我国医疗机构依据划分标准不同存在多种分类。本文仅从医疗机构的业务类别及等级级别，对不同医疗机构设立流程予以说明：
《医疗机构管理条例实施细则》根据医疗机构的业务类别和等级不同，将医疗机构分为以下十四大类：
《医疗机构评审办法》依据医疗机构的执业活动、服务质量和管理水平等评判标准，将医疗机构分为以下不同级别：
1)开设三级医院、三级妇幼保健院、急救中心、急救站、临床检验中心、中外合资合作医疗机构、港澳台独资医疗机构需分别经过医疗机构设置审批、申请医疗机构执业许可及主体资格登记流程；
2)除前述1）以外的医疗机构，实行设置审批与执业登记“两证合一”，即无需单独进行医疗机构设置审批程序，该程序与医疗机构执业许可审批程序合并进行，后续再进行主体资格登记流程；
3)法人和其他组织设置的为内部职工服务的门诊部、诊所、卫生所（室）采取备案制，无需进行医疗机构设置审批程序，而是向卫健部门备案，取得《设置医疗机构备案回执》，后续再进行申请医疗机构执业许可、主体资格登记流程。
需要说明的是，医疗机构设立过程中，营利性医疗机构设置采取“先照后证”，非营利性医疗机构设置采取“先证后照”的形式。
下文笔者以流程图和说明形式，以开设上述第1）类医疗机构为例，就医疗机构设立的一般性操作流程予以说明和介绍：
如上述流程图所示，医疗机构经过医疗机构设置审批、申请医疗机构执业许可及主体资格登记的设立流程后，在其运营过程中应根据《医疗机构评审办法》《医疗机构校验管理办法(试行)》等规定办理校验和等级评审手续。
此外，上述流程图并未包含“两证合一”、“备案制”、“先照后证”及外商投资医疗机构、互联网医院设置审批所涉特殊流程，以下分别就前述特殊情形做具体说明：
1.设置审批与执业登记“两证合一”情形
根据国家卫生健康委员会、国家中医药管理局2018年6月发布的《关于进一步改革完善医疗机构、医师审批工作的通知》，除三级医院、三级妇幼保健院、急救中心、急救站、临床检验中心、中外合资合作医疗机构、港澳台独资医疗机构外，举办其他医疗机构的，卫健部门不再核发《设置医疗机构批准书》，仅在执业登记时发放《医疗机构执业许可证》。
在申请执业登记前，举办人应当对设置医疗机构的可行性和对周边的影响进行深入研究，合理设计医疗机构的选址布局、功能定位、服务方式、诊疗科目、人员配备、床位数量、设备设施等事项。在申请执业登记时，申请人应当提交医疗机构用房产权证明或者使用证明、医疗机构建筑设计平面图、资产评估报告、医疗机构规章制度、医疗机构法定代表人或者主要负责人以及各科室负责人名录和有关资格证书、执业证书复印件及有关卫健部门规定提交的其他材料。卫健部门受理医疗机构执业登记申请后，应当对申请登记的医疗机构基本情况进行公示，并按照有关规定进行审核；审核合格的，发给《医疗机构执业许可证》；审核不合格的，将审核结果和不予批准的理由以书面形式通知申请人。
据此，除三级医院、三级妇幼保健院、急救中心、急救站、临床检验中心、中外合资合作医疗机构、港澳台独资医疗机构外，设立其他医疗机构的实施设置审批与执业登记“两证合一”，即无需单独进行上述流程图中医疗机构设置审批程序。
2.备案制情形
根据《医疗机构管理条例》《医疗机构管理条例实施细则》等规定，法人和其他组织设置的为内部职工服务的门诊部、诊所、卫生所（室），由设置单位在该医疗机构执业登记前，向当地县级卫健部门备案，并提交下列材料：（一）设置单位或者其主管部门设置医疗机构的决定；（二）《设置医疗机构备案书》。卫健部门应当在接到备案后十五日内给予《设置医疗机构备案回执》。前述门诊部、诊所、卫生所（室）的执业登记，由所在地的县级卫健部门办理。
据此，法人和其他组织设置的为内部职工服务的门诊部、诊所、卫生所（室），无需按照上述流程图申请《设置医疗机构批准书》，而是按照规定向当地县级卫健部门备案，取得《设置医疗机构备案回执》。
3.“先照后证”情形
