我国行政复议法实行的是合法性与合理性双重审查原则，而《行政诉讼法》规定法院只能对行政机关作出行政行为的合法性进行审查，故法院对行政机关作出的不合理但合法的具体行政行为，只能作出维持判决，除非该行政处罚行为明显不公正。这导致了某些行政行为事实上复议终局的现状以及法院明知复议决定不合理而只能驳回原告诉讼请求的尴尬局面。
1.行政复议制度功能定位混乱
行政复议制度最初预设的目的是一减轻法院负担，二督促行政机关自我纠错，三减轻当事人负担，但是行政复议制度实施以来，其没有实现内部监督的功能定位。因为行政复议制度将行政纠纷的解决权交给了行政机关自己。且新行政诉讼法对共同被告的确定，让复议机关维持原行政决定成为常态，这直接削弱了行政复议对外的救济和定纷止争的功能效果。
2．复议机构中立性不足
一方面，行政复议机构多为政府或者部门的法制机构担当，而其财政和人事均隶属于本级人民政府，缺乏独立性。另一方面，上下级行政机关的关联性使得复议机关丧失了中立性。在行政机关内部，上下级工作密切联系，上级机关对下级机关作出的决定明知，而相对人对下级行政机关的具体行政行为不服向其上级申请复议，这样一来复议就变成过场戏。
3．复议程序空转
2015年行政诉讼法修改以来，乳山市人民法院共受理涉行政复议案件8件，均是复议维持案件。进入诉讼程序的案件，法院只针对复议程序的合法性进行审查，只要复议机构做出的复议决定未违反法定程序，均是驳回当事人要求撤销复议决定的诉讼请求。
三、山东省行政复议制度的实践和改革成效
（一）试点设立行政复议委员会
为探索山东省行政复议体制改革，按照“政府主导、社会参与、专业保障”的要求，全省省、市、县（市、区）三级都设立了行政复议委员会。2014年9月28日，依据省政府办公厅发文，山东省试点设立了省政府行政复议委员会。省政府行政复议委员会由分管法制工作的有关领导、法制办工作人员和“山东省法律专家库”的成员担任委员，负责审理行政复议案件。行政复议委员会的设立既解决了行政复议“内部人”办案的问题，又解决了行政复议办案人员专业化水平不高的窘境，在实践中的作用得到有效发挥。
（二）集中行使行政复议职权
根据《山东省行政复议条例》的规定，除《行政复议法》规定的海关、金融、国税、外汇管理、国家安全机关以外，将原来分散于政府各部门包括公安、人力资源和社会保障、国土资源、城乡建设等部门和省以下垂直管理部门的行政复议职权，集中由政府统一行使，集中力度大、范围广，集中模式彻底。
四、困境下的突破和重构
(一)构建行政复议的准司法化模式
行政复议制度要获得长足的生命力，必须以公正和效率为基点来实现整个复议制度的重构。行政复议制度的重构就是把行政机关既是决策者又是裁断者的角色定位冲突扭转过来，并把行政机关的行政争议纠纷解决职能从其职能体系中分离出来，就是要化解行政与司法在解决行政争议上的冲突。
1．复议机构-探索建立复议委员会
在机构设置上，建立实行层级监督的行政复议委员会，取消现在行政机关内部错综庞杂的复议机构，该行政复议委员会共分为国家级、省级、市级以及县级四个等级，各行政复议委员会实行垂直领导，各个层级之间相互独立地行使行政复议权，禁止任何其他行政机关干涉其受理的行政复议案件，保障行政裁判权的独立行使。人员设置上，借鉴实践经验，由行政首长、法制工作人员、法律专家等组成，复议工作人员的法律素养普遍提升。
2．复议的体制——探索设立二级复议体制
3．复议的程序-完善复议证据和公开制度
（二）健全人民法院与复议机关的沟通协调机制
建立健全联席会议制度，加强双方信息沟通共享。联席会议制度对于加强行政机关与司法机关的沟通协调具有重要意义。召开联席会议，对于重大行政案件，复议机关和司法机关的提前沟通研判对于减少群体纠纷等具有重大意义。同时复议机构在与法院会议中要积极总结同类案件处理经验，将处理同类问题的方式方法转化为统一的行为规范，用制度的形式固定下来。