视网膜色素变性在临床表征上与多种其他眼科疾病有时会相互重叠，这可能给诊断带来一些困难。以下是一些可能导致混淆的情况：
视网膜色素变性与视网膜色素上皮炎（RetinalPigmentEpitheliopathy）：这两者在眼底检查时可能表现出类似的色素沉着和视网膜改变，但前者是一种常见的眼底变性疾病，后者是一种比较罕见的炎症性疾病。鉴别需要依赖于临床表现的详细分析和可能的遗传学检测。
视网膜色素变性与视网膜色素病变：某些局限性的视网膜色素病变如色素病变性视网膜脱离等也可能表现为视力减退和眼底色素沉着，与视网膜色素变性有时难以鉴别。
因此，准确诊断视网膜色素变性需要综合利用眼底检查、视野检查、色觉检查以及可能的遗传学和分子生物学检测。临床医生需要仔细分析患者的病史和临床表现，有时还需要长期的跟踪观察，以确定最终的诊断。
已鉴定基因
基因解码认为PRPF31（61kDa的前mRNA剪接因子）突变在常染色体显性视网膜色素变性中起着至关重要的作用，诱发1-8%的常染色体显性视网膜色素变性病例
显然，PRPF31是诱发常染色体显性视网膜色素变性的三个前mRNA剪接因子之一，另外两个因子是PRPF3（占所有病例的1%）和PRPF8（占所有病例的3%）。PRPF31突变的独特特征之一是不完全渗透。遗传方式可能很复杂，无法确定无症状携带者是否影响了父母和孩子，因为家庭的遗传咨询受到阻碍。据报道，有症状的患者在青少年时期会出现夜盲症和视野丧失，并且通常在30多岁时被报告为失明。无症状和有症状患者的单倍型分析比较表明，两种类型都遗传了不同的野生型等位基因。高表达的野生型等位基因可以适应无功能的突变等位基因，但低表达的野生型等位基因无法达到所需的光感受器特异性PRPF31的活动阈值水平。
通过致病基因鉴定基因解码，RP1基因通过连锁检测在一个大型常染色体显性视网膜色素变性家族中被发现。RP1基因突变可诱发显性和隐性类型的视网膜色素变性。RP1基因编码240kD的视网膜光感受器特异性蛋白，其表达非常显著。携带RP1突变基因的患者的临床诊断显示视野直径缩小。一般来说，遗传性疾病被认为是由环境因素、等位基因异质性和遗传变异引起的，但对于RP1疾病，遗传变异被认为很重要，因为疾病的严重程度各不相同，患者可能具有相同的原发突变。
PRPH2（Peripherin2）基因曾被确认为RDS（视网膜变性慢变性）基因，含有3个外显子，编码346个氨基酸的蛋白质（39kDa的整合膜糖蛋白）。该蛋白位于视锥和视杆感光细胞的外节盘，含有一个盘内结构域（D2）和四个跨膜结构域（称为M1-M4）。该蛋白与另一种蛋白（ROM1）结合形成同四聚体和异四聚体复合物，也能与其自身形成同寡聚结构。《视网膜色素变性基因检测案例集》收录了PRPH2突变诱发视网膜色素变性，基因检测数据分析指出约5-9％的常染色体显性视网膜色素变性病例由该基因引起。PRPH2基因和ROM1基因突变已被观察到可导致双基因视网膜色素变性。
对于常染色体隐性遗传性视网膜色素变性，《眼科疾病的致病基因鉴定基因解码》早就对至少40个基因的发病位置进行了北斗导航级高精度定位。其中大多数基因的突变容易被基因检测包所忽视。因为它们是罕见的，导致1%的病例。但有一些基因如RP25、PDE6A、RPE65和PDE6B的患病率较高，占所有病例的2-5%。
在进行致病基因鉴定基因解码时，即使是仅在少数人群中发现，也应当包括在受检者的基因检测里需。因为，即使没有在其他人身上出现，一旦在受检者身上出现，如果不检测，受检者得到的检测结果就是假阴性。在其他地理区域罕见的突变可能是导致特定人群患常染色体隐性视网膜色素变性的常见原因，例如据报道，RP25基因座导致西班牙人群中10%-20%的常染色体隐性视网膜色素变性病例。
视网膜色素变性通常是一种孤立问题；只影响一只眼睛，但在其他各种罕见情况下，视网膜色素变性也与其他疾病有关。例子可能包括Usher综合征、refsum综合征、Bardet-Biedl综合征。
Usher综合征是一种常染色体隐性遗传病，与视网膜色素变性、听力障碍和有时的前庭功能障碍有关。失聪是该综合征最常见的疾病。不同人群的患病率为1：12,000-1：30,000人。10-30%的常染色体隐性视网膜色素变性病例是由Usher综合征引起的。临床上，Usher综合征分为三类：（1）Usher类型I（重度形式）、（2）Usher类型II（中度至重度形式）和（3）Usher类型III。佳学基因解码已收录了12个Usher综合征基因；Usher类型I有7个基因，Usher类型II有3个基因，Usher类型III有2个基因（表4）。
图1：基因解码过程中的外显子组测序和致病基因筛选策略
由于基因解码技术的不断推进，人们希望引入新的策略用于临床实践的视网膜色素变性的分子诊断，并发现致病基因变异。但要实现这一愿望，需要满足特定条件：（1）应报告所有致病基因变异；（2）分子诊断技术应低成本、可靠、快速且广泛可用；（3）临床应能够理解疾病分子诊断提供的分子信息。目前已有可靠的技术可用，而且新技术正在兴起，这增加了报告个人新突变的机会。对于已知突变检测，目前基于阵列的诊断技术可用于多种视网膜疾病。下一代测序使研究人员能够识别致病变异并报告特定疾病的新基因。更新技术最近已被用于检测引起常染色体显性视网膜色素变性的基因和变异，以提升传统方法。