根据国务院2015年10月发布的《关于“先照后证”改革后加强事中事后监管的意见》，营利性医疗机构设置审批改为后置审批，实行先照后证，强化事中事后监管。
根据《关于城镇医疗机构分类管理的实施意见》，非营利性医疗机构是指为社会公众利益服务而设立和运营的医疗机构，不以营利为目的，其收入用于弥补医疗服务成本，实际运营中的收支结余只能用于自身的发展，如改善医疗条件、引进技术、开展新的医疗服务项目等；营利性医疗机构是指医疗服务所得收益可用于投资者经济回报的医疗机构。
据此，如上述流程图所示，营利性医疗机构先办理主体资格登记，再办理《医疗机构执业许可证》，而非营利性医疗机构则需先办理《医疗机构执业许可证》，再进行主体资格登记。
4.外商投资医疗机构设置审批
中外合资、合作医疗机构
1)国资部门（如中方以国有资产参与投资）
合资、合作中方以国有资产参与投资（包括作价出资或作为合作条件），应当经相应主管部门批准，并按国有资产评估管理有关规定，由国有资产管理部门确认的评估机构对拟投入国有资产进行评估。经省级以上国有资产管理部门确认的评估结果，可以作为拟投入的国有资产的作价依据。
2)卫健部门
需注意的是，申请设置中外合资、合作中医医疗机构（含中外合资、合作中西医结合医疗机构和中外合资、合作民族医医疗机构）的，经所在地设区的市级卫健部门初审和所在地的省级卫健部门审核，报国家中医药管理局审核后转报国家卫健委审批。
3)商务部门
4)市场监督管理部门
获得批准设立的中外合资、合作医疗机构，应自收到《外商投资企业批准证书》之日起一个月内，到国家市场监督管理部门办理注册登记手续。
5)卫健部门
获准设立的中外合资、合作医疗机构，应当按《医疗机构管理条例》《医疗机构管理条例实施细则》关于医疗机构执业登记所规定的程序和要求，向所在地省级卫健部门规定的卫健部门申请执业登记，领取《医疗机构执业许可证》。
港澳台独资医疗机构
2)省级卫健部门审核后报国家卫健委审批；
4)取得外商投资企业批准证书或备案登记后，向有关市场监督管理部门申请办理注册登记；
5)按照《医疗机构管理条例》《医疗机构管理条例实施细则》等规定向省级卫健部门申请执业登记许可。
据此，外商投资的医疗机构可以采取中外合资、合作，或者独资形式，设置审批程序在提交材料、审批流程、主管部门等方面有别于上述流程图中医疗机构设置审批程序，同时，根据外国投资者主体、医疗机构设立地点、及采取的合资、合作、独资形式的不同，在审批程序环节亦有所不同。此外，需要提示的是，准入政策和法律环境是外商投资需要考虑的重要因素，鉴于外商投资有关政策不时更新，且根据拟开设医疗机构的情况不同，各地的准入标准亦可能存在差别，故建议提前与拟开设医疗机构所在地有关商务、卫健、市场监督管理等主管部门进行沟通确认，并以其意见为准。
5.互联网医院设置审批
根据《互联网诊疗管理办法（试行）》《互联网医院管理办法（试行）》等规定，互联网医院包括作为实体医疗机构第二名称的互联网医院，以及依托实体医疗机构独立设置的互联网医院。
互联网医院的设立可采取以下三种模式：
1)实体医疗机构独立申请互联网医院，以“本机构名称+互联网医院”的方式予以命名；
2)实体医疗机构与第三方机构合作申请互联网医院，以“本机构名称+第三方识别名称+互联网医院”的方式予以命名；
3)第三方机构独立设置互联网医院，以“申请设置方识别名称+互联网医院”的方式予以命名。
实践中，互联网医院的设置审批流程如下图所示：
此外，已经取得《医疗机构执业许可证》的实体医疗机构拟建立互联网医院，将互联网医院作为第二名称的，应当向其《医疗机构执业许可证》发证机关提出增加互联网医院作为第二名称的申请，并提交下列材料：
1)医疗机构法定代表人或主要负责人签署同意的申请书，提出申请增加互联网医院作为第二名称的原因和理由；
3)如果与第三方机构合作建立互联网医院，应当提交合作协议；
4)登记机关规定提交的其他材料。
执业登记机关按照规定对互联网医院登记申请材料进行审核。审核合格的，予以登记。审核不合格的，将审核结果以书面形式通知申请人。
