国内首家:新型RNA原位测序技术发布!德运康瑞领跑单细胞与空间组学领域,临床潜力引关注

德运康瑞CEO李嘉成主持了本次发布会,并在开场致辞中表示德运康瑞作为国内少有的专注于全链条单细胞与空间多组学技术的公司,通过底层技术的不断创新,致力于打造具有国际竞争力的单细胞和空间多组学产品管线。本次在国内首次推出具有自主知识产权的新型RNA原位测序技术,为国内用户提供了一种亚细胞分辨率、高灵敏度、高特异性的空间组学技术手段。

原位测序技术最早在2013年由柯荣秦教授以第一作者身份发表在NatureMethods期刊,历时多年的技术发展和突破创新,在国内成功商业转化。本次发布由原位测序技术的发明人、德运康瑞副总经理柯荣秦教授为大家详细讲解了该技术的发展历程、原理特点和应用案例。

原位测序技术依赖于锁式探针和滚环扩增技术,它是以缺口靶向或条形码靶向为测序策略,同时引入边连接、边测序的化学原理,以滚环扩增产物为测序媒介进而在组织或细胞原位对RNA实现短片段测序的技术。通过4轮连续测序成像一次性最多可以检测出256种靶标mRNA分子。

柯荣秦教授表示,回国后对原位测序技术多项环节进行了完全的创新和突破,无需cDNA反转录操作,探针直接特异性靶向结合mRNA大大提高基因检出效率,对于低丰度表达基因的检测能力得到大幅提升和明显改善。此外对于探针的设计和测序成像过程都进行了重新设计,每个基因设计3~5对特异性结合探针,进一步提高了技术检出特异性和灵敏度,进一步拓宽该技术的应用范围和适用样本类型,鉴于目前技术的创新突破,我们称之为“新型RNA原位测序”技术。

新型RNA原位测序技术直接在组织和细胞原位上“点亮”基因表达信号,可以在单细胞甚至亚细胞水平分辨率分析基因表达分布规律,这也是目前已经商业化的空间转录组技术难以攻克的关卡。很多组织特定结构非常细微,在空间位置分布异常复杂或者狭长,甚至只有单层细胞或者几个细胞构成,尤为需要原位测序技术在空间位置上的超高清解析能力。第二个优势是原位测序技术可以100%全覆盖在10mm*10mm组织面积上解码出高达256种基因表达信息,相比现有国外的空间转录组技术,这样的“全景视野”不会遗漏任何组织特征结构或者重要组织病理区域,这从临床诊断应用角度来讲至关重要。

本次发布更是惊喜频频,基于新型原位测序的探针设计和实验原理,推出单分子RNA荧光原位杂交技术(asmFISH),一次性可以同时验证1~4个靶标分子的表达位置,同样具备高特异性和高灵敏等优点,是单细胞测序和空间组学后续验证的绝佳选择。该技术实验操作简单容易上手,公司也成功开发了SEERNAISHRNA荧光原位检测商业化试剂盒,针对不同研究需求进行探针定制,为广大科研工作者提供了高性价比的验证工具,也为个性化临床分子病理应用转化提供了可能。

SEERNAISHRNA荧光原位检测试剂盒

德运康瑞旗下先能生物技术总监王春明博士在本场发布会展示了小鼠嗅球16个基因的原位测序Demo数据结果,并与来自Allen脑图谱数据库中ISH结果进行比对,呈现出较好的一致性。此外,王博士详细讲述了首先面向国内提供一站式空间转录组技术服务流程细节。

最后各位主讲嘉宾现场精彩解答了在线听众诸多交流的问题。如您对新型RNA原位测序和单分子RNA荧光原位杂交技术有更多咨询,请扫描下方二维码进群交流,或者发送邮件到support@dynamic-biosystems.com;我们在线及时为您提供解答回复。

关于德运康瑞

苏州德运康瑞生物科技有限公司是一家单细胞与空间多组学技术平台型企业,围绕单细胞富集与检测、单细胞测序、空间多组学技术,满足不同应用场景下的分析需求,公司聚焦挖掘在肿瘤精准医学、优生优育、以及药物发现领域的巨大潜力,致力于推动精准医疗向单细胞与空间组学时代迈进,助力生命科学和临床医学,为人类健康事业贡献中国智慧。

关于先能生物

厦门先能生物科技有限公司目前国内少数专注于单分子RNA原位检测分析领域的新兴技术平台型企业,公司坚持前沿技术驱动,力图将所取得的重大技术成果和突破应用于基础生物学、转化医学及临床诊断领域中,建立起集产品开发和检测服务于一体的综合性科学平台。诚信专注、开拓革新,用心为客户提供高质可靠的产品服务。

