最高院的该判决，体现了以下裁判规则：
公司设立时，制定的初始章程应报经工商部门登记后才能生效。
公司存续期间经法定程序修改的章程，自股东达成修改章程的合意后即发生法律效力，工商登记并非章程的生效要件。
2、股东资格的确认
股东身份的确认，应根据当事人的出资情况以及股东身份是否以一定的形式为公众所认知等因素进行综合判断。需要考量的因素主要包括：1）股东是否有出资合意，2）是否有出资行为，3）公司记帐处理，是否计入“实收资本”。笔者认为，核心是“出资合意+出资行为”。
工商登记不是确认股东资格的法定要件。
3、抽逃出资行为无效
最高院认为：万家裕案中，将出资转变为借款归还，本质上是根本改变万家裕对宏瑞公司出资性质的违法行为，会导致万家裕抽回出资并退股的法律后果，这是有违公司法的禁止性规定的，因而上述行为均应无效，万家裕的股东身份自然也不应因此种无效行为而改变。
抽逃出资并不限于抽逃注册资本中已经实缴的出资，在公司增资的情况下，股东抽逃尚未经工商部门登记、但已经成为公司法人财产的出资同样属于抽逃出资的范畴，亦在公司法禁止之列。
4、抽逃出资，不能否定股东资格
最高院认为，抽逃出资行为无效，因此不能据此否定出资人已取得的股东资格。
中华人民共和国最高人民法院
民事判决书
（2014）民提字第00054号
再审申请人（一审原告、二审上诉人）：万家裕。
委托代理人：浦理斌，云南宣和律师事务所律师。
被申请人（一审被告、二审被上诉人）：丽江宏瑞水电开发有限公司。住所地：云南省丽江市永胜县永北镇邮政局邮电大楼三楼。
法定代表人：唐正良，该公司执行董事。
委托代理人：张锡文，云南义合律师事务所律师。
原审第三人：永胜县六德乡双河电站。住所地：云南省丽江市永胜县六德乡双河村委会。
法定代表人：张光华，该电站站长。
原审第三人：北京博尔晟科技发展有限公司。住所地：北京市海淀区安宁庄东路8号3层318室。
法定代表人：唐正良，该公司总经理。
原审第三人：张正云。
委托代理人：潘平素，云南宣和律师事务所律师。
原审第三人：唐振云。
再审申请人万家裕为与被申请人丽江宏瑞水电开发有限公司（以下简称宏瑞公司）、一审第三人永胜县六德乡双河电站（以下简称双河电站）、北京博尔晟科技发展有限公司（以下简称博尔晟公司）、张正云、唐振云股东资格确认纠纷一案，不服云南省高级人民法院（2012）云高民二终字第89号民事判决，向本院申请再审。本院于2003年10月9日作出（2013）民申字第1003号民事裁定提审本案，并依法组成由审判员王富博担任审判长、代理审判员吴景丽、张颖组成的合议庭进行了审理，书记员陆昱担任记录，本案现已审理终结。
因万家裕要求宏瑞公司将其确认为股东未果，2011年6月22日，万家裕向一审法院提起诉讼，请求：确认其系宏瑞公司股东，出资510万元注册资本金，持有公司53%的股权；判令宏瑞公司配合万家裕办理公司股东变更的工商登记手续；由宏瑞公司承担本案诉讼费。
一审法院认为：万家裕将510万元打入宏瑞公司账户后，万家裕、唐振云、张正云于2008年8月10日签署的《宏瑞公司章程》已明确了万家裕属宏瑞公司股东且占公司30%的股权，《宏瑞公司章程》虽只有原股东唐振云、张正云的签字，但唐振云同时还代表了博尔晟公司，故该章程并未违反《中华人民共和国公司法》（以下简称《公司法》）的规定，应视为各方当事人之间的约定，由此可以认定万家裕的510万元属投资款。但2010年11月20日宏瑞公司出具的《借条》已将万家裕支付的510万元认定为借款，该借条约定还款期限为一年半，超过一年半该借款才能转为公司股金，而还款期限应从出具借条之日，即2010年11月20日起算，宏瑞公司于2011年3月3日归还了万家裕全部借款，故万家裕成为宏瑞公司股东的条件不成就。该案案由应定为“股东资格确认纠纷”。万家裕起诉时虽将宏瑞公司各股东列为被告，但根据最高人民法院《关于适用﹤中华人民共和国公司法﹥若干问题的规定（三）》第二十二条之规定，宏瑞公司股东应为本案的第三人。该院经审判委员会讨论决定，作出（2011）丽中民二初字第19号民事判决，驳回了万家裕的诉讼请求。
