应用CRISPR/Cas9基因编辑系统敲除小窝蛋白1基因的神经细胞构建与功能鉴定

人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞由本实验室保存。JEV病毒株SA14由俞永新教授惠赠。PX459质粒购自美国Addgene公司;Trans1T1感受态购自全式金公司;限制性内切酶BbsⅠ、T4DNA连接酶和T4多聚核苷酸激酶购自美国NEB公司;质粒提取试剂盒购自德国Qiagen公司;Lipofectamine3000转染试剂及羊抗兔AlexaFluor488荧光二抗购自美国Invitrogen公司;二盐酸嘌呤霉素购自美国Selleck公司;鼠抗人GAPDH单克隆抗体购自美国Proteintech公司;兔抗人CAV-1单克隆抗体购自美国Sigma公司;兔抗JEVNS3抗体购自美国GeneTex公司;DAPI购自瑞士Roche公司;DMEM培养基、细胞培养用青链霉素及胎牛血清为美国Gibco公司产品;质粒测序及寡核苷酸链合成由捷瑞生物公司完成。

取等量的正、反向引物,使其退火形成双链。反应体系:各取100nmol正、反向引物sgRNA,1μl10×T4LigationBuffer,0.5μlT4多聚核苷酸激酶加水至10μl。反应程序:37℃30min;95℃5min;每分钟下降5℃,降至25℃。

使用BbsⅠ线性化PX459质粒,切胶回收。反应体系为:1μgPX459载体,1μlBbsⅠ,5μl10×NEBuffer,加水至50μl。反应程序:37℃15min。

线性化PX459载体50ng,寡核苷酸双链产物150ng,1μl10×T4DNA连接酶缓冲液,1μlT4DNA连接酶,加水至10μl。程序:25℃60min。将产物转化Trans1-T1感受态,挑取单克隆进行摇菌,使用Qiagen质粒提取试剂盒提取质粒,进行酶切和测序验证。

使用DMEM培养基(含10%胎牛血清)常规培养SH-SY5Y细胞。转染前12h,将SH-SY5Y细胞接种至24孔板中培养,转染时细胞汇合度达到60%~70%为宜。将构建的PX459-CAV-1重组质粒与PX459载体按照Lipofectamine3000转染说明书转入细胞内,并在5%CO2、37℃培养箱中培养。

将PX459-CAV-1重组质粒转入SH-SY5Y细胞,48h后更换含有2μg/ml嘌呤霉素的DMEM培养基进行筛选。2d后将筛选所得混合克隆取1/3细胞继续培养,余下2/3细胞提取蛋白,免疫印迹检测CAV-1的表达情况,确定效率最佳的重组质粒。利用稀释法对效率最佳的混合克隆进行单克隆筛选,将细胞接种到96孔板中(1个细胞/孔)。待细胞长满,移至24孔板中继续扩大培养,得到CAV-1敲除的SH-SY5Y细胞(SH-SY5Y-CAV-1-KO)。

将野生型SH-SY5Y(SH-SY5Y-WT)和筛选后得到的单克隆稳定株SH-SY5Y-CAV-1-KO分别接种至24孔板中培养。待细胞长满后,用PBS缓冲液洗涤细胞2次,加入100μlRIPA裂解液,置于冰上裂解细胞,抽提细胞总蛋白,利用BCA蛋白测定试剂盒测定总蛋白浓度,经10%变性SDS-PAGE电泳后,用湿转化法将蛋白转移至聚偏二氟乙烯(PVDF)膜上,使用5%脱脂牛奶的TBST溶液封闭2h,CAV-1抗体4℃孵育过夜(稀释倍数1:1000),TBST洗涤3次,用辣根过氧化物酶标记的二抗孵育2h(稀释倍数1:1000),TBST再洗涤,ECL化学发光后获得目的条带。