据此，我们就通过上述三种方式设置互联网医院的流程总结如下：
拟通过实体医疗机构独立申请互联网医院、实体医疗机构与第三方机构合作申请互联网医院的，且实体医疗机构尚未履行设置审批程序的，应当按照上述流程图办理互联网医疗机构设置审批，卫健部门将在其出具的《设置医疗机构批准书》予以注明，互联网医院作为实体医疗机构的第二名称，后续实体医疗机构相应办理申请《医疗机构执业许可证》；
已经取得《医疗机构执业许可证》的实体医疗机构拟通过前述两种方式申请互联网医院的，按照前述规定向《医疗机构执业许可证》发证机关提出申请，有关机关审核后予以登记，互联网医院作为实体医疗机构的第二名称；
第三方机构拟依托实体医疗机构独立设置互联网医院的，应按照前述流程图中向实体医疗机构登记机关提出设置申请，取得《设置医疗机构批准书》，后续相应办理申请《医疗机构执业许可证》。
二、医疗机构主体资格登记
组织形式类别
事业单位法人（政府、国有企业举办的事业单位法人）
企业法人
民办非企业单位
其他非法人主体
个人独资企业
个体工商户
合伙企业
说明
根据《事业单位登记管理暂行条例》，事业单位是指国家为了社会公益目的，由国家机关举办或者其他组织利用国有资产举办的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。事业单位应当具备法人条件。
l根据《中华人民共和国公司法》，有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
l公司是企业法人，应按照《中华人民共和国企业法人登记管理条例》办理企业法人登记。
根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》，民办非企业单位，是指企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。
根据《中华人民共和国个人独资企业法》，个人独资企业是指依法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。
根据《个体工商户条例》，有经营能力的公民，依照规定经市场监督管理部门登记，从事工商业经营的，为个体工商户。
根据《中华人民共和国合伙企业法》，合伙企业是指自然人、法人和其他组织依法在中国境内设立的普通合伙企业和有限合伙企业。
登记机关
县级以上各级人民政府机构编制管理机关所属的事业单位登记管理机构负责实施事业单位的登记管理工作。
l企业法人登记主管机关是国家市场监督管理总局和地方各级市场监督管理部门。
l其他企业，由所在市、县（区）市场监督管理部门核准登记注册。
l国务院民政部门和县级以上地方各级人民政府民政部门是本级人民政府的民办非企业单位登记管理机关。
l登记管理机关负责同级业务主管单位审查同意的民办非企业单位的登记管理。
l市场监督管理部门是个人独资企业的登记机关。
l国家市场监督管理总局主管全国个人独资企业的登记工作。省、自治区、直辖市市场监督管理部门负责本地区个人独资企业的登记工作。市、县（区）市场监督管理部门负责本辖区内的个人独资企业登记。
l市场监督管理部门是个体工商户的登记管理机关。
l国家市场监督管理总局主管全国的个体工商户登记管理工作。省、自治区、直辖市市场监督管理部门和设区的市（地区）市场监督管理部门负责本辖区的个体工商户登记管理工作。县、自治县、不设区的市、市辖区市场监督管理部门为个体工商户的登记机关，负责本辖区内的个体工商户登记。
l登记机关可以委托其派出机构办理个体工商户登记。
l市场监督管理部门是合伙企业登记机关。
l国务院市场监督管理部门负责全国的合伙企业登记管理工作。市、县市场监督管理部门负责本辖区内的合伙企业登记。
条件
申请事业单位法人登记，应当具备下列条件：
（一）经审批机关批准设立；（二）有自己的名称、组织机构和场所；