万家裕不服一审判决，提起上诉，请求撤销一审判决，改判支持其一审全部诉讼请求。二审中，万家裕否认其已收到宏瑞公司归还的510万元借款，称其并不知道到帐的510万元是宏瑞公司转入的资金。对一审判决确认的其他事实，各方当事人均无异议，二审法院予以确认。
二审中，宏瑞公司提交了下列新证据：第一组，《应诉通知书》，欲证明2011年6月22日，万家裕以股东出资纠纷向丽江市中院提起本案诉讼。第二组，公关机关对万家裕的《询问笔录》，欲证明万家裕至2011年3月1日仍然坚持其与宏瑞公司之间是借款法律关系。第三组，公安机关对张正云的《询问笔录》，欲证明宏瑞公司未召开过增资扩股的股东会，万家裕只是帮助宏瑞公司向丽江市古城区信用合作社贷款530万元。第四组，云南省农村信用社《储蓄取款凭证》、《储蓄存款凭证》，欲证明唐振云已归还万家裕510万元借款。万家裕对宏瑞公司二审中提交的新证据的真实性予以认可，但不认可其关联性。二审法院认为，因万家裕认可宏瑞公司提交的新证据的真实性，故对其真实性予确认。该四组新证据证明，万家裕曾以取得宏瑞公司30%的股份为条件，帮助宏瑞公司贷款510万元，宏瑞公司已将510万元归还了万家裕。
二审法院认为，本案二审争议的焦点问题主要是万家裕能否成为宏瑞公司的股东。对此，二审法院认为：
首先，2008年8月10日新修订的《宏瑞公司章程》虽经三分之二以上表决权的股东通过，但二审庭审中，万家裕认可2010年11月20日唐振云代表宏瑞公司向其出具了《借条》，万家裕持有《借条》原件，表明其接受《借条》，并同意将原来用于出资的510万元变更为借款。《借条》出具之前的2009年7月26日、2010年5月18日，宏瑞公司已归还万家裕110万元，该事实进一步证明，万家裕在《借条》出具前已同意宏瑞公司将其投入的510万元当作借款。《借条》虽约定，还款期限为一年半，若到期不能偿还，510万元借款转化为股本金，但直至2011年3月3日，唐振云代表宏瑞公司归还余款400万元时，万家裕仍未提出异议。故此，应当确认，《借条》是当事人的真实意思表示，合法有效，《借条》已将万家裕与宏瑞公司之间的投资关系变更为借款法律关系，万家裕不应成为宏瑞公司的股东。万家裕关于即便《借条》真实存在，因宏瑞公司未在《借条》约定的还款期限还款，510万元借款转化为公司股本金，其仍应成为宏瑞公司的股东的观点没有事实基础，不能成立。至于借款利息，万家裕可以依据实际发生数额另案要求宏瑞公司承担。
其次，宏瑞公司归还万家裕全部借款本金后，2011年6月22日及23日，其作出的《账务自查结论》虽记载，“实收万家裕资本金510万元”，双河电站、博尔晟公司、唐振云及张正云等公司股东均有签字，但万家裕并未在《账务自查结论》上签字，表明万家裕已最后认可其原先用于投资的510万元款项已转化为借款，借款归还后其不再是宏瑞公司股东，不再行使股东权利，参与公司管理。万家裕关于宏瑞公司《账务自查结论》是对其股东身份的最后确认的观点不能成立。
