UDI？UMI？来不及解释了快上车[新品推荐]
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相信有些小伙伴已经隐隐约约有听说过UDI和UMI这两个英文缩写，但是一直没搞清楚它们全名是啥？它们能干啥？下面，就让我们一起来“揭秘”UDI和UMI！
欢迎各位小伙伴“上车”，请大家系好安全带，我们准备出发！
相信有些小伙伴已经隐隐约约有听说过UDI和UMI这两个英文缩写，但是一直没搞清楚它们全名是啥？它们能干啥？
下面，就让我们一起来“揭秘”UDI和UMI！
UDI，即UniqueDualIndex，译为双端唯一标签技术UMI，即UniqueMolecularIdentifier，译为分子条形码或者分子标签技术
别急，要弄清这两个概念，还得从二代测序的那些事情说起：
要实现对多个样本同时测序，必须在各样本PCR扩增阶段，往DNA片段上添加一段分子序列作为样本标签，这种标签叫做index。
这样，每个样本就带上属于它的“专属号码牌”，在多样本混合测序后，生信工程师能通过“翻牌”，确定这个“号码”所代表的就是“寻寻觅觅”的那个“它”。
Index一般由8位碱基所组成，常有单端与双端两种添加模式，为了增加同时上样的通量，大家一般在面临大量样本同时测序时，会选择双端index↓
目前常用的双端index策略是通过少数几种index序列排列组合，去实现更多样本的标签区分（如96种），但这种方式一直存在交叉污染的可能。
同时，为了进一步提升通量与扩增效率，降低测序成本，Illumina为Novaseq等高通量型测序仪引入了图案化流动槽（PatternedFlowCellTechnology，PFCT）和排他性扩增（ExclusionAmplification，ExAmp）成簇技术。这两个看似美好的技术却无意间放大了一种叫做标签跳跃（indexhopping）的样本标签错配的现象，导致科研人员无法正确拆析样本与数据的关系，最终可能与重大发现“失之交臂”。
为了降低标签跳跃，Illumina在白皮书[1]中提到可以使用UDI双端特殊标签对样本进行标记，混样后进行测序。
UDI的引入使得文库两端的index序列是唯一，且一对一组合的，不存在共用。换句话说，只有两端带有完全正确index序列的reads才能进入后续的样本分析，从而可以剔除标签错配的reads，有效避免样本之间的数据串扰。
一句话总结：采用UDI策略，能更正确拆解测序数据与样本之间的一一对应关系，减小样本“戴错号码牌”的概率
下面再来讲讲名为分子标签技术的UMI：
一些需要较高正确度的应用，如肿瘤稀有突变分析，常会对5%、甚至1%左右的稀有变异作检测。这时一旦出现测序错误、或者PCR偏差，便会产生大量假阳性结果，因此需要添加UMI进行校正。
一句话总结：做稀有突变检测、校正测序错误与PCR偏差，UMI“劳苦功高”
看到这里，领导交待我给大家科普UDI和UMI的任务已基本完成。
但领导说我要把下面的内容介绍完，才能恰饭↓
最近我们收到一位宝粉的来信，咨询我们Takara有没有什么好的文库构建方案。
从email中我们了解到这位宝粉的团队①最近正在研发肿瘤稀有突变分析的项目；②样本类型主要是FFPE(石蜡包埋样本)、cfDNA（游离DNA）；③起始量大概在几十ng；④准备自己建库，然后送样测序，平台是Novaseq；⑤由于是刚接触建库实验，不希望操作太复杂
我思考了大概1秒钟，就从我们丰富的DNA-Seq文库构建产品线中找到了一款合适的产品
ThruPLEXTag-SeqHV
为什么说这款产品合适呢？我们来对标这位宝粉的几个需求。
需求1：希望操作简便，不要太繁琐
对标1：ThruPLEXTag-SeqHV这款试剂盒支持单管、三步操作，手动15min，全程2h，无需在建库过程中转管或纯化。
所以，无论新手还是老手，都能很快上手！
需求2：样本类型为FFPEDNA、cfDNA，起始量大概在几十ng
对标2：ThruPLEXTag-SeqHV支持5-200ngFFPEDNA、cfDNA起始，inputvolume为30μl，无需样品浓缩。
需求3：Novaseq测序分析稀有变异
对标3：ThruPLEXTag-SeqHV搭配UDI建库，可以有效降低indexhopping效应，是高通量型Illumina测序仪的“友好伙伴”。
ThruPLEXTag-SeqHV茎环形接头上还包含7位碱基的固定型UMI，双端总共可有144种UMI连接到DNA分子两端，以识别一致序列，减少扩增或者测序错误带来的假阳性突变。
同时，为了比较UMI与常规使用的坐标法之间的效果差异，Takara科学家先使用未去重或者仅用坐标法去重的文件分析，在预期的EGFRL858R突变附近观察到大量的低频及随机等位基因频率突变。而随后用UMI校正、过滤数据后，清除了假阳性突变，得到了预期的突变分析结果！
经过几场对标，我们明确了ThruPLEXTag-SeqHV能满足那位宝粉开发cfDNA/FFPEDNA稀有突变项目的需求。
当然，若小伙伴们也有同等需求，ThruPLEXTag-SeqHV定能不负所望！
如果您近期正好计划开展稀有突变的DNA-Seq分析，正好又对我们ThruPLEXTag-SeqHV感兴趣：
即日起至2020年7月31日，凡是向我们咨询产品的小伙伴，都可以获得我们赠送的精美酒精喷壶一个↓
后疫情时代，喷喷手，喷喷桌面，遏制疫情反弹，都是非常实用的。
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参考文献：[1]Illumina.EffectsofindexmisassignmentonmultiplexinganddownstreamAnalysis(whitepaper).4(2017).