在96孔板内接种SH-SY5Y-WT和SH-SY5Y-CAV-1-KO,使感染时细胞密度达到70%左右,每孔加入感染复数(multiplicityofinfection,MOI)为1的JEV,37℃感染2h,去除病毒液并加入100μlDMEM培养基,36h后进行免疫荧光检测。

JEV感染36h后,加入甲醇,置于-20℃20min进行固定和透膜。PBS洗涤3次。每孔加入3%BSA封闭1h。将JEVNS3抗体用1%BSA稀释(稀释倍数1:1000),室温孵育2h。加入羊抗兔的AlexaFluor488进行二抗孵育(稀释倍数1:1000),避光孵育1h。最后DAPI(稀释倍数1:10000)进行细胞核染色,通过荧光显微镜随机取视野拍照,计算视野内的细胞个数。结果以感染率=阳性细胞个数/总细胞个数表示。

通过SPSS17.0软件对数据进行分析,数据采用x±s表示,两组间均数比较采用t检验。P<0.05表示差异有统计学意义。

THE END
1.NK510(NK510)自然杀伤细胞疗法、基因编辑 别名 BED-NK、NK 510、NK-510 靶点- 作用机制- 治疗领域 肿瘤消化系统疾病皮肤和肌肉骨骼疾病+ [3] 在研适应症 晚期胃癌非小细胞肺癌转移性骨肉瘤+ [4] 非在研适应症 急性髓性白血病肝癌 原研机构 珠海贝斯昂科科技有限责任公司 https://synapse.zhihuiya.com/drug/90a779bdae7143a7a07e2c59d537495b
2.领先的生命科学研究和临床诊断—Bio由Bio-Rad推出的Vericheck ddPCR 空壳率检测试剂盒!同时测量AAV空衣壳与完整衣壳的比例以及滴度。优化您的基因治疗研究和生产。 了解更多 新产品 ChemiDoc Go成像系统 线条流畅、设计紧凑、易于使用的ChemiDoc? Go成像系统,可实现快速图像采集、高灵敏度的化学发光及荧光蛋白印迹检测。 https://www.bio-rad.com/?country=CN&lang=zh&force=true
3.sgRNAs&基因编辑sgrna设计网站从图1可以看到,CRISPR locus由这些元件构成:一开始是个反式激活的RNA基因,编码特异的非编码RNA(trancrRNA,trans-activating CRISPR RNA,橙色矩形),与重复序列具有同源性,后面是各种cas基因(多种颜色的箭头),接着是CRISPR array(棕色的菱形是重复序列,彩色的是间隔)。而这些间隔序列是细菌从噬菌体DNA中获得的遗传元件https://blog.csdn.net/geekfocus/article/details/128613082
4.E.coli.CRISPRCas9基因编辑试剂盒(单靶点)(21页)E.coli.CRISPRCas9基因编辑试剂盒(单靶点).PDF,Cat. No.: CR3010-S E.coli. CRISPR/Cas9 基因编辑试剂盒 (单靶点) 产品简介: 本试剂盒采用 CRISPR/Cas9 系统对大肠杆菌基因组进行编辑。可以实现对基因的敲除、 敲入、点突变等。也可以同时对基因组的多个位点进行编辑。https://max.book118.com/html/2019/1125/7103131024002104.shtm
5.基因编辑ThermoFisherScientific我们开发了一套完整的基因编辑工具以帮助研究人员探寻和理解基因组如何影响表型,其中包括针对基因编辑工作流程中每个步骤的值得信赖的解决方案。设计用于精确切割、敲入和标记的 CRISPR-Cas9 系统或 TALEN 构建体,将其有效转染到细胞中,并验证基因型和表型结果。我们的已优化并经过验证的产品、方案和工具配合使用,消除了https://www.thermofisher.cn/cn/zh/home/life-science/genome-editing.html