最后，2007年4月26日的宏瑞公司《企业法人营业执照》记载，宏瑞公司的注册资本为1200万元，虽然2008年8月10日修改的《宏瑞公司章程》第六条记载，“2008年8月增加自然人股东万家裕后为1700万元”，但现有证据证明，宏瑞公司增资至1700万元后并未申请变更工商登记。根据《公司法》第二十六条的规定，“有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。”万家裕2008年8月4日将510万元转账至宏瑞公司账户，宏瑞公司并未将其登记为公司注册资本，宏瑞公司或者万家裕将先前转入的510万元当作借款，并非抽逃出资，并未违反法律规定，合法有效。万家裕关于将510万元出资款项当作借款归还系抽逃公司资本金的行为，因其违反法律规定而无效的观点没有法律依据，亦不能成立。
综上，该院经审判委员会讨论决定，作出（2012）云高民二终字第89号民事判决，驳回上诉，维持原判。
宏瑞公司答辩称：宏瑞公司注册资本1200万元，实收资本1200万元，法定代表人唐正良。万家裕将从信用社借出的530万元借款中的510万元汇入宏瑞公司账户，汇款用途明确记载为“借款”。《宏瑞公司章程》是三个自然人万家裕、张正云、唐振云于2008年8月10日订立的，应认定为无效。《宏瑞公司章程》第六十四条规定：“本章程经公司登记机关登记后生效。”但《宏瑞公司章程》并未登记，因而该章程也没有生效。在万家裕的资金进入宏瑞公司、所谓的《宏瑞公司章程》制定近一年后，宏瑞公司曾经变更工商登记，但未增加注册资本，更没有新增股东。万家裕的债转股要求不能实现后，向宏瑞公司追索借款，公司执行董事唐振云分三次归还了万家裕的全部510万元借款，万家裕借给宏瑞公司的510万元资金帐务处理资料表明，公司财务已结清了该笔应付欠款，万家裕申请再审的事实和理由根本不能成立。因此，请求驳回万家裕的再审申请，维护原审判决。
博尔晟公司、唐振云口头答辩称，同意宏瑞公司的意见。张正云口头答辩称，同意万家裕的意见。
本院除对原一、二审查明的事实予以确认外，另查明：万家裕从丽江市古城区信用合作社贷款一年期满后，又展期半年，贷款期限累计一年半。2008年8月10日修订的《宏瑞公司章程》第六十四条规定：“本章程经公司登记机关登记后生效。”第六十六条规定：“本章程于二OO八年八月十日订立生效，原公司章程自动失效。”
本院认为，本案再审争议的焦点问题是：万家裕是否为宏瑞公司的股东。对此，具体分析如下：
一、万家裕是否取得了宏瑞公司的股东身份。
股东身份的确认，应根据当事人的出资情况以及股东身份是否以一定的形式为公众所认知等因素进行综合判断。根据本案查明的事实，本院认为万家裕已经取得了宏瑞公司的股东身份。
首先，万家裕已经向宏瑞公司实缴出资，万家裕打入宏瑞公司账户的510万元为出资款而非借款。2008年6月，代表宏瑞公司处理日常事务的唐振云及宏瑞公司股东张正云与万家裕协商，由万家裕向宏瑞公司出资510万元，占30%的股权。由此证明，万家裕在出资之前，已经与宏瑞公司及其股东就出资事宜达成了合意。2008年7月29日，万家裕向云南省丽江市古城区信用合作社贷款530万元，贷款用途明确约定为“电站投资”。2008年8月4日，万家裕将所贷的510万元打入了宏瑞公司的账户，实缴了出资，履行了先前约定的出资义务，宏瑞公司的会计凭证也将该510万元记载为“实收资本”。直至2011年3月15日，唐振云还认可万家裕投入宏瑞公司的510万元是投资款。2011年6月20日及23日，宏瑞公司作出的《账务自查结论》仍然注明“实收万家裕资本金510万元”。以上事实足以证明，万家裕已经按认缴的出资额向宏瑞公司实缴了出资，万家裕支付的510万元为出资款而非借款。
