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2.CRISPRhomepageHome page CRISPRs database CRISPRs finder CRISPRs comparison Tools MyCRISPRdb BLAST CRISPRdb CRISPRcompar CRISPRtionary FlankAlign CRISPRs Utilities GPMS Links GPMS Team Tandem Repeats DB MLVA Web Service External Links Tandem Repeats Finder GenomesOnline Cas Genes at TIGR CRISPRhttps://crispr.i2bc.paris-saclay.fr/

3.CRISPR1. 目的基因sgRNA设计 ” 目前设计sgRNA的网站比较多,张锋老师实验组总结了sgRNA设计工具如:https://zlab.bio/guide-design-resources,其中synthego(https://www.synthego.com/products/bioinformatics/crispr-design-tool)是小编比较喜欢用的设计工具。不过该网站只能设计人、果蝇和小鼠基因的sgRNA。以人的基因TP53为例http://www.dentalearner.com/archives/3855

4.刘佳课题组构建针对膜蛋白sgRNA设计的CRISPR网站CRISPR近日,上海科技大学免疫化学研究所、生命科学与技术学院刘佳课题组与免疫化学研究所生物医学大数据平台合作,通过升级sgRNA设计的算法,针对已被质谱鉴定的细胞表面蛋白基因设计sgRNA得到膜蛋白组sgRNA文库(CRISPR-Surfaceome),创建了网上数据库CRISPR-Surfaceome(https://crispr-surfaceome.siais.shanghaitech.edu.cn/home)。https://siais.shanghaitech.edu.cn/2022/0815/c5404a767972/page.htm

5.sgRNAs&基因编辑sgrna设计网站CRISPR/Cas9系统的工作原理是 crRNA(CRISPR-derived RNA)通过碱基配对与tracrRNA(trans-activating RNA)结合形成tracrRNA/crRNA复合物,此复合物引导核酸酶Cas9蛋白在与crRNA 配对的序列靶位点剪切双链DNA。而通过人工设计crRNA和tracrRNA这两种RNA,可以改造形成具有引导作用的sgRNA(single guide RNA),从而引导Cas9对DNA定点切https://blog.csdn.net/geekfocus/article/details/128613082

6.CRISPR/Cas9设计sgRNA***设计成对 sgRNA 序列*** 打开网站http://crispr.mit.edu,将基因名称,邮箱,第二外显子序列输入到对话框,点击 Agree and submit,等待网站设计成对的 sgRNA 序列。一般推荐网站设计,因为网站可以预测脱靶位点数,避免基因脱靶产生。当然也可以手动选择特异的 sgRNA 序列。 imagehttps://www.jianshu.com/p/f4ab2cfe7410

7.CRISPR/Cas9基因敲入试验步骤(二)sgRNA的设计及退火想补充一下sgRNA的设计以G开始,因为 a ‘G’ is required for RNA polymerase III-dependent transcription,文献可详见 (2014)Genetic Screens in Human Cells Using the CRISPR/Cas9 System的补充材料。 2016-06-15· IP上海 回复 lixwei2012 那细胞核里面就不能动员其他RNA聚合酶去转录质粒上的sgRNA吗?这个sgRNAhttps://3g.dxy.cn/bbs/topic/38427515

8.基因编辑资源中心金斯瑞提供CRISPR gRNA文库、sgRNA、ssDNA等定制试剂支持您的基因编辑研究,同时提供专业gRNA设计工具、实验操作手册、在线专家讲座,助力您高效快速的开展实验。https://www.genscript.com.cn/crispr-technical-resources.html

9.CRISPRA Fast and Comprehensive Guide RNA Design Tool for Genome Editing, Repression and Activation (CRISPR-ERA) Here we describe a web tool called CRISPR-ERA for automated genome wide sgRNA design. CRISPR-ERA can provide different sgRNA searching approaches for genome editing, such as Cas9 nuclease. Inhttp://crispr-era.stanford.edu/