6.利用CRISPR/Cas9基因编辑载体获得再生效率高的草莓新种质的方法及32.在gdr(https://www.rosaceae.org/)中查找森林草莓fvepils5基因的dna以及氨基酸序列(dna:2112bp,序列如seq id no.1所示,fvepils5基因编码的氨基酸序列如seq id no.2所示)。根据森林草莓fvepils5 dna序列,通过在线网站 crispr-p(http://cbi.hzau.edu.cn/crispr/)设计包含目的基因靶点的sgrna序列(如seq idhttps://www.xjishu.com/zhuanli/27/202111297086.html
7.基因突变也会发生癌症;世界首个完全由AI设计的CRISPR基因编辑CRISPR基因编辑技术是21世纪最受关注的生命科学突破之一。去年,首款基于CRISPR的基因编辑疗法获批上市,标志着遗传疾病治疗的新纪元。与此同时,人工智能的进步也为设计更强大的基因编辑器带来了希望。 2024年4月22日,AI蛋白质设计公司 Profluent在预印本平台bioRxiv上发表了题为:Design of highly functional genome edithttps://bydrug.pharmcube.com/news/detail/caaf4f23c9805c777a3c7947e7f137f4
8.世界首个完全由AI设计的CRISPR基因编辑器来了澎湃号·湃客CRISPR基因编辑是公认的21世纪以来最受关注、最具突破性的生命科学突破,自2012年正式诞生后,短短8年后就获得了诺贝尔奖的认可,去年年底,首款基于CRISPR的基因编辑疗法获得FDA批准上市,用于治疗镰状细胞病和β-地中海贫血,从而开启了遗传疾病治疗的新篇章。 https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_27159623
9.湖北地黄CRISPR/Cas9基因编辑体系的建立本研究以湖北地黄为材料, 克隆湖北地黄八氢番 茄红素脱氢酶基因RhPDS1序列, 在其编码区设计 sgRNA靶点序列, 构建CRISPR/Cas9基因编辑载体, 以根癌农杆菌介导法遗传转化湖北地黄, 并分析获得 突变体的效率, 进而建立湖北地黄的基因编辑体系, 旨在为其功能基因研究和分子育种奠定技术基础. 1 材料与方法 1.1 实验https://www.chinbullbotany.com/CN/article/downloadArticleFile.do?attachType=PDF&id=93362
10.Nature综述:国内顶尖课题组都在用,科研成果取得大的突破!近年来“基因编辑行业正处于飞速发展的关键时期,涵盖了技术进展、商业化应用、伦理法规、投资合作等多个方面。在技术方面,CRISPR-Cas9技术的出现标志着基因编辑技术的重大突破,这一先进技术已广泛应用于生物医学、农业和疾病治疗等领域。它的精确和高效为整个行业的快速发展提供了强劲动力。商业化应用也在稳步推进。许多公https://www.biodiscover.com/reaseach/742102.html
11.Cell综述CRISPR基因组编辑技术的过去现在和未来在这篇综述中,作者讨论了CRISPR基因编辑技术在研究和治疗方面的现状,强调了限制它们的局限性和近年来开发的技术创新来解决这些问题。此外,还检查和总结了基因编辑在人类健康和治疗方面的当前应用情况。最后概述了未来可能影响基因编辑技术及其应用的潜在发展。https://www.las.ac.cn/front/product/detail?id=4a3e1a6fcdac1df9db4776b907733461
12.干货基因编辑探秘系列之在细胞与基因治疗领域的应用2023年11月16日,Vertex Pharmaceuticals和CRISPR Therapeutics共同宣布基因编辑疗法产品CASGEVY?(Exagaglogene autotemcel)获英国药品监管机构MHRA有条件批准上市,用于治疗治疗镰状细胞病(SCD)和输血依赖性β-地中海贫血(TDT),是全球首款获批上市的CRISPR基因编辑药物,12月8日,美国食品和药物管理局(FDA)也批准了该基因https://www.eastbio.bioon.com.cn/article/dd32290334d0
