1、全国汉籍数据库（日本所藏中文古籍数据库）
全国汉籍数据库是日本主要的公共图书馆大学图书馆收藏的汉籍书志信息，根据传统的经、史、子、集四部分类（加上丛书部为五部分类）收集、登记的联合汉籍目录数据库。
该数据库由京都大学人文科学研究所附属的“汉字情报研究中心”（2008年4月后改称“东亚人文情报学研究中心”）在2001年3月组织，当时参加者有东京大学东洋文化研究所附属的东洋学情报研究中心。截至2018年4月，加入数据库的机构已达76家，录入数据总数达925285条。
该数据库古籍目录的分类，以《京都大学人文科学研究所汉籍目录》为基础，参酌《内阁文库汉籍分类目录》。汉字编码用的是国际通用的UTF-8编码。据主编者的意图是“不仅限于日本国使用，而是以提供给世界各国使用为目标”。为了让日本、中国、韩国等任何一种编码系统都能检索，编者还将各国的汉字对照表加进检索软件中。
该数据库基本上是个目录数据库，没有收录文本内容。但为了辨别不同版本，尽可能附上卷端的影印件，目前（截至2018年4月）已影印14651件。还有一部分图书，已连接到人文科学研究所的全文画像数据库，可以阅读全文。
2、日本国立公文书馆（日本内阁文库）古籍影像库
日本内阁文库藏书总量为54万册，其中日文书31万多册、汉籍18万多册、西文书4.5万多册。上世纪90年代以来，随着国立公文书馆行政法人化，在正式场合，“内阁文库”这一名称已经消亡。该馆所藏的汉籍，基本上由幕府时代的“红叶山文库”、昌平黉和江户医学所旧藏这三部分组成。其历史可以追溯到丰臣秀吉时代和其后的德川幕府时代的“红叶山文库”。
内阁文库的汉籍目录，1889年录有《内阁文库图书假名目录汉书门》二册，《内阁文库图书图书类别目录汉书门》二册。1900年，日本民俗学创始人柳田国男任记录课长时，将库内汉籍重新登陆，改称《内阁文库图书第二部汉书目录》，在原来的经史子集四部之外，又收录字书、韵书、目录、类书、丛书，别立第五门。现行目录是1956年由福井保编纂的名为《内阁文库汉籍分类目录》。编纂过程中，始终得到目录学专家长泽规矩的指导。此目录与京都大学人文科学研究所《京都大学人文科学研究所汉籍分类目录》一起，成为日本汉籍目录编纂的样本。
截止到2023年2月23日，内阁文库收藏的汉籍约有1万5千多种，其中，经部1886种，，史部3766种，子部5268种，集部3824种，丛书279种，新书241种，部分可以在线高清阅览。
3、日本国立国会图书馆古籍影像库
日本国立国会图书馆是日本的中央图书馆，其前身是“东京书籍馆”，开设于明治八年（1873）。明治三十年（1897）改称“帝国图书馆”。明治三十九年在上野开设新馆，此后馆址一直在上野。昭和24年改组为国立国会图书馆。其藏书最初是以全国各藩的藩校图书馆为主。废藩置县时由文部省接受。馆藏并不丰富，后经购置和捐赠逐渐增加。现已有相当分量。但比不上内阁文库和宫内厅书陵部。，其所藏汉籍之目录长期未进行编纂，直到1987年才出版《国立国会图书馆汉籍目录》。到1995年，才刊行其索引。
日本国立国会图书馆收藏有亚洲及中东地区有关政治、经济、历史和文化等方面的资料36万册，其中，中文资料占主体部分，有25万册。该图书馆收藏的中文资料中，中文古籍占有相当大的比例，包括清代的文献、地方志、族谱以及图书、杂志、报纸等，其文献价值很高。1998年，日本国立国会图书馆制定了“国立国会图书馆数字图书馆计划”，该计划对传统文化和珍贵典籍十分重视，并优先进行古籍数字化项目。截至2018年3月，已经公开了约9万件古籍影像，其中完全公开7万件，馆内公开2万件。其中《永乐大典》（卷2279-2281）、《古文孝经》《姓解》（北宋刊本）、《天台山记》（大原三千院旧藏本）等都是国内罕见的珍本古籍。读者可到国会图书馆“珍罕古籍图像数据库”（RareBooksImageDatabase）检索阅读。
