抗原性较弱的肿瘤细胞将难以被免疫系统识别
癌症的特点，恶性肿瘤和良性肿瘤
恶性肿瘤生长较快，有无止境性生长之说，易向周围组织扩散，容易发生转移，如不及时发现，诊断和治疗，常危及生命。良性肿瘤则生长缓慢，可以多年不变，肿瘤周围都有完整的包膜，因而呈膨胀性生长而不向周围组织扩散，完全切除后，一般不会复发，更不会发生转移，所以除了生长在身体特别重要的部位(如脑、脊髓等)外，对人体危害较小。
为什么化疗副作用这么大，全世界还是都在用？
Control.Ifacureisnotpossible,thegoalofcancertreatmentmaybetocontrolthedisease.Inthesecases,chemoisusedtoshrinktumorsand/orstopthecancerfromgrowingandspreading.
因为还没有任何其他的方法有如此的普适性可以控制肿瘤的生长。
抛开治疗费用不说，并不是所有的癌症患者都可以使用靶向治疗或者免疫治疗的。
我们都知道，靶向治疗是针对肿瘤特异性的基因靶点进行阻断，比如EGFR基因、ALK融合基因、ROS1重排等基因靶点，从而达到抑制肿瘤细胞生长的作用。所以，靶向治疗只针对驱动基因阳性的患者才有效。
而免疫疗法的适用人群也不是特别多，以肺癌为例，只有20%左右的病人可以用免疫疗法，剩下的70%以上依然要使用化疗，才能更好地拯救肿瘤患者的生命。
即便癌症患者能使用这两种治疗方法，但通常在使用一两年后，便会产生耐药的问题，这会让原有的治疗方案彻底失去作用，此时如果联合化疗药物使用，可能会达到意想不到的效果。
参考：
2024年01月29日
食管和胃的肠化生
大致意思就是食管和胃的结构变成了类似肠道的结构，先像小肠，后像大肠。肠道特有的goblet细胞，以及特有转录因子CDX2.
Intestinalmetaplasiaisthetransformation(metaplasia)ofepithelium(usuallyofthestomachortheesophagus)intoatypeofepitheliumresemblingthatfoundintheintestine.Intheesophagus,thisiscalledBarret'sesophagus.ChronicinflammationcausedbyH.pyloriinfectioninthestomachandGERDintheesophagusareseenastheprimaryinstigatorsofmetaplasiaandsubsequentadenocarcinomaformation.Initially,thetransformedepitheliumresemblesthesmallintestinelining;inthelaterstagesitresemblestheliningofthecolon.Itischaracterizedbytheappearanceofgobletcellsandexpressionofintestinalcellmarkerssuchasthetranscriptionfactor,CDX2.
Squamouscell鳞状细胞（扁平状），属于表皮细胞的一种，搞清楚层级关系。
flatcellsintheupper(outer)partoftheepidermis
Differenttypesofepithelialcellsbasedonshapeinclude:Squamousepithelium:Squamousepithelialcellsareflatandsheet-likeinappearance.Cuboidalepithelium:Cuboidalepithelialcellsarecube-likeinappearance,meaningtheyhaveequalwidth,heightanddepth.
虽然都是表皮细胞，但叫法完全不同，esophagealsquamous,gastricglandularandduodenalcrypt,andvillusepithelia
其实都是表皮细胞。
2024年01月23日
辅助疗法Adjuvanttherapyisanytypeoftherapythatfollowstheprimarytreatment.So,adjuvantchemotherapytakesplaceafteryou'vehadfirst-linetreatment,suchassurgerytoremoveacanceroustumor.辅助化疗是一个专有疗法。
2023年12月28日
肿瘤临床试验终点
无论是生信做生存分析，还是看一个药物一二三期的临床试验结果，都会避不开临床试验终点（EndPoint）。
常见的有OS、PFS、ORR、DFS，较冷门的TTP、TTF，不同的终点服务于不同的研究目的。
为什么要发明这么多EndPoint？因为需要客观衡量药物的效果，而现实中有很多限制因素，为了无偏需要从多个角度来衡量。
通俗解释：EndPoint的最佳首选，既然众口难调，存在很多说不清楚的confounder，那就选个最无偏的，我只看最终病人的整体生存情况。
最大的优点是记录方便，无论是院内还是院外，确定患者死亡的日期基本上没有困难。如果研究结果显示生存有小幅度提高，就可认为是有意义的直接临床获益证据。
缺点也是有的，大型试验随访期较长。临床试验中常常会用到5年生存率，即——某种肿瘤经过各种综合治疗后，生存五年以上的患者比例。
肿瘤患者治疗后，一部分复发转移、一部分死亡，一部分生存。80%复发转移常发生在根治术后3年内，10%左右发生在5年内，5年后再次复发概率很低。因此以5年为节点，这是有一定科学性的。
