、默认或决策失误（当然这种行为是通过单位的代表人或主管人员体现出来的），因而导致其组成人员的自然人实施某种“法律规定为单位犯罪”的情形时，单位承担故意犯罪或过失犯罪的刑事责任。如某厂负责生产的厂长指令生产车间生产假冒伪劣产品；或单位领导未经法定许可，擅自进口固体废物作原料，以致造成重大环境污染事故，致使公司财产遭受重大损失以及严重危害人体健康的后果等，均属适例。
另一种是单位负监督过失责任的情况，即在单位毫不知情（当然这种不知情也是通过单位代表机关成员或主管人员的行为体现出来的）的情况下，其下级组成人员实施了某种“法律规定为单位犯罪”的情形而必须追究单位自身的过失责任的情况。如单位的一般从业人员在生产操作过程中，由于业务不熟练而将未经处理的污水排入河流，造成大面积的水体污染，给人民生命财产造成重大损失的便属此种情况。这时候，由于单位本身并没有参与其组成人员的犯罪行为，因此，应否追究单位自身的刑事责任便成问题。在这一点上，日本“两罚规定”中的单位的选任、监督责任理论值得我们借鉴。这种理论认为，作为企业主的单位对于作为其代理人、使用人及其他从业人员的自然人具有防止其实施违法行为的选任、监督上的义务。在单位没有采取有效的选任、监督措施，从而导致其从业人员在履行范围业务的过程中实施了应当受到法律处罚的犯罪行为时，就得追究单位自身的刑事责任。单位正是在这一点上负有责任，所以不得不处罚单位。但是，如果单位能证明它为防止从业人员的违法行为已尽了相当的注意和监督责任时，单位不受处罚。
三、关于单位盗窃问题
当前，在我国的单位犯罪中争议较大的是单位有关人员组织实施刑法规定只能由自然人实施的犯罪该如何处理的问题。其中，引人注目的是单位有关人员组织实施的所谓单位盗窃问题的处理。对此，刑法理论界过去曾经有过争议，但是，现在意见已经趋向统一，即对这类情况可以个人犯罪处理。
司法实践中，对于单位有关人员所组织实施的所谓单位盗窃行为，也是按照个人盗窃罪处理的。2002年8月13日公布并施行的最高人民检察院《关于单位有关人员组织实施盗窃行为如何适用法律问题的批复》（下称《批复》）中指出：“单位有关人员为谋取单位利益组织实施盗窃行为，情节严重的，应当依照《刑法》第264条的规定以盗窃罪追究直接责任人员的刑事责任。”这就肯定了对于单位有关人员组织实施盗窃行为，必须按个人盗窃罪处理。
从理论研究的角度来看，最高人民检察院的上述《批复》虽然解决了单位有关人员组织实施的所谓单位盗窃的处罚问题，但是，由于其在按照个人盗窃罪条款处罚单位盗窃问题上又附加了一些新的条件(一是在主管方面，增加了行为人必须有“为单位谋取利益”的动机的条件；二是在客观方面，要求必须是“情节严重”)，实际上重新规定了为盗窃罪的成立要件，因此，在依现行《刑法》第264条的规定对所谓单位盗窃行为进行处罚的时候，又出现了一些新的难题。
从最终的效果来看，《批复》确立的处罚模式易侵犯公民权利，有损刑罚的公正性。单位实施盗窃，主观上必须为谋取单位利益，而且在犯罪既遂的情况下获取的财物归单位所有。据此，笔者认为，与自然人盗窃相比，单位盗窃的性质完全不同。自然人盗窃是个人利益与国家利益发生冲突，而单位盗窃实质上是团体利益与国家利益发生冲突。为此，《刑法》第31条规定：“单位犯罪的，对单位处以罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。”这是一种“双罚制”模式，即单位实施犯罪行为应首先追究单位的刑事责任，进而追究单位成员的责任，而自然人实施盗窃所有的责任应由其个人承担，这是罪行相适应原则的体现。反之，如果单位成员为谋取单位利益组织实施盗窃，而结果只追究直接责任人员的刑事责任，将导致罪行失衡。因此，笔者认为，单位实施盗窃却只追究直接责任人员，这是对公民权利的侵犯，有损刑罚的公正性。
之所以会出现上述问题，是因为上述司法解释把单位盗窃罪和个人盗窃犯罪看作两个完全不同的犯罪，因此，在其犯罪成立标准上也作出了完全不同的规定。实际上，所谓单位盗窃和个人盗窃，如果说有什么不同的话，也只是实施盗窃行为的行为人在主观动机上稍有不同而已，这一点不同并不足以改变两个犯罪之间的成立标准。因此，对于单位有关人员组织实施的盗窃行为，虽然司法机关已经确定可以个人盗窃罪处理，但是，该如何处理，仍有待做进一步的探讨。在目前司法机关对单位犯罪中的个人持宽大处理态度的形势下，笔者认为，上述《批复》中的“情节严重”可以看作为单位有关人员组织实施盗窃行为按照个人盗窃处理的成立条件，而不是现行《刑法》第264条中的第2个量刑幅度的条件意义上的量刑情节。其具体内容，一般来说，应当是指实施盗窃犯罪数额巨大、影响恶劣、社会危害等情形。