4、宫内厅书陵部收藏汉籍集览
5、早稻田大学图书馆古籍影像库
早稻田大学图书馆是日本最先进的图书馆，该馆以中央图书馆为核心，共有30座，藏书总数约427万册，利用者达180万人次。早稻田大学不但拥有巨大的藏书量，同时也拥有庞大而先进的图书管理系统，所有领域的学术信息都实现了在线搜索。并且早稻田大学的图书目录数据库被世界最大的图书目录利用机关OCLC（OnlineLibraryCenter：本部在美国）所采用，供世界各国的研究人员所利用。早稻田大学收藏的汉籍有四库系列丛书、敦煌系列丛书、地方志系列等，以及四部丛刊、四部备要等，还收藏了大量从韩国以及中国大陆、台湾地区购买的汉文古籍珍本，如《礼记义疏》和被视为日本国宝级的《玉篇》。其汉籍目录有1991出版的《早稻田大学图书馆所藏汉籍分类目录》和1996出版的索引。其馆藏有约30万册的古籍，目前已对外提供其馆藏的部分影像资料。
6、东京大学东洋文化研究所亚洲电子图书馆
东京大学东洋文化研究所创办于1941年，时为“东京帝国大学”的附属研究所，创办至今已逾七十年。在此期间，研究所陆续积累了不少中国古籍。其中包括东方文化学院东京研究所的旧藏以及大木幹一、长泽规矩也、仓石武四郎等各具特色的个人收藏。这些藏书绝大部分都是在二十世纪二、三十年代在中国购买的。该馆1973-1975年间出版有《东京大学东洋文化研究所汉籍分类目录》，1995年又出版新增的《东京大学东洋文化研究所汉籍目录》。除图书以外，东洋文化研究所所藏研究资料尚有（一）殷商甲骨2，103片，数量仅次于京都大学人文科学研究所，（二）分藏于世界各处的中国绘画的图片资料，以及（三）明清时期中国社会的各种文书资料，包括北京、上海、苏州、嘉兴、武进等处之地主、当铺、商店资料一千余种。
上世纪90年代，东京大学东洋文化研究所便开始建立古籍目录数据库，于1998年公开该数据库，其藏书非常丰富，约有7万本汉籍，包括法律文书、明清戏曲小说以及一般图书等。该数据库只著录该所于2001年前收藏的汉籍书目，2002年后的书目则需利用东京大学的图书馆目录检索系统。数据库共有17种检索途径，有效地描述了古籍书目原始数据。而从2002年开始又建立古籍全文影像数据库，在互联网上免费提供开放性服务。
在日本东京大学东洋文化研究所丘山新教授和北京大学历史系桥本秀美教授的积极推动下，2009年11月，在中国国家图书馆詹福瑞馆长访日期间，双方签署合作意向书。东洋文化研究所将所藏中文古籍4000余种，以数字化方式无偿提供给中国国家图书馆，在国图网站上面向读者提供服务。
7、东京大学双红堂文库
日本东京大学双红堂文库全文数据库久为学界所知，由日本著名学者長澤規矩也将其所藏的中国小说、戏曲、史部、笔记等典籍数码化，放在互联网上供公众免费使用。
所有文献馆方都提供了详细书目信息，可选择下载pdf全文格式，部分文献提供了更为高清的图像格式，供有需要者使用。
8、东洋文库图书馆古籍影像库
创建于1924年的东洋文库是日本一所研究东洋学的专门机构兼图书馆。所藏中国珍籍有：中国方志和丛书约4000部、中国方言辞典500多册、中国家谱、清版满蒙文书籍、中国探险队报告、中国考古学资料、《顺天时报》《华北正报》、各种版本的大藏经和其他西藏文献3100件等。
其中在东洋文库的特藏中，有五种汉籍被列为“日本国宝”。其中《春秋经传集解》《史记》（夏本纪、秦本纪）和《文选集注》三种，皆为平安时代（794—1185年）人仿唐写本的手抄本，相当于晚唐和五代时期，至为可贵。在日本汉籍史上，它们属于“准汉籍”。另外两种，即《毛诗》残卷与《古文尚书》残卷，皆为传入日本的中国唐人写本。