10.科学网—基因编辑CRISPRLocal:无参本地设计sgRNACRISPR-Local 相比于其它设计 sgRNA 的工具的优点在于:一、适用于无参考基因组的品系;二、可以筛选同时靶向于多基因的 sgRNA;三、比较节约计算资源;四、可以离线运行,既有命令行界面也有图形界面,也能以多种格式输出数据用于进一步的批量分析或可视化。目前,CRISPR-Local 已应用于 71 个植物基因组,既支持 CRISPR/https://wap.sciencenet.cn/blog-656335-1151550.html

11.利用CRISPR/Cas9技术构建MLH1基因敲除结肠癌细胞Mc38和乳腺癌细胞2.1 lentiCRISPRv2-SgRNA质粒载体的鉴定 构建的MLH1基因敲除lentiCRISPRv2-SgRNA质粒载体进行一代测序获得基因碱基序列,经过比对,构建的质粒载体分别含有设计的靶点序列SgRNA1和SgRNA2,证明本研究成功构建了MLH1基因敲除lentiCRISPRv2-SgRNA1和lentiCRISPRv2-SgRNA2质粒载体(图2)。 https://www.fx361.com/page/2022/0505/11515408.shtml

12.sgRNA设计及载体构建参考protocol.docxsgRNA设计及载体构建参考protocol.docx,sgRNA设计及载体构建参考protocol 基本原理 CRISPR-Cas9 是一种细菌获得性免疫,用于降解入侵的外源 DNA。CRISPR RNA (crRNA) 与转录激活 crRNA (Trans-activating crRNA, tracrRNA) 退火形成的复合物能特异性识别与其互补的 基因组https://max.book118.com/html/2022/0419/6041224120004135.shtm

13.sgRNA设计分子生物综合其他小木虫论坛请问有哪位大神知道CRISPR中gRNA的在线设计网站，最常用的是哪些，谢谢。发自小木虫Android客户端 https://muchong.com/t-14507152-1-authorid-7728753

14.学做CRISPR大家的科研老朋友安捷伦围绕sgRNA 提供一系列贴心服务, 妈耶一下子就实现了实验自由有没有!搞好sgRNA,CRISPR-Cas9再也不迷路,想切哪里切哪里啊 步:sgRNA 设计 安捷伦在线Suredesign 平台,你只需要注册一个自己的账户就可以去定制安捷伦旗下左右的服务,当然也包括我们的sgRNA设计。 https://www.chemicalbook.com/SupplierNews_76111.htm

15.深度学习辅助CRISPR系统设计方法总结腾讯云开发者社区提出一个基于卷积神经网络的模型DeepCas9,优势如下:在实验中能正确识别高活性sgRNAs;在不同生物体中准确预测sgRNAs的靶向效率。 进一步可视化卷积核,并显示了识别的序列签名和已知的核苷酸偏好的匹配。 展示了DeepCas9在针对人类和小鼠基因组设计下一代基因组规模的CRISPRi和CRISPRa文库中的应用。 https://cloud.tencent.com/developer/article/2177923

16.一种高效无选择标记的黑曲霉基因组编辑方法CRISPR/Cas9技术是一种被广泛采用的黑曲霉基因组编辑技术,但由于需要在基因组中整合选择标记或基因编辑效率还有待提高,影响了其在工业菌株改造中的应用。本研究建立了一种基于CRISPR/Cas9技术的高效无选择标记的基因编辑方法。首先,利用5S rRNA启动子启动sgRNA的表达,构建了一个含有AMA1 (autonomously maintained in https://cjb.ijournals.cn/html/cjbcn/2022/12/gc22124744.htm

17.CRISPRCAS蛋白的gRNA序列的设计流程如何设计有效的gRNA序列? gRNA设计流程是怎样的? 美格君就利用CRISPR/Cas9基因编辑人源细胞的P53基因来展示如何设计gRNA序列。 现在网上有一些设计gRNA的软件。这里我们利用张峰实验网站上的软件来设计P53的sgRNA序列。 gRNA设计流程: 1. 先在NCBI网站上查询并下载TP53基因组序列。 https://www.magigen.com/cn/h-nd-674.html