（三）有与其业务活动相适应的从业人员；
（五）能够独立承担民事责任。
申请企业法人登记的单位应当具备下列条件：
（一）名称、组织机构和章程；
（二）固定的经营场所和必要的设施；
（三）符合国家规定并与其生产经营和服务规模相适应的资金数额和从业人员；
（四）能够独立承担民事责任；
（五）符合国家法律、法规和政策规定的经营范围。
申请登记民办非企业单位，应当具备下列条件：
（一）经业务主管单位审查同意；
（二）有规范的名称、必要的组织机构；
（四）有与其业务活动相适应的合法财产；
（五）有必要的场所。
设立个人独资企业应当具备下列条件：
（一）投资人为一个自然人；
（二）有合法的企业名称；
（三）有投资人申报的出资；
（四）有固定的生产经营场所和必要的生产经营条件；
（五）有必要的从业人员。
/
设立合伙企业，应当具备下列条件：
（一）有二个以上合伙人。合伙人为自然人的，应当具有完全民事行为能力（有限合伙企业由二个以上五十个以下合伙人设立，且至少应当有一个普通合伙人）；
（二）有书面合伙协议；
（三）有合伙人认缴或者实际缴付的出资；
（四）有合伙企业的名称和生产经营场所；
（五）法律、行政法规规定的其他条件。
提交材料
申请事业单位法人登记，应当向登记管理机关提交下列文件：
（一）登记申请书；
（二）审批机关的批准文件；
（三）场所使用权证明；
（五）其他有关证明文件。
申请企业法人开业登记，应当提交下列文件、证件：
（一）组建负责人签署的登记申请书；
（二）主管部门或者审批机关的批准文件；
（三）组织章程；
（四）资金信用证明、验资证明或者资金担保；
（五）企业主要负责人的身份证明；
（六）住所和经营场所使用证明；
（七）其他有关文件、证件。
申请民办非企业单位登记，举办者应当向登记管理机关提交下列文件：
（二）业务主管单位的批准文件；
（四）验资报告；
（五）拟任负责人的基本情况、身份证明；
（六）章程草案。
l投资人申请设立登记，应当向登记机关提交下列文件：
（一）投资人签署的个人独资企业设立申请书；
（二）投资人身份证明；
（三）企业住所证明；
（四）国家市场监督管理总局规定提交的其他文件。
l从事法律、行政法规规定须报经有关部门审批的业务的，应当提交有关部门的批准文件。
申请个体工商户注册登记，应当提交下列文件：
（一）申请人签署的个体工商户注册登记申请书；
（二）申请人身份证明；
（三）经营场所证明；
l申请设立合伙企业，应当向企业登记机关提交下列文件：
（一）全体合伙人签署的设立登记申请书；
（二）全体合伙人的身份证明；
（三）全体合伙人指定代表或者共同委托代理人的委托书；
（四）合伙协议；
（五）全体合伙人对各合伙人认缴或者实际缴付出资的确认书；
（六）主要经营场所证明；
（七）国务院市场监督管理部门规定提交的其他文件。
l法律、行政法规或者国务院规定设立合伙企业须经批准的，还应当提交有关批准文件。
审批流程
登记管理机关应当自收到登记申请书之日起30日内依照规定进行审查，作出准予登记或者不予登记的决定。准予登记的，发给《事业单位法人证书》；不予登记的，应当说明理由。
l企业法人办理开业登记，应当在主管部门或者审批机关批准后30日内，向登记主管机关提出申请；没有主管部门、审批机关的企业申请开业登记，由登记主管机关进行审查。
l登记主管机关应当在受理申请后30日内，做出核准登记或者不予核准登记的决定。
申请企业法人开业登记的单位，经登记主管机关核准登记注册，领取《企业法人营业执照》后，企业即告成立。
l登记管理机关应当自收到成立登记申请的全部有效文件之日起60日内作出准予登记或者不予登记的决定。
根据其依法承担民事责任的不同方式，分别颁发《民办非企业单位（法人）登记证书》、《民办非企业单位（合伙）登记证书》、《民办非企业单位（个体）登记证书》。
登记机关应当在收到全部文件之日起15日内，作出核准登记或者不予登记的决定。予以核准的发给营业执照；不予核准的，发给企业登记驳回通知书。