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1.UMI转录组测序产品介绍UMI 文库 PE150测序 信息分析 3. 项目文章以及物种经验丰富 诺禾致源已经成功对水稻、玉米、油菜、梭梭、蜜蜂、黄姑鱼、疟原虫、人、大鼠等上百个有 / 无参考基因组的物种进行了 UMI 转录组测序分析。 信息分析 UMI测序技术是在建库的时候用包含UMI标签的接头替代普通建库的接头,在测序后可以通过对UMI标签的识别https://www.novogene.cn/novo/umi-zlz_cpjs_166.html
2.唯一分子标记(UMIs)确保测序的准确性使用NGS测序,以无与伦比的简便性和难以想象的速度 了解MiSeq i100 系列 试剂盒和试剂 文库制备试剂盒 测序试剂 芯片试剂盒 临床研究产品 所有试剂盒和试剂 NextSeq 1000和NextSeq 2000试剂盒 NextSeq 1000和NextSeq 2000系统上的XLEAP-SBS化学技术,可以提供比以往更快,更高质量的测序 了解更多 选择https://www.illumina.com.cn/techniques/sequencing/ngs-library-prep/multiplexing/unique-molecular-identifiers.html
3.探秘RNA测序的高效工具——umis最后,通过tagcount命令,umis基于伪对齐结果,仅统计唯一UMIs,特别是在有足够证据支持的基因-UMI配对上,实现了高度可靠的表达量估算。 3.项目及技术应用场景 umis特别适合单细胞RNA测序数据分析,能够显著提升基于分子标签的表达量估算准确性。无论是探索特定细胞类型的功能、疾病模型中的基因表达差异还是进行复杂的细胞群体https://blog.csdn.net/gitblog_00903/article/details/141668251
4.DuplexUMIctDNA测序技术分子条形码技术(UMI) 分子条形码又称分子标签(Unique Molecular indentifier,UMI),它的原理就是给每一条原始DNA片段加上一段特有的标签序列,经文库构建及PCR扩增后一起进行测序。这样,根据不同的标签序列我们就可以区分不同来源的DNA模板,分辨哪些是PCR扩增及测序过程中的随机错误造成的假阳性突变,哪些是患者真正的携带https://www.jianshu.com/p/a75e880c3421
5.UMI技术–SEQ.CNUMI技术 的标签存档 转录组测序完成后,您是否遇到过关注的基因定量不到,qPCR验证的关键基因与测序结果不吻合,duplication比例偏高等一系列的问题?UMI技术帮您克服转录组测序遇到的这些“敌人”。https://www.seqchina.cn/tag/umi%E6%8A%80%E6%9C%AF
6.单细胞转录本测序成本高?!SmartSmart-seq3方法获得的库严重偏向于包含UMI的5 '读本,而牺牲了内部(internal)读本,而内部读本对于获得完整的转录组覆盖率至关重要。该研究团队测试了6种不同的商用聚合酶,对后续标记反应的兼容性。测试结果如下: 图6 使用不同的聚合酶进行cDNA扩增,最终测序读取到的5‘ UMI的百分比 https://www.mine-bio.com/newsclass_2/Smart-seq3xpress.shtml
7.单细胞测序技术原理腾讯云开发者社区单细胞测序技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。 2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现,彻底降低了单细胞测序的成本门槛。 自此,单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究。单细胞在许多领域都占有一席之地,对于癌症早期的诊断https://cloud.tencent.com/developer/article/1739077
8.科学网—如何从血液中找到癌症的蛛丝马迹?9、什么是分子条形码测序技术(UMI-NGS)? 分子条形码又称分子标签(Unique Molecular indentifier,UMI),它的原理就是给每一条原始DNA片段加上一段特有的标签序列,经文库构建及PCR扩增后一起进行测序。这样,根据不同的标签序列我们就可以区分不同来源的DNA模板,分辨哪些是PCR扩增及测序过程中的随机错误造成的假阳性突变https://blog.sciencenet.cn/blog-3419762-1293801.html
9.单细胞测序技术(singlecellsequencing)单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。2013年,单细胞测序技术被《Science》将其列为年度最值得关注的六大领域榜首;2015年再次登上Sciencehttp://www.zhongkeshengxin.com/doc_20056760.html
10.北京大学汤富酬等团队发布单细胞测序技术最新研究成果导读:基于第三代测序(TGS)平台的单细胞RNA-seq技术的进步加速了生物学研究。自2016年以来,已经开发了几种基于TGS平台的单细胞RNA-seq方法。由于受到低准确度和灵敏度的限制,它们要么结合基于NGS平台的方法降低错误率,要么通过牺牲通量来提高检测率。 2023年1月11日,北京大学汤富酬等团队合作在《Cell Discovery》在线https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_21564669
