不动产登记作为一种行政确认行为，首先需要找寻到该行政行为的法律依据是什么。有关三权分置改革的政策性文件可以指导人们深切认知农村土地承包经营权三权分置决策的初衷、所需遵循的基本原则、三权分置后相应物权登记工作的总体布置等背景性考量因素，却不能作为不动产登记的直接法律依据，这是显明的。
在现行法律规定中找出三权分置物权登记的法律规定依据，是不动产登记机构进行该三权分置物权登记的首要事务。
1、农村集体土地所有权登记与确权
《民法典》第二百零九条“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记”。农村集体土地所有权不属于可以不登记的物权类型，因而必须登记确认取得所有权。在民法典的这一规定之下，农村集体土地所有权如果继续像从前一样没有在法律规定的不动产登记机构进行登记，将得不到法律最终确认，着实堪虞。
2、土地承包经营权的确权与登记
农村土地承包经营权与农村集体土地所有权的权利确认有所不同，农村土地承包经营权的设立、取得不依赖于登记；但未经登记，其物权效力不得对抗善意第三人。《民法典》第三百三十三条规定，土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立；第三百三十五条规定，土地承包经营权互换、转让的，当事人可以向登记机构申请登记；未经登记，不得对抗善意第三人。
3、土地经营权的确权与登记
土地经营权与土地承包经营权一样，其设立不依赖于登记，但未经登记，其物权效力不得对抗善意第三人。《民法典》第三百四十一条规定，流转期限为五年以上的土地经营权，自流转合同生效时设立。当事人可以向登记机构申请土地经营权登记；未经登记，不得对抗善意第三人。
4、土地经营权担保的确权与登记
《土地承包法》第四十七条规定，承包方可以用承包地的土地经营权向金融机构融资担保，并向发包方备案。受让方通过流转取得的土地经营权，经承包方书面同意并向发包方备案，可以向金融机构融资担保。担保物权自融资担保合同生效时设立。当事人可以向登记机构申请登记；未经登记，不得对抗善意第三人。
由上述法律规定可知，土地经营权担保物权的设立、取得不依赖于登记为前提，但未经登记不得对抗善意第三人。
二、确权登记实务中需要解决的现实问题
1、农村集体土地所有权人代表（即登记申请人）的确定
集体土地所有权的主体为农村集体经济组织；没有集体经济组织的，由农村村民集体自治组织代行所有权人职责。《民法典》第二百六十二条：对于集体所有的土地和森林、山岭、草原、荒地、滩涂等，依照下列规定行使所有权：（一）属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会依法代表集体行使所有权；（二）分别属于村内两个以上农民集体所有的，由村内各该集体经济组织或者村民小组依法代表集体行使所有权；（三）属于乡镇农民集体所有的，由乡镇集体经济组织代表集体行使所有权。《土地管理法》从经营管理的角度做出与民法典所有权界定相一致的规定，该法第十一条规定，农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。
依照前述法律规定，农村集体所有权代表首先应该确认为集体经济组织；没有集体经济组织的，确认村民集体自治组织为集体土地的所有权人代表。
目前尚没有专门法律规定界定农村集体经济组织（根据一九五六年六月三十日第一届全国人民代表大会第三次会议通过的《高级农业生产合作社示范章程》第一条规定，农业生产合作社是劳动农民的社会主义集体经济组织，这能否成为界定集体经济组织的法律依据，实在需要立法机构的明示），致使实务中不动产登记机构该如何认定集体所有土地的所有权人代表即登记申请主体首先成了问题！亟需立法明确。
各地新兴的各类农业合作社组织能不能被认定为集体经济组织而成为集体土地所有权人代表呢？答案是否定的。依据《农民专业合作社法》第四条（三）项之原则规定，农业合作社实行入社自愿、退社自由，那么显然该类型农业合作社不能代表农村集体的全部成员，也就不能作为代表农村集体全部成员权益的集体经济组织，不能成为集体土地所有权的申请人主体。
依据上述土地管理法规定可以推定的是，但凡要确权为乡（镇）农民集体所有的，则一定存在相应的乡（镇）集体经济组织，否则就不能确认为乡（镇）集体所有，因为乡（镇）政府作为国家政权机构，不可能成为集体财产的所有权人。所以，乡（镇）集体所有土地所有权必须由乡（镇）集体经济组织申请登记。而对应于村小组、村委会两级的集体所有权，在没有相应农村集体经济组织的情形下，土地所有权归村小组集体所有的，该村民小组为登记申请人；土地所有权归村委会集体所有的，村民委员会为登记申请人。
2、土地承包经营权、土地经营权的权利主体
依据《农村土地承包法》的规定，农村集体土地实行家庭承包经营，家庭为承包经营的主体，土地承包经营权人、土地经营权人因而为家庭（户），户主作为代表，权属归家庭中具有集体成员资格的全部成员所有。这并非家庭成员按份共有或共同共有，而是家庭成员构成的集体这一单位所有，比照各级村集体所有，可以理解为家庭小集体所有，无论家庭成员进出变化，权利所有人都是这个家庭保持不变。登记簿与权属证书上记载的权利人应为“***（代表）户”。