l申请人提交的申请材料齐全、符合法定形式的，登记机关应当当场予以登记，并发给申请人准予登记通知书。
l根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质性内容进行核实的，登记机关应当指派两名以上工作人员进行核查，并填写申请材料核查情况报告书。登记机关应当自受理登记申请之日起15日内作出是否准予登记的决定。
l登记机关作出准予登记决定的，应当发给申请人准予个体工商户登记通知书，并在10日内发给申请人个体工商户营业执照。不予登记的，应当发给申请人个体工商户登记驳回通知书。
l申请人提交的登记申请材料齐全、符合法定形式，企业登记机关能够当场登记的，应予当场登记，发给合伙企业营业执照。
l除前款情形外，企业登记机关应当自受理申请之日起20日内，作出是否登记的决定。予以登记的，发给合伙企业营业执照；不予登记的，应当给予书面答复，并说明理由。
其他
l法律规定具备法人条件、自批准设立之日起即取得法人资格的事业单位，或者法律、其他行政法规规定具备法人条件、经有关主管部门依法审核或者登记，已经取得相应的执业许可证书的事业单位，不再办理事业单位法人登记，由有关主管部门按照分级登记管理的规定向登记管理机关备案。
l县级以上各级人民政府设立的直属事业单位直接向登记管理机关备案。
l对备案的事业单位，登记管理机关应当自收到备案文件之日起30日内发给《事业单位法人证书》。
此外，医疗机构通过主体资格登记获取法律“身份”的同时，还可能涉及到办理税务登记、社会保险登记、住房公积金缴存登记、公章刻制备案等事宜。
上述举措有助于减少医疗机构开设过程中的证照数量，简化办事程序，降低办事成本。但是，目前各地在推进过程中也存在证照整合标准不统一、部门信息共享不顺畅，营业执照互通互认有障碍等问题，故建议提前与拟开设医疗机构所在地注册登记机关就有关事项进行核实确认，以其意见为准。
三、医疗机构应取得的其他资质许可
需要注意的是，根据有关规定，目前互联网医院的诊疗服务仅限于常见病、慢性病患者复诊、家庭医生签约服务以及卫健部门批准的服务项目，此外，互联网医院的诊疗科目不得超出所依托的实体医疗机构诊疗科目范围。
四、小结
此外，本文梳理了医疗机构开设的常规流程及所需“证”“照”，鉴于近几年社会办医、外商投资等领域有关政策规定频出，实践中各地开设医疗机构的准入标准可能差异，卫健、商务、市场监督管理等各个部门亦可能存在口径不完全一致的情况，故建议提前在拟开设医疗机构所在地有关主管部门网站进行查询，并向有关部门人员咨询沟通，确认办理流程及申请条件、材料等，进而合规、准确、高效地开设医疗机构，避免因各地政策差异或各主管部门之间衔接不畅等因素延误设立进程。
注释：
设立中外合资、合作医疗机构应当符合以下条件：（一）必须是独立的法人；（二）投资总额不得低于2000万元人民币；（三）合资、合作中方在中外合资、合作医疗机构中所占的股权比例或权益不得低于30％；（四）合资、合作期限不超过20年；（五）省级以上卫健部门规定的其它条件。
其中，香港、澳门服务提供者在内地设立的合资、合作医疗机构，其投资总额不得低于1000万元人民币；香港、澳门服务提供者在广东省可以独资形式设立门诊部，门诊部投资总额不作限制；对香港、澳门服务提供者在广东省与内地合资、合作设立的门诊部投资总额不作限制，双方投资比例不作限制；香港、澳门服务提供者申请在广东省以独资或合资、合作形式设立门诊部的，由广东省卫健部门负责设置审批和执业登记。申请人在获得广东省卫健部门设置许可后，向广东省商务主管部门提出申请，由广东省商务主管部门审批。
设立的港澳台独资医院应当符合以下条件：（一）必须是独立的法人；（二）三级医院投资总额不低于5000万人民币，二级医院投资总额不低于2000万元人民币；（三）符合二级以上医院基本标准；（四）在老、少、边、穷地区设置的港澳台独资医院，投资总额要求可以适当降低。