复合多维的理论认知使理论体系构建出现碎片化
可持续发展经济学的理论认知，有经济形态和经济学说两个方向。
经济形态论认为，可持续发展经济学就是可持续发展的经济，有如宇宙飞船经济、生态经济、国民经济等，是一种经济状态和特征的描述，属于规范经济学的范畴，主要解决“是什么”“应该怎样”的问题。在可持续发展经济形态中，有经济、社会和环境三大支柱或要素，寻求的是经济效率、社会公平和环境可持续。经济效率，在宏观经济层面表现为经济增长的高速度，在微观经济层面则是利润或收益最大化。社会公平，不仅指当代各社会群体、同一社会群体内部不同个体之间的公平，而且包括代际公平。环境可持续，则被界定为满足未来人类发展的需要。显然，这是可持续发展的政治经济学解读。
经济学说方向或者说实证经济学范畴的可持续发展经济学构建，基于可持续经济学和发展经济学，着眼于描述、解释、预测可持续发展经济行为。其经济学基础是20世纪20年代至80年代逐步建立并完善的外部成本内部化的环境经济学、将不可再生的自然资源作为资产的可枯竭资源经济学和考察生态平衡与保护的生态经济学。环境和自然资源的市场价值实现，可再生资源的更新速率，不可再生资源对发展的刚性约束，则或纳入发展经济学的基本内容，或作为可持续发展经济学的分析架构。
可见，可持续发展经济学的理论构建，有规范经济学和实证经济学两种体系，而每一种体系内部又具有复合多维的特征。这就使其理论构建不可避免地出现机械拼接或碎片化问题，严重制约甚至阻碍了可持续发展经济学的理论集成和方法创新。
测度多元的方法论困境阻碍理论完善，削弱实践意义
从规范经济学的视角，可持续发展经济学研究的是如何实现经济效率、社会公平和环境可持续三大目标。对于单一目标，测度可比，方法明确。但三大目标之间则测度不可比，缺乏综合集成的方法，只能通过构建指标体系，实现多目标管理。2000年发布的具有广泛政治共识的联合国“千年发展目标”，涵盖减贫、普及小学教育和环境等八大领域，大都有明确的目标值。联合国通过长期谈判形成的“2015年后发展议程”，用“可持续发展目标”替代“千年发展目标”，将目标领域拓展到17个，甚至涉及一些综合性的城市发展和应对气候变化内容。但显然，这些领域之间相互独立，不可比，甚至可能相互冲突或矛盾。而在需要权衡取舍时，又缺乏协同这些目标的方法手段。学界试图将目标作无量纲化处理，使目标值具有可比性，但不同目标在权重选择上依然缺乏科学的方法基础。
相比较而言，可持续发展经济学的实证研究方法将可持续发展的一些基本要素如环境资源要素，进行货币化市场价值核算，克服了测度多元的困难。例如，消费者对环境质量需求的显性偏好，环境污染造成的损失或生态修复的市场投入，均可用货币表现。正是基于这样的统一测度，世界银行从20世纪80年代起开展环境改进的国民经济核算研究。我国2004年也启动了具有官方色彩的绿色国民经济核算，并测算出了数值。但所有这些尝试都未能获得学界和社会公认，原因在于：第一，缺乏伦理价值基础。一个人的健康乃至生命，一个物种的消失，在市场上值多少钱？第二，供求规律失灵导致缺乏定价基础。比如，一个物种消失后便没有了市场供给，此时供求规律便失灵了。第三，缺乏科学信息。比如，土壤重金属污染等环境问题的危害性有多大？目前研究获得的信息尚不足以支撑市场选择。
经过近30年的发展，不论是作为规范经济学还是作为实证经济学的可持续发展经济学，均遭遇了方法论困扰，不仅阻碍了理论的完善和创新，而且使其实践意义大打折扣。
增长导向的决策实践使环境可持续和代际公平目标趋于弱化
可持续发展的定位和落脚点均在发展，而发展主要以经济增长来测度。这就使得可持续发展经济学理论的实际应用表现为增长导向，导致理论构建中环境可持续和代际公平目标趋于弱化，现实中环境可持续性挑战愈发严峻。