9、京都大学人文科学研究所东方学数字图书馆
日本大学中收藏中文古籍最多的要数京都大学人文科学研究所和东京大学东洋文化研究所。这两个研究所都是利用第二次鸦片战争清政府的赔款设立的，原名为京都研究所和东京研究所，均属于东方文化学院。其任务就是开展对中国文化和社会的研究。1945年日本战败后，这两个研究所分别归属京都大学和东京大学。京都研究所根据所长狩野直喜的方针，重点购置收藏以清代考据学为中心的实用图书，其中就有天津著名藏书家陶湘的明清丛书数百种，共26985册。战后又接收了松元文三郎的全部藏书，以及中江丑吉与村本英秀的旧藏，内藤湖南关于满洲、蒙古的部分旧藏。其图书馆收藏汉籍珍本、善本极为丰富，仅甲骨文片就达3600多片，龙门、云冈石窟资料5600多件。
该所出版有《京都大学人文科学研究所汉籍分类目录》（1964、1965）《京都大学人文科学研究所汉籍目录》（1979、1980）。它与内阁文库之汉籍目录《内阁文库图书第二部汉书目录》一起，成为日本汉籍目录编纂的样本。
除人文科学研究所外，其附属图书馆以及京都大学各部图书馆内也存有汉籍。如文学部，其《铃木文库》《狩野文库》《今西文库》等个人文库内的汉籍都相当丰富。但遗憾的是，自1959年编成的《京都大学文学部汉籍分类目录第一》以来，反映新增汉籍的新书目一直没有公开刊行。
10、京都大学贵重资料电子数据库
京都大学贵重资料电子数据库将京都大学图书馆所藏珍贵古籍、古文书等学术资料电子化，并进行公开。截至2023年2月，已完成电子化的资料近2万4千件。
11、东京国立博物馆汉籍影像库
日本东京国立博物馆藏有很多精品汉文文献，如可知的有元赵孟頫兰亭十三跋（局部），该帖为赵孟頫赏玩《定武兰亭》原石拓本之后所写的十三段跋文及《兰亭序》全文临本。乾隆间为谭组绶所藏，不慎被火烧残，后为翁方纲所得，又辗转进入东京国立博物馆。
国立博物馆新近开放有藏书全文图像库，目前公开的图书以日文古籍为主。汉籍主要为本草类珍本。打开链接，在“种别”里指定汉籍，就可打开汉籍一览网页。
12、淑德大学中国石刻拓片数据库
淑德大学是一家具有佛教背景的私立大学。创建于1965年，创始人为净土宗寺院主持长谷川良信。淑德大学书学文化中心收藏拓片总数约6000件，所藏主要为南北朝碑刻拓片，天放楼汇装，历代碑帖拓本，四川博物馆汉画像砖拓片等，是日本收藏中国碑刻拓片重镇，编有《淑德大学藏中国石刻拓本目录》。
13、日本国立天文台珍贵古籍库
日本国立天文台将其所藏天文方面的古籍分九大类：天文历书、测量书、推算稿、观测录、附历本类、算术、星图类、编历业务、杂书。其所藏中文古籍大多为清代版本，都可图像阅览。
14、长崎大学藏晚清汉译西书全文影像库
长崎大学图书馆藏有晚清中国翻译的大量西学珍本书籍，其中颇多名作，且为初版本。馆方将38种书籍全文数码化，放在互联网上供公众免费使用。这些文献包括史书、地理、医学、科学、语言等学科，作者包括晚清著名中外历史人物如林则徐、魏源、严复、理雅各、丁韪良等，对于研究近代中西文化交流、中国近代科技史具有重要价值。
部分书目如下：《智环启蒙》、《智环启蒙》（日本刻本）、《智环启蒙和解》、《智环启蒙塾课》、《智环启蒙塾课初歩》（日本刻本）、《地球略解》、《海国图志》（初版本）、《英吉利纪略》、《重学》、《化学鉴原》、《博物通书》、《华英字典》、《汉英通用雑话》、《天演论》、《外国史》、《地球说略》、《律例精义》、《律例精义大意》、《民法论纲》、《西医略论》、《全体新论》、《内科新说》、《妇婴新说》（4部医书作者均为合信）。