13.基因组编辑技术应用于作物遗传改良的进展与挑战因此,实际应用ZFNs打靶时,需要在靶点的两侧各设计一个ZFN。待2个ZFN结合到结合位点后,2个FokI相互作用形成二聚体,从而在靶点处切割DNA,产生DSBs。2002年,ZFNs首次成功应用于果蝇内源基因的定向突变。迄今为止,ZFNs技术已成功应用于人类干细胞、大鼠、果蝇、斑马鱼、拟南芥、烟草和玉米等生物体的基因组编辑。http://www.moa.gov.cn/ztzl/zjyqwgz/kpxc/201804/t20180424_6140887.htm
14.CRISPRKOPool现货基因敲除细胞现货基因编辑粒曼团队已完成该工作:人和鼠源基因的sgRNA设计及实验验证。 4. 截止目前,基因敲除到底能不能像“质粒提取”一样简单和稳健,通过一个试剂盒,只要严格按照protocol来做,就可以很高成功率下完成基因编辑实验,哪怕自己是第一次做编辑实验的。 粒曼团队已实现该设想:全面推出LM CRISPR EasyKO试剂盒(RNP法),以及配套http://www.elem-bio.cn/news_details/28.html
15.CRISPRriboEDIT? CRISPR-Cas9是锐博自主开发的采用天然复合物系统的即用型(Ready-to-Use)基因编辑体系,gRNA采用crRNA和tracrRNA,提供全RNA体系(crRNA+tracrRNA+Cas9 mRNA)和RNP体系(crRNA+tracrRNA+Cas9 Protein),充分借助化学合成技术优势和质谱检测以确保质量稳定,通过化学转染、显微注射或电穿孔/电转进行编辑,是大规模文https://www.ribobio.com/product-and-service/crispr-cas9/
16.一种高效无选择标记的黑曲霉基因组编辑方法CRISPR/Cas9技术是一种被广泛采用的黑曲霉基因组编辑技术,但由于需要在基因组中整合选择标记或基因编辑效率还有待提高,影响了其在工业菌株改造中的应用。本研究建立了一种基于CRISPR/Cas9技术的高效无选择标记的基因编辑方法。首先,利用5S rRNA启动子启动sgRNA的表达,构建了一个含有AMA1 (autonomously maintained in https://cjb.ijournals.cn/html/cjbcn/2022/12/gc22124744.htm
17.应用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建沉默MARCH2的细胞系摘要: CRISPR/Cas9系统是一种先进的基因编辑技术,人工设计先导RNA (single-guide RNA, sgRNA)介导外源表达的Cas9蛋白特异性的结合、切割基因组靶点,切割后的DNA有非同源末端连接(non-homologous end joining, NHEJ)和同源重组(homologous recombination)两种修复方式,以构建基因特异性敲除或敲入细胞。The membrane https://www.hanspub.org/journal/PaperInformation.aspx?paperID=29521
18.CRISPR十年:基因编辑技术初露锋芒除了常规的CRISPR-Cas9诱导基因敲除外,碱基编辑则能够在位点生成特定而精确的点突变,利用基因工程设计的Cas9与酶融合改变了DNA碱基的化学本质。过去十年中,CRISPR技术已经在科学家手中成为适用性很高的工具,广泛用于研究生物功能、解析基因相互作用,以及对抗人类疾病和生产基因工程作物。本综述追溯CRISPR基因编辑技术从诞生到https://worldscience.cn/c/2023-05-28/642570.shtml
19.CRISPRCas技术:靶向基因组编辑- 肿瘤免疫治疗新靶点的筛选 CRISPR-Cas9 作用机制 CRISPR-Cas9 系统只有三个必需的组件(Cas9 以及 crRNA 和 trRNA)。可以在各种真核细胞中进行靶向基因切割和基因编辑,通CRISPR-Cas9调控机理图:通过非同源末端连接 (NHEJ) 或同源定向修复 (HDR) 内源性修复双链 DNA 断裂[1]过人工设计的 sgRNA(guide RNA)来识https://www.acrobiosystems.cn/L147-CRISPR-Cas.html