经济、社会和环境作为可持续发展经济体系的三大支柱，在实践中并不是各自独立的，而是相互依赖的。经济增长不仅是可持续发展的一个目标，而且支撑社会进步和环境保护，没有经济增长就没有就业，就不能摆脱贫困，也没有能力保护环境，因而就有贫困是环境污染和生态破坏的根源之说。环境库兹涅茨曲线通过分析经验数据得出结论：环境质量在人均收入水平很低时很好，而后随着收入水平的提高不断恶化；达到一定收入水平，环境质量则随收入水平的进一步提高而不断改善。
但是，这样的简单研究结论忽略了保护环境的主观努力，容易导致人们以为只要经济发展了，环境问题就会自然而然得到解决，从而偏向于以经济增长或收入水平测度发展。比如，联合国“千年发展目标”将减贫列为第一位，认为将社会弱势群体的发展和保障作为目标，就是对资源环境的保护。联合国“2015年后发展议程”秉承这一思路，制定的可持续发展目标体系也以发展和保障发展为导向。2000年的“千年发展目标”提出每天1美元、2015年的“可持续发展目标”提出每天1.25美元作为绝对贫困线标准。而对于环境保护，在联合国的目标体系中则缺乏明确标准。联合国气候变化大会在哥本哈根达成的防止全球平均气温再上升2℃的目标，只是一个政治目标或口号，并没有以减排责任的方式落实到联合国的可持续发展目标体系中。同样，世界卫生组织提出的环境标准也没有得到体现。
这样一种增长导向的政策选择和决策实践，确实有利于消除贫困和改善民生，也具有广泛的现实政治基础和紧迫性。但在政策执行中，人们为实现经济目标往往忽略环境成本和生态损失。这样的观念和做法，使得可持续发展经济学理论构建中的环境可持续和代际公平目标逐渐弱化。因为尚未出生的未来人类群体不能参与当前的政治选择，而环境可持续也并不具有刚性约束。
根本出路在于从工业文明向生态文明的发展范式转型
从根本上讲，不论是规范意义上还是实证意义上的可持续发展经济学，均源于古典经济学效用价值论，从属于工业文明的发展范式：功利主义的伦理价值观，效用或收益（利润）最大化的目标函数，满足需求的消费观念，供求均衡的市场价值规律，自然资源的货币化、资产化管理等。这尽管有一定合理性，但存在理论与方法上的根本缺陷：未来收益的不确定性和不同选择下的巨大自然资源价值（资产）差异增加了政策选择的难度和风险；将自然资源作为满足人类需求的消费物品，保护生态和环境是为了作为消费物品的生态与环境的永续供给；不涉及当代人需求满足或效用价值低廉的生态和环境“物品”，不论子孙后代是否需要，都被视为没有价值而不必保护，危害环境可持续。
工业文明范式下的可持续发展经济学，虽经过几十年的理论、方法与实践探索，依旧方向不明、效果不佳，困境重重。事实上，可持续发展需要尊重自然、顺应自然，需要人与自然的和谐。只有社会公平是不够的，还要有社会公正，保障社会成员的尊严与权益；忽略生态公正是不行的，生态价值独立于效用价值，保护生态和环境不仅是为了满足人类的消费需求，而且是为了维护自然生态系统的完整性。生态价值并非人类劳动的产物，如果产生市场需求，就可以用货币度量；但简单将自然生态系统货币化或资产化，则有违生态公正和尊重自然的价值观。生态系统的唯一性是无价的，我们不应该、也不可能将生态系统货币化或资产化。这也就注定了不论是规范的还是实证的可持续发展经济学，在工业文明范式下均没有出路。
工业文明范式下的可持续发展经济学不可能从根本上实现可持续发展，只有通过发展范式转型，提升为生态文明经济学，才能实现人与自然和谐的目标。
中国的生态文明建设有别于常规的工业文明发展范式。它尊重和顺应自然，而不是功利主义地改造和破坏自然；寻求社会和生态公正、保障生态安全，而不是简单的需求导向的社会公平；追求人与自然的和谐，而不是环境的货币或资产收益最大化。只有在生态文明的发展范式下，可持续发展经济学才能明确发展方向，实现理论认知、研究方法和决策实践的全面提升。