objectiveresponserate，ORR，客观缓解率：肿瘤体积缩小达到预先规定值并能维持最低时限要求的患者比例，为完全缓解和部分缓解比例之和。【非常主观，设立了很多标准】
通俗解释：事先设定一个缓解的标准，看单臂实验里到底有多少人有缓解，直接衡量药物效果，比OS要快很多出结果，单臂就能看出疗效。
通俗解释：就是OS的简化版，观察死亡耗时太久，那我就把疾病恶化也算进去，但也引入了有偏的判断，是一种妥协。
而正因为增加了「发生恶化」这一节点，而不同肿瘤进展的定义不同，不同研究在判断肿瘤进展时容易产生偏倚。因此，在临床试验设计中，「肿瘤进展」的标准必须要进行明确的定义，还包括PFS的评估、观察、分析方法，随访和影像学评价必须是均衡的，最好有一个由影像学专家和临床专家组成的处于盲态的独立裁定小组进行。
通俗解释：与PFS类似，但不是看进展，因为研究的都是已经被“根治”的病人，所以看的是复发，只用于辅助疗法的衡量。
DFS最常用于根治性手术或放疗后的辅助治疗的研究，目前作为是乳腺癌辅助性激素治疗、结肠癌辅助治疗以及乳腺癌的辅助化疗的主要审批基础。
疾病复发就需要认真的随访，而记录同样比较困难，且肿瘤患者常有合并症容易干扰DFS的判断。当患者死于院外时，没有预先记录肿瘤进展情况，此时又往往不能尸检，无法确定复发情况。
通俗解释：与PFS就差一个死亡的衡量。
2023年12月21日
如何看懂smallintestine和largeintestine的IHC图
【脑中一定要有3D的结构模型，且能迅速分辨二维切片是在哪个截面！！！】
首先明确，SI有villus结构，而colon则没有，其表面平整，只留有分泌所用的腔，且有更多的分泌细胞，保证本就干燥的大肠湿润。
SI很容易根据IHC分辨crypt和villus结构，以及stem-diffaxis；而colon则很难，只能看到crypt，大部分都是gobletcell；
2023年08月25日
按CRC发展过程分为polypsandtumors，翻译分别为息肉和肿瘤。
polyps息肉又可以细分，腺瘤息肉（管状和绒毛状）和锯齿状息肉（增生性和无柄锯齿状）。Polypswerehistologicallycategorizedbytwopathologistsintotwosubtypes:ADsconsistingoftubularADs(TAs)andtubulovillousADs(TVAs),orserratedpolyps(SERs)consistingofhyperplasticpolyps(HPs)andsessileserratedlesions(SSLs)(Figure1B).
如果是来自adenoma的，发展到tumor阶段又可以被叫做腺癌adenocarcinoma。
2023年06月19日
基础的肠道医学常识
结直肠癌是指整个大肠，包括了所有以上，也可以被称为大肠癌。也可以被分为近端和远端，左端和右端。
Thececumisthebeginningofthecolon.Thesmallintestinefeedsintothececumthroughasmallchannelinthesideofit(theileocecalvalve),sotheendofthececumisactuallyclosedlikeapouch.Thispouch,thefirst6inchesofthecolon,isalsothewidestportionofthelargeintestine.
Thecolonincludestheascendingcolon,cecum,transversecolon,descendingcolon,sigmoidcolon,andrectum.
Thelargeintestine,alsocalledthelargebowel,iswherefoodwasteisformedintopoop,stored,andfinallyexcreted.Itincludesthecolon,rectumandanus(analcanal).Sometimes“colon”isalsousedtodescribetheentirelargeintestine.
2023年04月30日
必须要补充的知识，否则你就是个搬砖的。
有个系列视频：NEOPLASIA
问题：
癌症：不受控制的生长，又叫neoplasm，体细胞的遗传病，后天遗传病，相比于先天性遗传病。需要遗传突破不断积累。
肿瘤：身体的肿块，不是由炎症引起，可良性可恶性。
癌症按tissue分四大类：
小科普，全球致死排名：
全球癌症top6
入门课程：
WeinbergRA.TheBiologyofCancer,2ndEditionGarlandScience:May18,2013.
MukherjeeS.TheEmperorofAllMaladies:ABiographyofCancerScribner:Aug9,2011)
HanahanD,WeinbergRA.Hallmarksofcancer:thenextgeneration.Cell2011Mar4;144(5):646-74.PMID:21376230.
CavalloF,etal.2011:theimmunehallmarksofcancer.CancerImmunolImmunother.2011Mar;60(3):319-26.PMID:21267721.
TennatDA,etal.Metabolictransformationincancer.Carcinogenesis.2009Aug;30(8):1269-80.PMID:19321800
PientaKJ,etal.Thecancerdiaspora:Metastasisbeyondtheseedandsoilhypothesis.ClinCancerRes.2013Nov1;19(21):5849-55.PMID:24100626.