其次，万家裕的股东身份已经记载于《宏瑞公司章程》，万家裕也以股东身份实际参与了宏瑞公司的经营管理。2008年8月10日，唐振云、张正云和万家裕共同修订并签署了新的《宏瑞公司章程》。虽然在《宏瑞公司章程》上签字的自然人股东只有唐振云、张正云两人，但由于唐振云同时还代表宏瑞公司的另一法人股东博尔晟公司，故宏瑞公司章程的修改经过了代表三分之二以上表决权的股东通过，符合法定的修改程序，宏瑞公司的另一股东双河电站在本案二审中也明确表示认可修订后的《宏瑞公司章程》，故其应为合法有效。《宏瑞公司章程》中载明，万家裕于2008年8月10日认缴出资510万元，占宏瑞公司注册资本的30%。其后，万家裕以宏瑞公司董事长的身份，出席了双河电站的复工典礼，并多次参加宏瑞公司的股东会，讨论公司经营管理事宜，实际行使了股东权利。
万家裕主张，以2010年1月3日所作的《股东会决议》为依据，确认其持有宏瑞公司53%的股权。但该《股东会决议》是为宏瑞公司对外转让股权这一特定事宜而作出，后来因未能找到受让方，股权转让事宜并没有付诸实施。《股东会决议》确定的股东持股比例是以各股东当时到账的出资数而非以股东认缴的出资数为依据计算出来的，主要目的在于分配股权转让款，《股东会决议》本身并没有对《宏瑞公司章程》中确定的各股东出资数及持股比例作出改变，也不涉及宏瑞公司的减资事项，在股东会决议事项并未实施，《宏瑞公司章程》依然合法有效，各股东仍应按其中所认缴的出资数额继续履行出资义务的情况下，应以《宏瑞公司章程》为据确定万家裕持有宏瑞公司的股权比例，即万家裕持有宏瑞公司的股权比例为30％，其主张持有宏瑞公司53%的股权，本院不予支持。
二、万家裕对宏瑞公司的股权是否转变为债权。
2010年11月20日，唐振云代表宏瑞公司给万家裕补写了一张《借条》，其中载明：“借到万家裕人民币510万元，此款已于2008年8月4日打入公司账户，由公司承担信用社利息和本金归还，期限为一年半，若到期未能偿还作为资本债转为公司股金。”《借条》出具之前，唐振云于2009年7月26日、2010年5月18日分两次向万家裕的账户共汇入110万元，《借条》出具之后，唐振云于2011年3月3日再次向万家裕的账户汇入400万，合计510万元。宏瑞公司主张其与万家裕之间的投资关系已经因《借条》的出具而转变为借款关系，并且通过唐振云的还款行为而将借款进行了清偿，万家裕对此予以否认。因此，《借条》及唐振云的汇款，是否使万家裕对宏瑞公司的股权转变成了债权，是本案当事人争议的关键问题。根据既有的法律规定，综合考虑案件事实情况，本院认为万家裕对宏瑞公司的股权并未转变为债权。理由是：
综上，万家裕已经取得了宏瑞公司的股东身份，《借条》的出具并不能将其对宏瑞公司的股权转变为债权，万家裕有权要求宏瑞公司确认其股东身份并办理股东变更登记。原一、二审判决认定事实不清，适用法律错误，本院予以纠正。本院根据《中华人民共和国公司法》（2005年10月27日修订）第三十三条、第三十六条、最高人民法院《关于适用﹤中华人民共和国公司法﹥若干问题的规定（三）》第二十三条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、撤销云南省高级人民法院（2012）云高民二终字第89号、云南省丽江市中级人民法院（2011）丽中民二初字第19号民事判决。
二、确认万家裕为丽江宏瑞水电开发有限公司的股东，出资510万元，持有30％的股权。
三、丽江宏瑞水电开发有限公司应于本判决生效之日起15日内，配合万家裕办理股东变更登记手续。
一、二审案件受理费各47500元，分别由万家裕承担11875元，丽江宏瑞水电开发有限公司承担35625元。