11.CleanPlex?UMI技术——用于检测低频等位基因的基于扩增子的CleanPlex?UMI 技术是一种多重 PCR 或基于扩增子的 NGS 靶向测序技术,用于精确的肿瘤 DNA 分析。它具有高度先进的专有引物设计算法和创新的分子条形码化学。它们共同使得 CleanPlex UMI 即用型和定制 NGS 面板能够自信地检测游离 DNA (cfDNA) 中的低频变异(循环肿瘤 DNA - ctDNA)。 https://www.chem17.com/tech_news/detail/3628967.html
12.循环肿瘤DNA的精准检测新技术ELSA今年6月份,中国医学科学院北京协和医学院的李单青教授等人在《Nature biomedical engineering》(IF= 18.952)发表了文章。他们提出了一种通过机器学习辅助的深度甲基化测序技术——增强型线性分裂扩增测序(ELSA-seq),实现了对于循环肿瘤DNA (ctDNA) 的超灵敏检测(如图1)。 https://www.gaptech.cn/docs/a31fdbd8-bfcd-4402-af49-3814efff4e73/
13.RNA甲基化免疫共沉淀技术(MeRIP)–聚生物技术详情 1、数字标签(UMI)建库 数字标签(UMI)建库是通过数字标签追溯每一个文库片段,准确还原样本原始状态,实现绝对化、数字化的精准定量。UMI建库方法应用于RIP测序,可以降低建库起始量、解决RIP测序中的碱基偏好性问题、提高input和IP检测准确度,将RIP测序准确度提升到新的高度。 http://jushengwu.com/jbk-106/
14.测序那些事儿测序那些事儿-测序技术介绍 毫无以为,基因测序技术的发明以及发展,深刻地改变了人类对生命的认知和对生物技术改造自然的进程。本文意在较为简明地展示基因测序技术相关的背景,由于属于"科普向",因此如果存在任何不严谨之处望读者见谅。 1. 先有鸡还是先有蛋?https://www.plob.org/article/27743.html
15.三种RNA测序技术怎么选?Nature子刊综述讲明白了!多倍通量全长转录组在建库过程中将多条序列随机首尾相连,通过CCS测序,一条CCS read可得到多条转录本,充分利用PacBio平台的长读长并大幅提升Sequel测序全长reads的获得率。而且,多倍通量全长转录组包含了UMI技术,因此在享受高效数据利用的情况下还能进行基因的绝对定量。 https://www.las.ac.cn/front/product/detail?id=611a89d96c5809ff6762aad4512a8d70
16.与日俱进丨集团免疫组库测序技术重磅升级!技术升级一: 广州华银健康科技有限公司推出全新的免疫组库测序技术服务,基于5'RACE原理,并在原始模板扩增前引入UMI(Unique Molecular Indices,分子条形码)进行文库构建:以恒定区单引物逆转录扩增出CDR区 域全长序列的同时,引入UMI序列,可对后续PCR反应或测序过程中引入的错误进行有效纠正,从而提高准确率。 http://www.huayinlab.com/NewsDetail.aspx?c=0203&id=760
17.上海市免疫学研究所陈磊团队开发空间宏转录组测序技术该研究首次开发了空间宏转录组测序及一体化的生物信息分析技术SMT(Spatial Meta-Transcriptomics), 结合空间转录组数据和微生物丰度数据,揭示了空间层面上宿主细胞和微生物的大致分布与相互作用,为微生态研究提供了有力的工具。 近年来,空间转录组技术(Spatial Transcriptomics, ST)异军突起,该技术充分结合了测序和成像的https://www.shsmu.edu.cn/sii/info/1020/3382.htm
18.TargetSeq?杂交捕获测序技术艾吉泰康艾吉泰康是一家专注于靶基因“读”和“写”技术解决方案开发与供应的中国高新技术企业,拥有具备自主核心知识产权的NGS探针杂交、多重PCR、高通量DNA合成三大底层技术平台。TargetSeq?杂交捕获测序技术是具有自主核心知识产权的基于探针杂交捕获原理的目标区域捕获技术。https://www.igenetech.com/targetseq
19.技术介绍单细胞转录组技术综述为了完全了解和辨别复杂细胞群的异质性,必须对大量单个细胞进行测序分析。基于基因组学、转录组学和表观基因组学的测序技术更多地集中于研究单个细胞而非细胞群体。单细胞测序技术可以高精度地发现细胞存在的异质性和罕见细胞,揭示复杂组织中细胞类型的发展和分化,评估单个细胞之间的基因表达差异。https://www.360doc.cn/mip/1120257846.html
20.[已经分开]单细胞RNA测序科研服务上海伯豪生物技术有限公司GEMs 形成后,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量 barcode 序列,随后 mRNA 逆转录产生带有 10X barcode 和 UMI 信息的 cDNA,构建标准测序文库,其中 10X barcode 用于区分细胞,UMI 用于区分 mRNA 分子。 图10X genomics 技术原理 伯豪生物提供:单细胞转录组测序、生信分析整体科研技术服务,伯豪生物单细胞转录组测序科研https://www.shbio.com/index.php/products/3098
21.给你的RNA一个UMI,更精准的转录组测序在这里!企业动态凌恩生物2019新推UMI-RNAseq,亲民的价格,更高品质的结果!你难道不心动吗? 凌恩生物成立于2014年,专注组学技术在科研领域的应用与研究。公司成立以来,技术团队参与的项目成果成功发表在《Nature》《Cell》《PNAS》等国际顶端学术期刊。 秉承“以客户需求为本,为客户创造价值”的服务宗旨;以高品质、高效率的技术服务https://www.biomart.cn/news/16/2903370.htm