全球癌症统计：GlobalCancerStatistics2020:GLOBOCANEstimatesofIncidenceandMortalityWorldwidefor36Cancersin185Countries-最权威
美国癌症统计：Cancerstatistics,2022
中国癌症统计：ChangingprofilesofcancerburdenworldwideandinChina:asecondaryanalysisoftheglobalcancerstatistics2020
新闻：
hallmarks-最新
顶刊封面|CancerDiscovery：癌症的特征！经典必读综述
tumor、cancer和carcinoma的区别？【多读几遍，把逻辑关系理清楚】
Prognosis，基本等同于疾病的预测，是变好还是变坏，预后有很多衡量的指标，比如总生存周期。
常见用法：
prognosticvalue预后价值
DNAcopygain
prognosticbiomarker预后生物标志
candidatetherapeutictarget
primarycancertissues原初癌症组织
para-carcinomatissue癌旁组织
serumAFPlevel
vascularinvasion
poortumordifferentiation
advancedTNMstage
TNMstagingsystem
Asystemtodescribetheamountandspreadofcancerinapatient’sbody,usingTNM.Tdescribesthesizeofthetumorandanyspreadofcancerintonearbytissue;Ndescribesspreadofcancertonearbylymphnodes;andMdescribesmetastasis(spreadofcancertootherpartsofthebody).
TNM分期系统是国际上最为通用的肿瘤分期系统。
TNM分期系统中：1，T（“T”是肿瘤一词英文“Tumor”的首字母）指肿瘤原发灶的情况，随着肿瘤体积的增加和邻近组织受累范围的增加，依次用T1~T4来表示。2，N（“N”是淋巴结一词英文“Node”的首字母）指区域淋巴结（regionallymphnode）受累情况。淋巴结未受累时，用N0表示。随着淋巴结受累程度和范围的增加，依次用N1~N3表示,3，M（“M”是转移一词英文“metastasis”的首字母）指远处转移（通常是血道转移），没有远处转移者用M0表示，有远处转移者用M1表示。在此基础上，用TNM三个指标的组合（grouping）划出特定的分期（stage）。
overallsurvival(OS)
OS被认为是肿瘤临床试验中最佳的疗效终点，当患者的生存期能充分评估时，它是首选终点。
OS作为评估指标而言，最大的优点是记录方便，确定患者死亡的日期容易比较容易。
对研究数据收集而言，也有缺点的，大型试验随访期较长。临床试验中常常会用到5年生存率，即某种肿瘤经过各种综合治疗后，生存5年以上的患者比例。
所以临床评估数据中常常会出现5年生存率，如果一个药物的5年生存率很高，那么这个药物疗效也是不错的。
①通常作为根治术后的主要疗效指标。
②与OS相比需要样本量更少，两组间PFS的差异往往会比两组间OS的差异更大，也就是说我们需要更少的事件数来检验出差异.
③目前对DFS存在不同定义和解释，不同研究者之间在判断疾病复发或进展时容易产生偏倚。
①通常作为晚期肿瘤疗效评价的重要指标。
②目前对PFS存在不同定义和解释，不同研究者之间在判断疾病复发或进展时容易产生偏倚。
①与PFS唯一不同在于PFS包括死亡，而TTP不包括死亡。因此PFS更能预测和反应临床收益，与OS一致性更好。
②在导致死亡的非肿瘤原因多于肿瘤原因的情况下，TTP是一个合适的指标
①客观缓解率是II期试验的主要疗效评价指标，可提供药物具有生物活性的初步证据。但一般不作为III期临床试验的主要疗效指标。
①TTF综合了有效性与毒性的评价，是一个具有综合特性的指标，不推荐作为单独支持药物批准的疗效指标
recurrence-freesurvival(RFS)无复发生存期(RFS)【区别于PFS】
disease-specificsurvival(DSS)
几个容易搞混的概念：
Progression-freesurvival(PFS),thetimefromtreatmentinitiationuntildiseaseprogressionorworsening,maybeusedasadirectorsurrogatemeasureofclinicalbenefitfordrugapprovals,dependingonthediseaseandresponseobserved,whileoverallsurvival(OS),thedurationofpatientsurvivalfromthetimeoftreatmentinitiation,isauniversally-accepteddirectmeasureofclinicalbenefit.
Kaplan–Meiermethod
Coxregressionanalysis
prognosticnomograms预后列线图
Genesetenrichmentanalysis(GSEA)
TheCancerGenomeAtlas(TCGA)
level1data
level2data
level3data
TheHumanProteinAtlas
记录一些看文献过程中遇到的概念
2016-ClinCancerRes（12分）-ComprehensiveGenomicAnalysisIdentifiesNovelSubtypesandTargetsofTriple-negativeBreastCancer【主要是搞subtype，然后预测target】