由此而引发的分家、继承等变更登记，所涉甚繁，本文就不展开了。
3、土地经营权流转如何登记？
（1）先分立后流转、还是流转过程中衍生出土地经营权？
民法典第三百三十九条规定，土地承包经营权人可以自主决定依法采取出租、入股或者其他方式向他人流转土地经营权。《土地承包法》第四十七条规定，承包方可以用承包地的土地经营权向金融机构融资担保；受让方通过流转取得的土地经营权，可以向金融机构融资担保；实现担保物权时，担保物权人有权就土地经营权优先受偿。
最直接影响登记实务的是，这里的流转标的对象是什么？
当然还有一种理解，土地经营权的取得不以登记为前提，也就是说土地经营权之前并未登记，仍可以进行本次土地经营权流转登记，那么土地承包经营权人可以是直接将自身土地承包经营权所对应的土地经营权进行流转处置。如此来看，合理的法律逻辑与登记流程应该是：土地承包经营权人将其土地承包经营权对应的土地经营权流转，实现权利人的变更；流转后，原土地承包经营权剥离了土地经营权内容，保留维持与发包人关系的土地承包资格等内容（不得再行流转），进行相应的变更登记；受让人取得土地经营权，予以登记。
细心的读者可能发现，无论哪一种理解，都将土地经营权作为土地承包经营权的组成内容，流转土地经营权时需要将其从土地承包经营权中分离出来，严格地说这违反了一物一权的独立性原则，土地经营权如果是土地承包经营权的组成内容，那么土地经营权就不足以称为自立物。但现行法律规定如此，笔者无法释疑解惑。
（2）其他承包方式承包土地相应权利的登记
《民法典》第三百四十二条规定，通过招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地，经依法登记取得权属证书的，可以依法采取出租、入股、抵押或者其他方式流转土地经营权。
《土地承包法》第四十九条规定，以其他方式承包农村土地的，应当签订承包合同，承包方取得土地经营权。第五十三条规定，通过招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地，经依法登记取得权属证书的，可以依法采取出租、入股、抵押或者其他方式流转土地经营权。招标、拍卖、公开协商等方式承包土地，不需要集体成员资格这一基础前提，这类方式承包的权利实质内容集中于或者说专一于土地经营权，而不含有承包资格权的内容，此种方式承包土地区分为不包含承包资格权利的土地经营权与完整保留承包资格、土地经营权利在内的土地承包经营权就没有了实质必要与法律意义。正因为此，修订后的土地承包法将招标、拍卖、公开协商等方式承包土地取得的土地承包经营权修改为土地经营权，与家庭承包取得土地承包经营权不同。如此看来，对于招标、拍卖、公开协商等方式承包土地，应该认定承包人取得的不是土地承包经营权，而是取得土地经营权，后续的流转就直接流转土地经营权。那么，登记机构依法直接登记确认承包方的土地经营权与土地经营权的流转。
（3）流转不足五年期限的土地经营权是否属于物权？
依上所述，法律明文规定流转期限五年以上的土地经营权可以进行登记。那么，流转期限五年以下呢？是否允许流转期限五年以下？物权的根本属性在于对世性、稳定性，设若当事人约定一种六个月期限的流转土地使用权，应该作为用益物权进行登记吗？需要有权机关予以解释。从实务操作角度讲，既然立法已经明确了用益物权性质的土地使用权，且没有限制该用益物权的时限，不动产登记机构应该受理登记。
4、担保物权登记中的问题
（1）土地经营权担保限于抵押还是也可以认为是权利质押？
《民法典》只在第三百四十二条规定了“抵押”为流转土地经营权的一种方式，而《土地承包法》第四十七条规定土地经营权流转方式之一为“担保”，外延更广。担保不仅抵押一项，还可以包括权利质押。那么土地承包法的规定是否意味着也可以理解为土地经营权质押？对此笔者不敢擅断，实在有必要立法解释清楚。
（2）土地承包经营权不能用于担保，因为土地承包经营权内涵农村集体成员资格这一核心要素，具有人身属性，不能流通，不能用以担保。
（3）（家庭承包）土地经营权的担保登记
依《土地承包法》第四十七条属于家庭承包规定，承包方拥有土地承包经营权，应该先分置出土地经营权，再以分置出来的土地经营权设立担保，担保人有权就该设立了担保的土地经营权优先受偿，受让人取得土地经营权，成为新的土地经营权人。承包经营权人的土地承包经营权进行相应的权利内容变更登记。
（4）招标、拍卖、公开协商等方式承包土地的担保登记
民法典第三百四十二条规定，招标、拍卖、公开协商等方式承包的土地，可以抵押流转土地使用权。抵押原本只是一种债务的担保，只要债务及时清结，不影响抵押物的原初权利归属，即不会导致抵押物权属的转移；但如果主债务没有得到清偿，债权人行使抵押权处置抵押物，就将导致抵押物的流转。依上分析，招标、拍卖、公开协商等方式承包土地取得土地经营权，那么担保流转的也应该是土地经营权。
农村集体土地三权分置改革是个全新事物，对传统物权乃至基础民法理论都形成重大冲击，三权分置不动产权属登记实务也就难免诸多剪不断理还乱的难题，需要理论界实务界同心协力。